一、基因图谱的构建及其在动物遗传育种中的应用（论文文献综述）
任慧波,朱吉,崔清明,邓缘,刘莹莹,胡雄贵,李华丽,陈晨[1]（2020）在《猪育种技术研究进展》文中认为在养猪生产中,种猪育种对养猪业起着极为重要的作用,猪育种技术一直是人们研究的热点。文章从常规育种、分子育种、繁殖生物和基因工程四大方面阐述了猪育种新技术及其应用进展,以期为猪育种技术的进一步融合应用提供参考。
祝文娟[2]（2017）在《基于转录组测序的火炬松功能基因作图及其与松脂和木材性状的连锁分析》文中研究说明本研究以火炬松第一代种子园27个自由授粉家系为试验材料,运用已建立的近红外模型测定其产脂量、木材密度和纤维长度。自主研发了一套火炬松年轮分析系统,运用该系统测定火炬松年轮宽度。利用基于REML和BLUP的混合线性模型方法,分析了火炬松产脂量、材性性状、年轮宽度的生长变异规律,进而分析各性状之间的表型与遗传相关,估算各性状的遗传参数,同时预测了家系和单株的育种值,筛选出优良家系和优良单株,丰富火炬松育种材料。以拥有共同母本的50个火炬松子代单株和46个火加松杂交子代单株为遗传材料,进行RNA转录组测序。根据NCBI火炬松转录组数据,运用生物信息学分析,评估火炬松RNA转录组测序的可行性。构建火炬松RNA转录组测序文库,运用Mapdisto软件构建功能基因图谱,运用WinQTLCart软件作关联分析,对火炬松功能基因进行解析和注释。主要研究结果如下:（1）产脂量、木材密度、纤维长度的家系方差分量达到了显着水平,各性状存在显着的遗传差异,具有较大的选择潜力。其中产脂遗传力为0.45,木材密度遗传力为0.44,火炬松的产脂力、木材密度、纤维长度的遗传力较大,可进行优良家系的选育,为火炬松遗传改良提供优良材料。（2）各性状之间存在显着的相关,产脂力与材性性状在表型上存在中等水平相关,在遗传上存在弱相关;与生长性状在表型及遗传上均存在弱相关,胸径与产脂力相关性比树高的相关性大。木材密度和纤维长度的表型及遗传相关系数分别为0.99和0.91。（3）将家系入选率定为20%,个体入选率定为1%。各性状均有5个家系入选,各性状根据育种值共选择出14个优良单株,该遗传材料丰富了育种群体,对火炬松第三轮育种工作具有重要意义。（4）自主研制开发了火炬松木芯年轮分析装置及分析软件,该年轮分析软件适用于各版本Windows系统,运用Matlab软件设置参数,仅在Java环境下运行即可,不需要安装,操作方便,该火炬松年轮分析软件可以快速准确的判读火炬松各年轮及其早、晚材的宽度。（5）火炬松早材生长量整体呈现逐年减少的趋势,晚材生长量整体呈现先增加后逐年减少的趋势,年轮宽度生长量整体呈现先增加后逐年减少的趋势。火炬松早材、晚材、年轮宽度年增长量的变异系数整体较大,可在3-5年期间对其进行早期选育。（6）总早材的遗传力为0.38,误差为0.17,总晚材的遗传力为0.47,误差为0.20,总年轮宽度的遗传力为0.43,误差为0.18。与其他性状相比,早材的遗传力明显较低,表明早材更容易受到环境变异的影响。年轮宽度之间存在显着的表型与遗传相关,且与胸径、木材密度存在显着相关。早材相比较晚材和年轮宽度,与产脂量的表型与遗传相关较大。（7）RNA转录组测序,50个火炬松单株共得到15681个功能基因,46个火加松单株共获得14147个功能基因。其中,约有40%的基因可以在火炬松全基因组中比对成功,约有60%的功能基因未在火炬松全基因组中发现。火炬松和火加松共有的基因序列有10659个,火炬松独有的基因序列为5022个,火加松独有的基因序列有3488个。（8）当LOD=8,R=0.05时,构建的功能基因连锁图谱最佳,一共有863个连锁群,共有4986个基因在连锁群上,其中低密度的基因连锁群较多。因火炬松2N=24,因此我们筛选出12个火炬松群体高密度连锁群作为火炬松群体的功能基因图谱,全长1573.94cM,共有357个基因,两基因位点之间的距离平均值在5 cM之内。功能基因图谱与表型连锁分析,得到与产脂量相关的功能基因6,与木材密度相关的功能基因2个,与纤维相关的2个。根据基因序列在NCBI数据库上的比对结果,注释到238个与松脂合成相关的基因。
白大章[3]（2011）在《中国美利奴绵羊MHC ClassⅡb区段349Ⅰ12 BAC克隆基因组成与结构分析》文中研究表明旦的：用插有中国美利奴绵羊（新疆军垦型）MHC ClassⅡb区genomic DNA的349I12 BAC克隆制备32P标记的放射性探针,进行噬菌体原位杂交筛选由中国美利奴绵羊（新疆军垦型）外周免疫器官组织构建的cDNA文库。旨在获得349I12 BAC克隆内MHC片段的基因组成与结构信息,为后续中国美利奴绵羊MHC区段基因图谱绘制、绵羊MHC区段内重要经济性状相关基因研究和绵羊疾病抗性及易感性相关基因研究奠定基础。方法：首先,利用GENSCAN软件对349I12 BAC克隆内插入MHC片段进行基因预测。其次,利用GeneQuest程序对349I12 BAC克隆内插入片段进行电子模拟酶切电泳,筛选合适的限制性内切酶,用于实验中酶切349I12 BAC克隆质粒,制备32P标记的放射性探针。然后,将筛选出来的阳性单克隆送北京华大基因测序。最后,利用SeqMan和MegAlign程序对测序结果进行序列拼接和去重复,VecScreen软件去载体,SIM4软件将其定位到349I12 BAC克隆内的MHC片段上。结果：1、GENSCAN软件预测结果显示349I12 BAC克隆插入片段中含有10个基因,其中断裂基因9个；不完整基因1个;单外显子基因2个。该结果可为后续实验提供一个基因数目和结构上的参考。2、用限制性内切酶BsaJⅠ酶切349I12 BAC克隆内插入的中国美利奴绵羊MHC ClassⅡb区genomic DNA,然后用klenow酶对酶切片段进行末端32P标记制备放射性探针。经过多次噬菌体原位杂交筛选中国美利奴绵羊cDNA文库后,获得19个阳性单克隆。将筛选到的所有阳性单克隆送北京华大基因测序,测序结果经整理后,最终得到17条不同的cDNA序列。3、利用SIM4软件进行cDNA和genomic DNA （？）司的序列剪接比对分析,结果显示17条cDNA序列中有10条cDNA序列可以精确定位到349I12 BAC克隆内的中国美利奴绵羊MHC ClassⅡb区genomic DNA上。结论：本实验通过噬菌体原位杂交筛选中国美利奴绵羊cDNA文库,最终获得17条不同的cDNA序列。这17条cDNA序列中有10条序列都能够很好地定位到349I12 BAC克隆内中国美利奴绵羊MHC ClassⅡb区genomic DNA上,说明噬菌体原位杂交筛选cDNA文库,是一种行之有效的、高效的表达序列分离方法。本实验可为后续中国美利奴绵羊MHC区段基因图谱的绘制奠定基础；可为后期深入研究绵羊MHC基因与疾病抗性、易感性的关系,为绵羊疾病的预防、诊断和绵羊遗传抗病育种奠定基础。
陈川,赵进,陈泓龙,周宁宁,马艳,邬佳丽[4]（2011）在《微卫星标记及在兔遗传育种中的应用》文中提出阐述了微卫星标记在兔遗传连锁图谱绘制、群体遗传结构分析、揭示遗传多样性、预测杂交优势等方面的应用。
李广[5]（2009）在《2个山羊品种多羔基因聚合效应的研究》文中研究表明多羔性状是山羊选育的重要目标之一,而多羔性状是由微效多基因决定的数量性状,遗传力很低（约为0.23左右）,采用常规育种手段在较短时期内难以取得明显进展,这在很大程度上限制了我国山羊业的发展。目前,国内外羊分子育种研究主要集中在羊的分子标记检测以及与性状的相关性方面,在选育上主要采用的是常规方法和单标记的辅助选择,而基因聚合育种的理论和技术研究还相对滞后。本研究将微卫星标记和SSCP标记与系谱相结合,选择与萨能奶山羊、布尔山羊多羔性状强相关的OarAE101、BM1329、BM143、LSCV043的4个微卫星位点以及与产羔数密切相关PRLR和LHβ基因为基础,以优秀多羔个体为研究起点,上溯亲代,跟踪子代,通过典型优秀母羊基因型的上溯和跟踪,分析了720只山羊个体的不同基因型和基因型组合在多羔性状形成中的贡献率,探索优良基因的传递规律及其聚合模式,获得以下研究结果:1选用绵羊6号染色体上与FecB基因相连锁的3个微卫星位点（OarAE101、BM1329和BM143）和与山羊产羔数密切相关的LCV043微卫星位点,利用微卫星标记与群体系谱,通过对165只西农萨能奶山羊个体的不同微卫星基因位点的基因型和基因型组合在多羔性状形成中的贡献率的分析表明:（1）在西农萨能奶山羊群体中基因型A3A7、B1B6、C1C5及D5D9对产羔率具有正效应,而基因型A1A5、B4B9、C2C6及D4D8对产羔率具有负效应。（2）在F1代母羊个体中存在7种基因型组合,其中基因型组合A3A7B1B6C1C5D5D9聚合效应值显着高于其它组合（P＜0.05）,平均产羔数在3.10～3.33只/胎之间;在亲代母羊个体中存在5种基因型组合,其中基因型组合A3A7B1B6C1C5D1D5的聚合效应值最高;在F2代母羊个体中存在12种基因型组合,其中基因型组合A3A7B1B6C1C5D5D9的聚合效应值最高（P＜0.05）。基因型D5D9较D4D9聚合效应值高5.11%,基因型A3A7较A1A6聚合效应值高15.32%;基因型C1C5较C2C6聚合效应值高8.11%;基因型B1B6较B5B10聚合效应值高8.50%;D7D10较D4D9基因型聚合效应值高9.09%;D5D9较D1D5基因型聚合效应值高15.62%;D4D9较D1D5基因型聚合效应值高11.08%;D2D6较D1D5基因型聚合效应值高39.64%;D2D6较D5D9基因型聚合效应值高1.82%。（3）在亲代到F1代的基因传递过程当中具有明显的聚合效应,在F1代到F2代的基因传递过程当中基因型组合出现了明显的分离现象。2同样选用OarAE101、BM1329、BM143以及LCV043微卫星位点,结合群体系谱,通过对137只Boer山羊个体的不同微卫星基因位点的基因型和基因型组合在多羔性状形成中的贡献率的分析表明:（1）在Boer山羊群体中基因型E5E10、F2F7、G1G5及H6H11对产羔率具有正效应,而基因型E2 E7、F5 F10、G7G9及H2H8基因型对产羔率具有负效应。（2）在F1代母羊个体中存在5种基因型组合,其中基因型组合E5E10F2F7G1G5H6H11聚合效应值显着高于其它组合（P＜0.05）,平均产羔数在2.66～3.00只/胎之间;在亲代母羊个体中存在4种基因型组合,其中亲代基因型组合E5E10F2F7G1G5H1H7的聚合效应值最高;在F2代母羊个体中存在9种基因型组合,其中基因型组合E5E10F2F7G1G5H6H11的聚合效应值最高（P＜0.05）。基因型G1G5较G2G6聚合效应值高4.47%～31.1%;基因型F2F7较F5F10聚合效应值高12.64%～31.6%;基因型E5E10较E2E7聚合效应值高14.38%～16.0%;基因型G1G5较G2G7聚合效应值高28.8%;基因型H4H10较H1H7聚合效应值高13.7%;基因型H6H11较H1H7聚合效应值高11.7%;基因型G1G5较G3G8聚合效应值高24.14%;基因型G2G6较G3G6聚合效应值高10.2%;基因型H6H11较H2H8聚合效应值高18.96%;基因型H6H11较H4H10聚合效应值高3.08%～27.5%,但在F1代基因型组合E5E10F2F7G1G5H4H10与F2代基因型组合E5E10F2F7G1G5H6H11相比则出现基因型H4H10较H6H11聚合效应值高6.0%。（3）在亲代到F1代的基因传递过程当中具有明显的聚合效应,在F1代到F2代的基因传递过程当中基因型组合也出现了明显的分离现象。3选用与产羔数密切相关PRLR和LHβ基因,利用SSCP检测PRLR基因的内含子2（引物P1）和部分的外显子10（引物P2）的以及LHβ5′调控区的部分外显子（引物P3和P4）SNP位点,并结合群体系谱,通过对265只萨能奶山羊个体的不同微卫星基因位点的基因型和基因型组合在多羔性状形成中的贡献率的分析表明:（1）内含子2存在GG、GH和HH基因型,GG基因型对西农莎能奶山羊的产羔数呈正效应,而HH基因则呈负效应;外显子10存在CC、CD和DD基因型,CC基因型对产羔数有正效应（P＜0.05）,DD基因型对产羔数有负效应;引物P3扩增位点都存在PP、PQ、QQ基因型,PP基因型对产羔数呈正效应,QQ基因型则呈负效应;引物P4扩增位点存在LL、LM、MM基因型,LL基因型对产羔数呈正效应,而MM基因型则呈负效应。（2）在F1代母羊个体中存在6种基因型组合,其中基因型组合GGCCPPLL聚合效应值显着高于其它组合（P＜0.05）,在亲代母羊个体中存在4种基因型组合,其中亲代基因型组合GGCCQQLL的聚合效应值显着高于其它组合（P＜0.05）;在F2代母羊个体中存在10种基因型组合,其中基因型组合GGCCPPLL聚合效应值显着高于其它组合（P＜0.05）。基因型CC较CD的聚合效应值高7.52%～14.12%;CD较DD基因型聚合效应值高10.96%;PQ较PP基因型聚合效应值高6.90%;PP较QQ基因型聚合效应值高15.67%;PQ较QQ基因型聚合效应值高11.20%;LL较MM基因型聚合效应值高11.48%;MM较LM基因型聚合效应值高3.80%。（3）在亲代到F1代的基因传递过程当中具有明显的聚合效应,在F1代到F2代的基因传递过程当中基因型组合也出现了明显的分离现象。4同样选用SSCP检测PRLR基因的内含子2（引物P1）和部分的外显子10（引物P2）的以及LHβ5′调控区的部分外显子（引物P3和P4）SNP位点,并结合群体系谱,通过对153只Boer山羊个体的不同微卫星基因位点的基因型和基因型组合在多羔性状形成中的贡献率的分析表明:（1）内含子2存在GG、GH和HH基因型,HH基因型对Boer山羊的产羔数呈正效应,而GG基因型则呈负效应;外显子10存在CC、CD和DD基因型,CC基因型对产羔数有显着正效应（P＜0.05）。引物P3扩增位点都存在PQ、PP基因型,PQ基因型对产羔数呈正效应,而PP基因型则呈负效应;引物P4扩增位点存在LM、LL基因型,LL基因型对产羔数呈正效应,而LM基因型则呈负效应。（2）在F1代母羊个体中存在5种基因型组合,其中基因型组合HHCCPQLL聚合效应值显着高于其它组合（P＜0.05）;在亲代母羊个体中存在4种基因型组合,其中基因型组合HHCCOQLL的聚合效应值显着高于其它组合（P＜0.05）;在F2代母羊个体中存在10种基因型组合,其中基因型组合HHCCPQLL的聚合效应值显着高于其它基因型组合（P＜0.05）;基因型CC较CD聚合效应值高6.55%:基因型HH较GH聚合效应值高9.47%;基因型PQ较PP聚合效应值高7.73%～11.68%;PQ较QQ基因型聚合效应值高14.06%;LL较LM基因型聚合效应值高2.76%。在F1代,基因型HH较GG聚合效应值高10.55%,在F2代却出现了基因型GG较HH聚合效应值高7.95%的现象。（3）在亲代到F1代的基因传递过程当中具有明显的聚合效应,在F1代到F2代的基因传递过程当中基因型组合也出现了明显的分离现象。上述研究结果对于深入开展山羊多基因聚合育种具有一定的理论和实践参考价值。
耿岩[6]（2008）在《巴音布鲁克羊的起源和系统地位的研究》文中研究说明采用中心产区典型群随机抽样方法检测70只巴音布鲁克羊7个微卫星位点的遗传多态性,并引用湖羊、同羊、小尾寒羊、滩羊和乌珠穆沁羊（参照群体）相同资料进行群体遗传分化水平分析。研究表明:（1）巴音布鲁克羊7个微卫星位点的平均杂合度为0.8208;多态信息含量为0.8091;有效等位基因数为6.9550,可见巴音布鲁克羊的遗传变异程度较高。（2）小尾寒羊、同羊、湖羊、滩羊和乌珠穆沁羊5个绵羊群体7个微卫星位点基因分化系数为0.026254;小尾寒羊、同羊、湖羊、滩羊、乌珠穆沁羊和巴音布鲁克羊6个绵羊群体7个微卫星位点基因分化系数为0.039272,表明5个绵羊群体间基因分化程度较低。但加入巴音布鲁克羊群体后基因分化系数明显增大,说明巴音布鲁克羊与其他5个绵羊品种间的遗传分化较大。（3） 7个微卫星标记表明湖羊和同羊关系最近聚为一类,滩羊、乌珠穆沁羊和小尾寒羊聚为一类,巴音布鲁克羊与其他群体关系最远,独立出来。群体间的遗传关系远近与其所处的地理位置远近表现出显着相关。以巴音布鲁克羊为研究对象,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳、水平聚丙烯酰胺梯度凝胶电泳、水平聚丙烯酰胺凝胶电泳、淀粉凝胶电泳和原子吸收法检测编码血液蛋白11个结构基因座上的变异,引用国内以相同检测工艺得到的湖羊、同羊、小尾寒羊和滩羊（参照群体）群体资料进行比较分析,探讨其遗传分化关系。研究表明:（1）巴音布鲁克羊11个结构基因座平均杂合度为0.3514;品均多态信息含量为0.2900;平均有效等位基因数为1.7832,可见巴音布鲁克羊在遗传变异程度较高。（2）小尾寒羊、同羊、湖羊和滩羊4个绵羊群体11个结构基因座基因分化系数为0.086841;小尾寒羊、同羊、湖羊、滩羊和巴音布鲁克羊5个绵羊群体11个结构基因座基因分化系数为0.120705,表明绵羊群体间基因分化程度较低。但加入巴音布鲁克羊群体后基因分化系数明显增大,说明巴音布鲁克羊与其他4个绵羊品种间的遗传分化程度较高。（3）11个结构基因座标记构建聚类图表明小尾寒羊和滩羊的关系最近,其次是同羊和湖羊,而巴音布鲁克羊与该群体遗传距离最远。群体间的遗传关系远近与其所处的地理位置远近表现出显着相关。以湖羊、同羊、小尾寒羊、滩羊、乌珠穆沁羊和巴音布鲁克羊11个结构基因座和7个微卫星位点基因频率分布为研究对象,进行比较分析,尝试探讨群体间遗传分化关系。结果表明:微卫星有标记效等位基因数、杂合度、多态信息含量均高于结构基因座获得的相应指标,微卫星标记揭示的群体变异水平较高;由微卫星资料计算的基因分化系数低于结构基因座获得的相应指标。由微卫星位点基因频率资料计算得到的标准遗传距离大于结构基因座基因频率资料计算得到的标准遗传距离。两层次基因频率聚类分析揭示的群体间关系不完全一致,相异之处有待于进一步验证。
潘爱銮,杜金平,皮劲松,申杰,梁振华,蒲跃进[7]（2007）在《鹅分子遗传标记研究进展》文中研究说明概述了分子遗传标记的发展历程;讨论、分析了动物育种中7种重要的分子遗传标记;介绍了分子遗传标记在动物遗传育种中的作用;综述了鹅分子遗传标记的研究进展;并对分子遗传标记在鹅育种中的应用前景进行了展望。
朱广琴[8]（2007）在《布尔山羊和西农萨能奶山羊产羔性状的微卫星标记研究》文中指出本试验利用微卫星标记技术,以产羔数作为衡量山羊繁殖性状的指标,运用最小二乘线性模型对所检测到的13个微卫星多态位点与布尔山羊和西农萨能奶山羊平均产羔数的相关性进行了研究,旨在找出与布尔山羊和西农萨能奶山羊多胎性状相关的微卫星标记位点,为初步建立山羊多胎品系或类群,加快育种进程提供试验依据。研究结果表明:1.所选用的13个多态微卫星位点（OarAE101、BM1329、OarHH55、BM143、BMS2508、LSCV043、BM6526、BM1724、TGLA68、OarFCB11、OarAE129、BMC1009、McM38）的等位基因数在7～15之间,有效等位基因数在4.2913～12.1519之间,多态信息含量在0.7373～0.9117之间,属于高度多态位点。2.在本研究所选用的13个多态微卫星位点中有OarAE101、LSCV043、BM1724、OarAE129和BMC1009共5个微卫星位点的基因型对应产羔数的最小二乘均值差异在布尔山羊群体中达到极显着水平（P<0.01）;而只有LSCV043和OarAE129两个微卫星位点在西农萨能奶山羊群体中达到极显着水平（P<0.01）。在布尔山羊群体中只有BM6526位点差异不显着（P>0.05）,在西农萨能奶山羊群体中BM6526和McM38两个位点差异都不显着（P>0.05）,其余位点都达到显着水平（P<0.05）。3.本研究表明对布尔山羊产羔数具有正效应的基因型有:OarAE101基因座的124 bp/108 bp、114 bp/114 bp基因型,BM1329基因座的217 bp/187 bp基因型,OarHH55基因座的155 bp/135 bp基因型,BMS2508基因座的138 bp/119 bp基因型,LSCV043基因座的167 bp/145 bp基因型,BM1724基因座的210 bp/175 bp基因型,OarFCB11基因座的209 bp/185 bp基因型,McM38基因座的175 bp/150 bp基因型;等位基因有:BM143基因座的124 bp等位基因,TGLA68基因座的150 bp等位基因,OarAE129基因座的205 bp等位基因,BMC1009基因座的290 bp等位基因。4.对西农萨能奶山羊产羔数具有正效应的基因型有:BM1329基因座的219 bp/185 bp基因型,LSCV043基因座的140 bp/120 bp基因型,OarFCB11基因座的209 bp/188 bp基因型,BMC1009基因座的355 bp/300 bp基因型;等位基因有:OarAE101基因座的109 bp等位基因,OarHH55基因座的165 bp、140 bp等位基因,BMS2508基因座的140 bp等位基因,BM143基因座的124 bp等位基因,TGLA68基因座的120 bp等位基因,BM1724基因座的210 bp等位基因,OarAE129基因座的205 bp等位基因。5.对布尔山羊产羔数具有负效应的基因型有:OarAE101基因座的132 bp/116 bp基因型,BM1724基因座的210 bp/170 bp和203 bp/175 bp基因型,OarAE129基因座的180 bp/155 bp和200 bp/170 bp基因型;等位基因有:LSCV043基因座的130 bp和120 bp等位基因。对西农萨能奶山羊产羔数具有负效应的基因型有:OarAE129基因座的180 bp/155 bp基因型,BMC1009基因座的355 bp/300 bp基因型;等位基因OarHH55基因座的125 bp等位基因,LSCV043基因座的162 bp等位基因。筛选出的13个与布尔山羊和西农萨能奶山羊产羔性状相关的微卫星位点,可作为山羊产羔性状候选基因的遗传标记。
敖雁[9]（2007）在《复杂交配设计数量性状基因图谱的构建方法》文中研究指明QTL图谱的构建方法及其应用研究是数量遗传学在近些年的研究热点。为此，国内外已发展了许多QTL作图的统计方法和相应分析程序。然而这些方法大多依据双亲本杂交衍生的单个分离群体进行QTL作图。双亲本杂交衍生的作图群体每一基因座位上最多只有2种等位基因，遗传结构最为简单，所得结果的局限性也最大。为了较全面地了解数量性状的遗传变异，必须扩大作图群体的遗传基础，例如利用多向杂交、多系杂交或联合多个分离群体等复杂设计进行QTL作图，但目前还没有较为系统的方法解决该类问题。鉴于此，笔者提出四向杂交和八向杂交设计的QTL作图方法，双亲杂交衍生的多个相关群体QTL图联合构建方法，以及多个亲本杂交衍生的多个相关群体QTL图联合构建方法。通过计算机模拟研究验证了上述方法的可行性和优越性。此外，本研究还探讨了利用贝叶斯统计进行多个相关群体QTL图联合构建的方法。主要内容如下：1四向杂交设计QTL分析的极大似然方法四向杂交设计是指4个纯系亲本参与杂交衍生分离群体的一种交配设计。尽管国际上已经提出基于四向杂交设计的迭代重新加权最小平方（iteratively reweighed least squares，IRWLS）QTL作图方法，但由于该方法忽略了双侧标记基因型内QTL基因型的混合分布特性，因此当QTL位置和标记的位置不重合时IRWLS方法的作图精度较低。本研究根据四向杂交设计的数量遗传模型，发展出基于四向杂交设计和混合分布理论的QTL作图的极大似然估计方法。该方法首先利用染色体上所有标记基因型联合计算该染色体上任一假定位置QTL的条件概率，然后根据混合分布理论建立基于EM算法实现的QTL作图的极大似然估计方法。以计算机模拟数据研究了QTL遗传力、样本容量和分子标记信息含量3个因素对方法的影响，结果表明：（1）在QTL的被发现能力上，标记信息不完全的四向杂交设计仅略低于信息完全时的四向杂交设计；（2）随着QTL遗传力、样本容量和标记信息含量的增大，QTL位置以及效应估计值的准确度和精确度逐步提高。2八向杂交设计的QTL区间作图方法在四向杂交设计研究的基础上，进一步提出了用8个纯系亲本杂交衍生的八向杂交设计分离群体进行QTL作图的新方法，该方法首先建立八向杂交设计的数量遗传模型及其基因型的两点概率转移矩阵，以之计算基因组任一假定座位QTL基因型的条件概率。然后根据混合分布理论建立基于EM算法实现的QTL区间作图的极大似然估计方法。方法的有效性分别用单条染色体的单个QTL模型（方案1）以及全基因组的多个QTL模型（方案2）进行分析验证，结果表明：（1）方案1的18个供试处理中，QTL的被发现能力均为100％。在参数估计的准确度上，标记信息完全的6个处理绝大多数参数的估计值均与真值相近；在标记信息不完全时，尽管各效应的估计值与真值存在一定的偏差，但偏差均很小。而在参数估计的精确度上，随着遗传力、标记的多态信息含量和样本容量的提高，精确度逐步提高。（2）在方案2的2个供试处理中，样本容量1000时，所有QTL的被发现能力均达94％以上；而当样本容量仅有500时，对于遗传力较高的QTL，其统计功效可达90％以上，但对遗传力较小的QTL，其统计功效仅有74％。因此，在多QTL模型下，为了保证QTL的被发现能力，需要尽可能大的样本容量。同时，研究发现，即使处于同一染色体上的连锁QTL，其统计功效并未因其在同一条染色体上而受影响，而对信息不完全的QTL来说，其统计功效也几乎没有影响。至于QTL位置和效应估计值的准确度和精确度，除5个QTL位置的估计均很准确外，其余均表现出类似方案1的结果，即样本容量越大、QTL遗传力越高，其准确度和精确度也越高。此外，方案2的模拟结果发现，标记偏分离也未使QTL的统计功效、位置和效应估计的准确度和精确度显着降低。3双亲杂交衍生的多个相关群体QTL图的联合构建方法目前的QTL作图方法大多基于双亲杂交衍生的单个分离群体，如单个F2或单个DH群体等，将双亲杂交衍生的多个群体进行联合分析有助于QTL的定位和基于QTL分析的育种实践，但目前尚缺少适合此类群体进行QTL作图的通用程序。因此，本研究发展了双亲杂交衍生的多个相关群体QTL图联合构建方法，方法可对两个亲本通过任意杂交设计衍生的任意多个相关群体进行联合分析。本文以F2和BC群体联合分析为例，以计算机模拟数据研究了QTL遗传力和样本容量2个因素对方法的影响，结果表明：在染色体水平模拟时，相同处理下，F2和BC群体联合分析的统计功效明显高于这2个群体单独分析的统计功效。此外，两个群体联合分析时的样本容量与两个群体单独分析时的样本容量相等时，联合分析的统计功效亦明显高于单独分析的统计功效。例如，QTL遗传力为5％时，F2群体的50个个体和BC群体的50个个体联合分析的统计功效为59％，而F2群体的100个个体和BC群体的100个个体单独分析的统计功效分别为29％和39％。在参数估计的准确度和精确度上，相同处理下，F2和BC联合分析普遍高于这2个群体的单独分析，尤其是在低遗传力（5％）和较少样本容量下（n=50），这种优势更为明显。此外，本研究在全基因组水平上对联合分析方法进行了模拟，结果与染色体水平联合分析的模拟结果一致。4多亲本杂交衍生的多个相关群体QTL图的联合构建方法在双亲杂交衍生的多个相关群体QTL图联合构建方法的基础上，将方法进一步拓展为可以分析多个亲本杂交衍生的多个相关群体。方法首先建立多亲本杂交衍生的多个相关群体QTL联合作图的通用遗传模型，然后提出基于EM算法实现的QTL作图的极大似然估计方法。以循环杂交设计为例，用计算机模拟数据研究了QTL遗传力和样本容量2个因素对方法的影响，结果表明：无论在统计功效上，还是在参数估计的准确度和精确度上，相同处理下，用循环杂交设计的3个F2群体联合作图均优于用其中的任2个F2群体联合作图。该方法的主要优点：一是可以比较和综合已有的对单个作图群体的定位结果，提高QTL检测的功效和定位的精度；二是在多亲本涉及的等位基因数更多的情形下，可以扩大和发掘有关数量性状的基因资源，从而为育种学家改良相应的数量性状奠定重要基础。5多个相关作图群体QTL图联合构建的贝叶斯方法首先导出基于单QTL模型的F2群体的的贝叶斯QTL分析方法。该方法可以同时实现QTL位置、效应及模型剩余方差等参数的贝叶斯估计，其可行性和有效性通过计算机模拟数据进行了分析验证。结果表明：尽管随着遗传力的提高，QTL位置和效应估计值的准确度随之提高，但在本研究设定的3种遗传力（5％、10％和20％）下相差不大，均很准确；而估计值的精确度则随着遗传力的提高而明显提高。因此，在QTL遗传力较低时，为了提高QTL位置和效应估计的准确度与精确度，适当的样本容量是必要的。其次，以Yi和Xu发展的复杂交配系统下多群体QTL联合作图的贝叶斯方法为基础，提出一种不需模型选择的多群体QTL联合作图策略，即将贝叶斯收缩估计方法与多群体QTL联合分析相结合。方法的具体过程为：首先根据参数的先验分布以及实际试验结果，导出有关参数的联合后验分布。然后用马尔可夫链蒙特卡罗（MCMC）方法求解各个参数的边缘分布并以其确定参数的点估计和区间估计。其中MCMC方法采用Gibbs抽样或Metropolis-Hastings（M-H）抽样实现。研究涉及的参数包括：QTL在染色体上各标记区间内的位置，QTL效应以及模型剩余方差等。
赵晓枫[10]（2007）在《金华猪群体遗传结构及其起源和驯化的研究》文中提出本文利用微卫星标记结合荧光标记检测技术,对金华猪三个品系：金华猪Ⅰ系173头,金华猪Ⅱ系42头,金华猪Ⅲ系56头共271头以及本省猪种嵊县花猪,嘉兴黑猪、外省猪种梅山猪、二花脸猪和外国猪种长白猪共180头的65个微卫星位点进行了检测,根据试验结果对金华猪群体的遗传结构,品系间遗传关系以及金华猪与这几个猪种的遗传分化进行了分析,并结合已公布的相关研究结果计算了金华猪与其它国内外猪种间的遗传距离。本研究在金华猪3个品系共271个个体的65个卫星座位上共检测到1260个等位基因。平均有效等位基因数是金华猪Ⅰ系最高：Ne=3.49,其次是金华猪Ⅱ系：Ne=2.81和金华猪Ⅲ系：Ne=2.49。金华猪3个品系的平均多态信息含量均高于0.5,其中Ⅱ系最低,为0.5135；最高是Ⅲ系,为0.5862,Ⅰ系居中,为0.5135。金华猪群体各亚群的平均杂合度分别是Ⅰ系为0.3811,Ⅱ系为0.3992,Ⅲ系为0.4415。通过哈迪。温伯格检验,金华猪3个品系趋于哈迪-温伯格平衡的程度不一：金华猪Ⅰ偏离较大,Ⅲ系其次,Ⅱ系偏离相对较小。遗传分化结果显示金华猪Ⅱ系和Ⅲ系群体间遗传分化相对较小（F=0.1883）,这两个品系与Ⅰ系间的遗传分化较大F值分别是0.3663和0.3619。金华猪各系与嵊县花猪群体的遗传分化最大,F值分别为0.4499,0.4654和0.4801,与中梅群体遗传分化相对较小,F值分别为0.3581,0.356和0.3572。金华猪与国外猪种（大白除外）遗传距离比较远,其中与金华猪Ⅰ系遗传距离最近的是香猪（Da=1.2106）和大白猪（Da=1.1322）。由以上结果可见金华猪群体中存在着一定的近交积累,品系之间有等位基因丢失的情况,并且群体中可能还受到了遗传漂变的影响。我们还对微卫星位点IGF1与金华猪的生产性能进行了相关性分析,分析结果表明,该微卫星位点可做为标记辅助选择的分子标记,286／286基因型对金华猪初生重有显着影响（P<0.05）；280／286基因型对金华猪开产后出生窝重影响显着（P<0.05）,进一步通过等位基因平均替代效应分析发现274 bp和286 bp等位基因有利于提高初生重,280 bp等位基因有利于第二胎出生窝重的提高。同时通过相关性分析发现金华猪开产母猪出生窝重、总产仔数和产活仔数间的相关性极显着（P<0.01）,因此出生窝重的增加有利于提高金华猪的产仔性能。另外我们还利用辐射杂种细胞系把一肉质候选基因SIM1定位于猪1号染色体短臂13亚区上的微卫星位点SW781和SW301附近。本文还利用线粒体DNA的D-loop区序列作为分子标记分析了包括金华猪在内的中国地方品种68个,国外猪种24个共92个猪种单倍型构成,分布和进化关系,从母系的角度研究了中国猪种的起源和进化以探明金华猪的起源与驯化过程。通过测序获得了68个中国地方猪种的线粒体D-loop区序列。统计分析表明,中国地方猪种线粒体遗传变异性丰富,共检测到66个单倍型。利用Mega,NETWORK等软件通过系统发生树和单倍型网络结构两个角度对中国地方猪种和国外猪种进行了分析。结合来自考古学、微卫星和Y染色体的证据,从母系遗传角度推测：1、中国猪种与欧洲猪种有着同一的母系祖先。2、中国家猪起源南北有别,黄河是中国家猪起源的分界线,北方猪种起源于东北野猪,南方猪种可能起源于浙江野猪。3、长江中下游流域是中国猪种驯化比较集中的区域,并且存在着较大的两个驯化中心,其驯化过程中经历了多个层次。浙江和江西省可能是中国家猪最大的驯化中心和南方猪种的起源地。4、金华猪品系的起源不同,驯化过程也不同,在中国地方品种中金华猪Ⅱ系拥有较为古老的母系血统,金华猪Ⅰ系和Ⅲ系处在一个驯化中心内。5、通过系统发生树和单倍型网络结构结果推测由微卫星结果证明的金华猪品系间等位基因丢失情况实际上是由于金华猪不同的驯化过程导致的。
二、基因图谱的构建及其在动物遗传育种中的应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、基因图谱的构建及其在动物遗传育种中的应用（论文提纲范文）
（1）猪育种技术研究进展（论文提纲范文）
| 1 常规育种技术 |
| 1.1 性能测定技术 |
| 1.2 遗传评估技术 |
| 2 分子育种技术 |
| 2.1 猪基因图谱的构建 |
| 2.2 经济性状主效基因和QTL定位 |
| 2.3 标记辅助选择 |
| 2.4 全基因组选择 |
| 3 繁殖生物技术 |
| 3.1 人工授精技术 |
| 3.2 克隆技术 |
| 4 基因工程技术 |
| 4.1 转基因技术 |
| 4.2 基因编辑技术 |
| 5 结语 |
（2）基于转录组测序的火炬松功能基因作图及其与松脂和木材性状的连锁分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 前言 |
| 1.1 火炬松遗传改良概况 |
| 1.1.1 国外火炬松遗传改良概况 |
| 1.1.2 国内火炬松引种及遗传改良概况 |
| 1.2 松脂市场前景 |
| 1.3 松脂相关基因研究 |
| 1.4 树木年轮分析 |
| 1.5 火炬松RNA转录组测序技术 |
| 1.6 遗传图谱及连锁分析 |
| 1.7 研究的目的与意义 |
| 1.8 研究技术路线 |
| 第2章 火炬松产脂及材性性状的遗传变异及遗传参数估算 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验地概况 |
| 2.1.2 试验材料和试验设计 |
| 2.1.3 试验材料收集 |
| 2.1.4 主要实验仪器 |
| 2.1.5 材性性状及产脂量测定 |
| 2.1.6 统计分析方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 各性状基本统计量 |
| 2.2.2 各性状方差分析及多重比较 |
| 2.2.3 遗传参数估算 |
| 2.3 小结 |
| 第3章 火炬松松脂及木材性状育种值的预测和选择 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 预测的家系育种值 |
| 3.2.2 火炬松个体育种值的预测与选择 |
| 3.3 小结 |
| 第4章 火炬松年轮生长的遗传变异 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 开发年轮分析软件及其装置研制 |
| 4.1.3 主要实验仪器 |
| 4.1.4 实验方法 |
| 4.1.5 统计分析方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 年轮分析装置及软件开发 |
| 4.2.2 火炬松年轮宽度生长趋势 |
| 4.2.3 家系各性状指标统计分析 |
| 4.2.4 遗传参数估算 |
| 4.2.5 育种值估算与选择 |
| 4.3 小结 |
| 第5章 火炬松转录组测序 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验地概况 |
| 5.1.2 试验材料 |
| 5.1.3 材料采集 |
| 5.1.4 实验仪器 |
| 5.1.5 主要溶液和试剂配方 |
| 5.1.6 实验方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 火炬松RNA提取结果 |
| 5.2.2 火炬松基于RNA-seq的可行性 |
| 5.2.3 功能基因处理与分析 |
| 5.3 小结 |
| 第6章 功能基因图谱构建与连锁分析 |
| 6.1 实验材料与方法 |
| 6.1.1 实验材料 |
| 6.1.2 产脂量及材性性状测定 |
| 6.1.3 功能基因筛选及作图 |
| 6.1.4 连锁分析 |
| 6.1.5 功能基因解析 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 构建图谱功能基因筛选 |
| 6.2.2 构建功能基因图谱 |
| 6.2.3 表型性状与功能基因连锁分析 |
| 6.2.4 功能基因注释 |
| 6.3 小结 |
| 第7章 全文结论与展望 |
| 7.1 结论 |
| 7.2 讨论 |
| 7.2.1 火炬松高产脂及高材性性状遗传改良 |
| 7.2.2 火炬松RNA转录组测序及功能基因注释 |
| 7.3 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
（3）中国美利奴绵羊MHC ClassⅡb区段349Ⅰ12 BAC克隆基因组成与结构分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 目录 |
| 英文缩写词表 |
| 1 背景 |
| 1.1 绵羊(Ovis aries)简介及其基因组研究进展 |
| 1.2 主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)的概述 |
| 1.3 MHC的组成 |
| 1.4 MHC与疾病的关系 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 1.6 技术路线 |
| 2、材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 方法 |
| 3、结果 |
| 3.1 绵羊MHC class Ⅱ b区段349I12 BAC克隆的基因预测 |
| 3.2 利用DNAStar软件分析349I12 BAC克隆酶切位点并筛选限制性内切酶 |
| 3.3 绵羊MHC class Ⅱb区段349I12 BAC克隆质粒的提取 |
| 3.4 绵羊MHC class Ⅱb区段349I12 BAC克隆质粒的酶切 |
| 3.5 以349I12 BAC克隆酶切片段制备探针筛选cDNA文库 |
| 3.6 阳性单克隆测序与生物信息学分析 |
| 4、讨论 |
| 4.1 分离表达序列的方法 |
| 4.2 噬菌体原位杂交分离表达序列 |
| 4.3 核酸探针制备 |
| 4.4 生物信息学分析 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师评阅表 |
（4）微卫星标记及在兔遗传育种中的应用（论文提纲范文）
| 1 微卫星的结构 |
| 2 微卫星DNA的多态性 |
| 3 微卫星的遗传特性 |
| 4 微卫星的定位 |
| 5 微卫星标记在兔遗传育种研究中的应用 |
| 5.1 构建遗传连锁图谱 |
| 5.2 微卫星标记与数量性状座位的连锁分析及定位 |
| 5.3 亲子鉴定和血缘控制 |
| 5.4 研究群体遗传结构及遗传变异 |
| 5.5 监测育种和遗传操作效应 |
（5）2个山羊品种多羔基因聚合效应的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一部分 文献综述 |
| 第一章 研究的目的和意义 |
| 第二章 分子标记在动物遗传育种的应用 |
| 2.1 分子标记的分类 |
| 2.2 分子标记在动物遗传育种中的应用 |
| 2.2.1 动物品种、品系和类群的鉴定 |
| 2.2.2 QTL主基因的定位与遗传图谱的构建 |
| 2.2.3 动物遗传标记辅助选择 |
| 2.2.4 动物杂种优势预测 |
| 第三章 多羔性状相关的分子标记研究进展 |
| 3.1 多羔性状的分子标记研究 |
| 3.2 控制多羔性状的功能基因研究 |
| 3.2.1 FecB基因的研究进展 |
| 3.2.2 BMP15基因的研究进展 |
| 3.2.3 GDF9基因研究进展 |
| 3.2.4 FSHR基因研究进展 |
| 3.2.5 雌激素受体基因(ESR)研究进展 |
| 3.2.6 视黄醇结合蛋白4(RBP4)基因 |
| 3.2.7 IGFs和IGFBP-3基因研究进展 |
| 3.2.8 PRL、PRLR基因与PROP1-POU1F1调控家族基因研究进展 |
| 3.2.9 LH基因的研究进展 |
| 3.3 羊繁殖性状的分子标记研究 |
| 第四章 基因聚合育种技术研究进展 |
| 4.1 基因聚合育种技术的发展背景 |
| 4.2 基因聚合概念的提出 |
| 4.3 基因聚合育种技术途径 |
| 4.3.1 传统杂交方法 |
| 4.3.2 分子标记辅助选择的基因聚合 |
| 4.3.3 转基因技术 |
| 4.4 基因聚合在动植物育种中的应用研究 |
| 4.4.1 基因聚合在植物育种中的应用研究 |
| 4.4.2 基因聚合在动物育种中的应用研究 |
| 4.5 基因聚合育种技术展望 |
| 第二部分 试验研究 |
| 第五章 采用微卫星标记与系谱结合方法分析奶山羊多羔基因位点的遗传聚合效应 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料和方法 |
| 5.2.1 试验材料 |
| 5.2.2 仪器设备 |
| 5.2.3 试验方法 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 试验羊基因组DNA样品的电泳检测 |
| 5.3.2 微卫星标记PCR扩增产物电泳检测结果 |
| 5.3.3 各微卫星位点等位基因频率 |
| 5.3.4 微卫星基因座基因型与西农萨能奶山羊产羔数的关系 |
| 5.3.5 F_1代优秀母羊基因型组合与西农萨能奶山羊产羔数的关系 |
| 5.3.6 亲代母羊基因型组合与西农萨能奶山羊产羔数的关系 |
| 5.3.7 F_2代母羊基因型组合与西农萨能奶山羊产羔数的关系 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 微卫星标记的特点 |
| 5.4.2 微卫星基因型与西农萨能奶山羊产羔数的相关性分析 |
| 5.4.3 微卫星基因型组合与西农萨能奶山羊产羔数的关系 |
| 第六章 采用微卫星标记与系谱结合分析BOER山羊多羔基因位点的遗传聚合效应 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 材料和方法 |
| 6.2.1 试验材料 |
| 6.2.2 仪器设备(同第五章) |
| 6.2.3 试验方法(同第五章) |
| 6.3 结果与分析 |
| 6.3.1 试验羊基因组DNA样品的电泳检测 |
| 6.3.2 微卫星标记PCR扩增产物电泳检测结果 |
| 6.3.3 各微卫星位点等位基因频率 |
| 6.3.4 微卫星基因座基因型与Boer山羊产羔数的关系 |
| 6.3.5 F_1代优秀母羊基因型组合与Boer山羊产羔数的关系 |
| 6.3.6 亲代母羊基因型组合与Boer山羊产羔数的关系 |
| 6.3.7 F_2代母羊基因型组合与Boer山羊产羔数的关系 |
| 6.4 讨论 |
| 6.4.1 微卫星基因型与Boer山羊产羔数的相关性分析 |
| 6.4.2 微卫星基因型组合与Boer山羊产羔数的关系 |
| 第七章 采用SSCP标记与系谱结合分析奶山羊多羔基因位点的遗传聚合效应 |
| 7.1 引言 |
| 7.2 试验材料与方法 |
| 7.2.1 试验材料 |
| 7.2.2 实验方法 |
| 7.2.3 统计分析 |
| 7.3 结果与分析 |
| 7.3.1 试验羊基因组DNA样品的电泳检测 |
| 7.3.2 SSCP检测分析 |
| 7.3.3 PRLR和LHβ基因不同位点基因型与产羔数的相关分析 |
| 7.3.4 F_1代优秀母羊基因型组合与西农萨能奶山羊产羔数的关系 |
| 7.3.5 亲代母羊基因型组合与西农萨能奶山羊产羔数的关系 |
| 7.3.6 F_1代母羊基因型组合与西农萨能奶山羊产羔数的关系 |
| 7.4 讨论 |
| 7.4.1 PRLR和LHβ基因型与西农萨能奶山羊产羔数的相关性分析 |
| 7.4.2 PRLR和LHβ基因型组合与西农萨能奶山羊产羔数的关系 |
| 第八章 采用SSCP标记与系谱结合分析BOER山羊多羔基因位点的遗传聚合效应 |
| 8.1 引言 |
| 8.2 试验材料与方法 |
| 8.2.1 试验材料 |
| 8.2.2 实验方法 |
| 8.2.3 统计分析(同第七章) |
| 8.3 结果与分析 |
| 8.3.1 试验羊基因组DNA样品的电泳检测 |
| 8.3.2 SSCP检测分析 |
| 8.3.3 PRLR和LHβ基因遗传多态性与产羔数的相关分析 |
| 8.3.4 F_1代优秀母羊基因型组合与Boer山羊产羔数的关系 |
| 8.3.5 亲代母羊基因型组合与Boer山羊产羔数的关系 |
| 8.3.6 F_2代母羊基因型组合与Boer山羊产羔数的关系 |
| 8.4 小结 |
| 8.4.1 PRLR和LHβ基因型与Boer山羊产羔数的相关性分析 |
| 8.4.2 PRLR和LHβ基因型组合与Boer山羊产羔数的关系 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（6）巴音布鲁克羊的起源和系统地位的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 1 前言 |
| 1.1 巴音布鲁克羊资源概况 |
| 1.2 微卫星 DNA 标记在绵羊遗传育种中的应用 |
| 1.2.1 微卫星DNA 发现、结构及类型 |
| 1.2.2 微卫星DNA 的研究方法 |
| 1.2.3 微卫星DNA 的遗传特点 |
| 1.2.4 微卫星DNA 的研究现状 |
| 1.3 血液蛋白标记的研究进展 |
| 1.3.1 品种(系) 的种群结构和品系间的遗传关系的分析 |
| 1.3.2 与经济性状相关性的研究 |
| 1.3.3 标记品种(系) 特征 |
| 1.3.4 与抗病力的关系 |
| 1.4 本研究的目的与意义 |
| 2 利用微卫星标记分析巴音布鲁克羊的遗传分化 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 主要试剂和仪器设备 |
| 2.1.3 微卫星引物来源和PCR 扩增 |
| 2.1.4 扩增产物的检测与结果记录 |
| 2.1.5 统计分析 |
| 2.1.6 相关资料引用 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 巴音布鲁克羊微卫星位点扩增结果 |
| 2.2.2 微卫星位点的杂合度、多态信息含量与有效等位基因数 |
| 2.2.3 基因分化程度 |
| 2.2.4 群体间标准遗传距离及亲缘树的构建 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 7 个微卫星位点的多态性 |
| 2.3.2 群体遗传变异程度 |
| 2.3.3 群体基因分化程度 |
| 2.3.4 群体间的遗传分化 |
| 2.3.5 影响群体间遗传分化估计和聚类图构建准确性的因素 |
| 2.4 结论 |
| 3 利用结构基因座分析巴音布鲁克羊的遗传分化 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料来源 |
| 3.1.2 结构基因座检测位点 |
| 3.1.3 统计分析 |
| 3.1.4 相关资料引用 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 巴音布鲁克羊结构基因座的频率分布 |
| 3.2.2 群体内遗传变异程度 |
| 3.2.3 基因分化程度 |
| 3.2.4 群体间标准遗传距离及亲缘树的构建 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 群体遗传变异程度 |
| 3.3.2 群体基因分化程度 |
| 3.3.3 群体间的遗传分化 |
| 3.4 结果 |
| 4 微卫星、结构基因座标记应用于绵羊群体遗传分化的比较分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料来源 |
| 4.1.2 统计分析 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 主成分分析结果 |
| 4.2.2 聚类分析 |
| 4.2.3 微卫星和结构基因座结果差异 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 主成分分析下的综合聚类分析的评价 |
| 4.3.2 结构基因座和微卫星标记分析比较的讨论 |
| 4.4 结论 |
| 参考文献 |
| 附表 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
（8）布尔山羊和西农萨能奶山羊产羔性状的微卫星标记研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一篇 文献综述 |
| 第一章 山羊生产与布尔山羊和西农萨能奶山羊研究概况 |
| 1.1 山羊的分类 |
| 1.2 我国山羊业现状 |
| 1.3 布尔山羊和西农萨能奶山羊基本特性及其研究概况 |
| 第二章 分子遗传标记在动物遗传育种中的应用研究 |
| 2.1 分子标记简介 |
| 2.2 分子标记在动物遗传育种中的应用 |
| 2.2.1 动物品种、品系和类群的鉴定 |
| 2.2.2 QTL 主基因的定位与遗传图谱的构建 |
| 2.2.3 动物遗传标记辅助选择 |
| 2.2.4 动物杂种优势预测 |
| 2.3 羊繁殖性状的分子标记研究 |
| 第三章 微卫星标记及其在羊遗传育种中的应用研究 |
| 3.1 微卫星的结构 |
| 3.2 微卫星标记优于其它标记的特点 |
| 3.3 微卫星标记的获得 |
| 3.4 微卫星标记的应用 |
| 3.4.1 动物个体识别与血缘关系鉴定 |
| 3.4.2 群体间遗传关系与群体内遗传变异分析 |
| 3.4.3 基因定位与连锁图谱构建 |
| 3.5 微卫星分子标记在羊遗传育种中的应用 |
| 3.6 本研究的目的和意义 |
| 第二篇 试验研究 |
| 第四章 布尔山羊和西农萨能奶山羊产羔性状的微卫星标记研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 试验方法 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 试验羊基因组DNA 样品的电泳检测 |
| 4.3.2 布尔山羊和西农萨能奶山羊微卫星位点的多态性检测 |
| 4.3.3 微卫星位点多态性与产羔性状的相关性分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 微卫星位点的选择 |
| 4.4.2 DNA 提取方法的比较 |
| 4.4.3 PCR 条件 |
| 4.4.4 布尔山羊和西农萨能奶山羊13 个微卫星位点的遗传特性 |
| 4.4.5 微卫星位点多态性与产羔性状的关系 |
| 4.5 结论 |
| 创新点 |
| 进一步研究的问题 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（9）复杂交配设计数量性状基因图谱的构建方法（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 引言 |
| 第1章 复杂性状遗传基础研究的回顾与展望 |
| 1.1 经典数量遗传学对复杂性状遗传基础的认识 |
| 1.2 分子数量遗传学的发展 |
| 1.3 复杂性状遗传基础研究进展 |
| 1.3.1 分子标记技术的发展 |
| 1.3.1.1 RFLP标记 |
| 1.3.1.2 RAPD标记 |
| 1.3.1.3 SSR标记 |
| 1.3.1.4 AFLP标记 |
| 1.3.1.5 SNP标记 |
| 1.3.2 分子标记连锁图的构建 |
| 1.3.3 数量性状遗传基础研究的主要发展 |
| 1.3.3.1 关于构建QTL图谱的方法 |
| 1.3.3.2 关于QTL的效应 |
| 1.3.3.3 关于QTL的遗传鉴定 |
| 1.4 后基因组时代的挑战 |
| 1.4.1 QTL的精确定位 |
| 1.4.2 要加速QTL的遗传鉴定 |
| 1.4.3 要创新研究理念 |
| 1.4.3.1 QTL定位的全局观 |
| 1.4.3.2 QTL定位的动态观 |
| 1.4.3.3 基因网络研究 |
| 1.4.3.4 基因组与基因组间的研究 |
| 1.4.4 要加强学科间的合作和渗透 |
| 第2章 贝叶斯统计在QTL作图中的应用研究进展 |
| 2.1 QTL作图 |
| 2.2 贝叶斯统计 |
| 2.3 单QTL作图 |
| 2.4 多QTL作图 |
| 2.4.1 简单效应的QTL作图 |
| 2.4.2 复杂上位性效应的QTL作图 |
| 2.5 展望 |
| 第3章 四向杂交设计QTL分析的极大似然方法 |
| 3.1 四向杂交设计的数量遗传模型 |
| 3.1.1 四向杂交设计 |
| 3.1.2 四向杂交设计的数量遗传模型 |
| 3.2 四向杂交设计下QTL作图的极大似然估计方法 |
| 3.2.1 QTL遗传效应的极大似然估计 |
| 3.2.2 QTL的似然比测验 |
| 3.3 模拟研究 |
| 3.3.1 模拟设置 |
| 3.3.2 考察指标 |
| 3.3.3 模拟结果 |
| 3.4 讨论 |
| 第4章 八向杂交设计的QTL区间作图方法 |
| 4.1 八向杂交设计及其统计遗传模型 |
| 4.1.1 八向杂交设计 |
| 4.1.2 八向杂交设计的统计遗传模型 |
| 4.2 八向杂交设计QTL的区间作图方法 |
| 4.2.1 两点概率转移矩阵T |
| 4.2.2 QTL基因型的多点联合推断 |
| 4.2.3 QTL作图的极大似然估计 |
| 4.2.4 QTL的似然比测验 |
| 4.3 模拟研究 |
| 4.3.1 模拟设置 |
| 4.3.2 考察指标 |
| 4.3.3 模拟结果 |
| 4.4 讨论 |
| 第5章 双亲本衍生的多个相关群体QTL图谱的联合构建方法 |
| 5.1 数量遗传模型 |
| 5.2 QTL作图的极大似然估计方法 |
| 5.2.1 QTL遗传效应的极大似然估计 |
| 5.2.2 QTL的似然比测验 |
| 5.3 模拟研究 |
| 5.3.1 模拟设置 |
| 5.3.2 考察指标 |
| 5.3.3 模拟结果 |
| 5.4 讨论 |
| 第6章 多亲本杂交衍生的多个相关群体QTL图谱的联合构建方法 |
| 6.1 数量遗传模型 |
| 6.2 极大似然估计方法 |
| 6.2.1 QTL遗传效应的极大似然估计 |
| 6.2.2 QTL的似然比测验 |
| 6.3 模拟研究 |
| 6.3.1 模拟设置 |
| 6.3.2 考察指标 |
| 6.3.3 模拟结果 |
| 6.4 讨论 |
| 第7章 多个相关作图群体构建数量性状基因图的贝叶斯方法 |
| 7.1 贝叶斯回归分析方法 |
| 7.1.1 贝叶斯原理 |
| 7.1.2 MCMC算法 |
| 7.2 单QTL模型和贝叶斯回归方法 |
| 7.2.1 原理和方法 |
| 7.2.2 模拟研究 |
| 7.2.2.1 模拟设置与分析指标 |
| 7.2.2.2 模拟结果 |
| 7.3 多个相关群体多QTL作图的贝叶斯方法 |
| 7.3.1 遗传模型 |
| 7.3.2 贝叶斯作图方法 |
| 7.3.2.1 贝叶斯概率模型 |
| 7.3.2.2 MCMC算法 |
| 7.4 讨论 |
| 7.4.1 单QTL模型和贝叶斯回归方法 |
| 7.4.2 多个相关群体多QTL作图的贝叶斯方法 |
| 参考文献 |
| 读博期间完成的论文 |
| 致谢 |
（10）金华猪群体遗传结构及其起源和驯化的研究（论文提纲范文）
| 缩写词(Abbreviation) |
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一部分 应用微卫星标记对金华猪群体遗传结构的研究 |
| 第一章 文献综述 |
| 第一节 分子标记的种类及其研究进展 |
| 1.RFLP标记 |
| 2.RAPD标记 |
| 3.SSR标记 |
| 4.AFLP标记 |
| 5.mtDNA标记 |
| 6.SNP标记 |
| 第二节 微卫星的研究进展 |
| 1.微卫星的结构 |
| 2.微卫星的遗传特性 |
| 3.微卫星的多态性及定位 |
| 4.微卫星的进化机制 |
| 5.微卫星标记在遗传育种研究中的应用 |
| 第三节.基因组扫描的基本原理和方法 |
| 1.基因组扫描的基本原理 |
| 2.数据的收集与分析 |
| 第二章 材料与方法 |
| 第一节 实验材料 |
| 1.实验动物 |
| 2.实验试剂 |
| 3.主要仪器 |
| 4.主要试剂配制 |
| 5.微卫星引物 |
| 第二节 实验方法 |
| 1.哺乳动物血样基因组DNA的提取 |
| 2.PCR反应体系和条件 |
| 3.利用ABI377测序仪进行微卫星PCR扩增产物的检测分析 |
| 4.统计方法 |
| 5.基于与微卫星连锁程度精细定位猪肉肉质候选基因SIM1 |
| 第三章 实验结果与讨论 |
| 第一节 结果与分析 |
| 1.基因组DNA的提取 |
| 2.微卫星DNA的PCR扩增 |
| 3.微卫星DNA的分型 |
| 4.微卫星等位基因大小、频率及分布 |
| 5.微卫星座位的遗传多样性 |
| 6.金华猪亚群体间及其与国内其它猪种间遗传分化 |
| 7.金华猪亚群体间遗传距离计算及聚类分析 |
| 8.金华猪与国外猪种间遗传距离计算、聚类分析及分化时间的推算 |
| 9.微卫星位点IGF1与生长发育性状的关系 |
| 10.微卫星与候选基因SIM1精细定位 |
| 第二节 讨论与结论 |
| 1.微卫星标记 |
| 2.样本大小和实验结果的可靠性 |
| 3.群体内及群体间遗传变异 |
| 4.群体间遗传关系及分化时间 |
| 5.利用微卫星进行标记辅助选择 |
| 6.利用微卫星精细定位候选基因SIM1 |
| 7.结论 |
| 第二部分 利用线粒体DNA研究中国猪种母系起源与驯化及金华猪所处的进化位置 |
| 第一章 研究背景 |
| 第一节 中国猪种及金华猪的起源与驯化研究进展 |
| 第二节 利用线粒体DNA分子标记进行进化分析的研究进展 |
| 1.线粒体DNA的研究进展 |
| 2.利用mtDNA的多态结构研究群体间进化关系 |
| 3.进化树的构建方法 |
| 第二章 材料与方法 |
| 第一节 实验材料 |
| 1.实验样品 |
| 2.主要药品 |
| 3.主要仪器 |
| 4.主要试剂配制 |
| 第二节 实验方法 |
| 1.猪线粒体DNA的提取 |
| 2.线粒体D-loop区扩增和测序 |
| 3.数据分析 |
| 第三章 实验结果 |
| 第一节 结果与分析 |
| 1.线粒体DNA D-loop区的扩增结果 |
| 2.线粒体D-loop区序列分析 |
| 3.线粒体D-loop区序列单倍型分析 |
| 4.构建系统发生树 |
| 5.构建单倍型网络关系图 |
| 6.中国猪种主要单倍型的地理分布 |
| 第二节 讨论与结论 |
| 1.利用线粒体DNA的D-loop区序列构建系统进化树 |
| 2.-中国猪种线粒体D-loop区序列 |
| 3.中国猪种母系起源与驯化及金华猪所处的进化位置 |
| 4.结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在校期间发表论文: |
四、基因图谱的构建及其在动物遗传育种中的应用（论文参考文献）
- [1]猪育种技术研究进展[J]. 任慧波,朱吉,崔清明,邓缘,刘莹莹,胡雄贵,李华丽,陈晨. 养猪, 2020(04)
- [2]基于转录组测序的火炬松功能基因作图及其与松脂和木材性状的连锁分析[D]. 祝文娟. 华南农业大学, 2017(08)
- [3]中国美利奴绵羊MHC ClassⅡb区段349Ⅰ12 BAC克隆基因组成与结构分析[D]. 白大章. 石河子大学, 2011(05)
- [4]微卫星标记及在兔遗传育种中的应用[J]. 陈川,赵进,陈泓龙,周宁宁,马艳,邬佳丽. 安徽农业科学, 2011(01)
- [5]2个山羊品种多羔基因聚合效应的研究[D]. 李广. 西北农林科技大学, 2009(S1)
- [6]巴音布鲁克羊的起源和系统地位的研究[D]. 耿岩. 扬州大学, 2008(02)
- [7]鹅分子遗传标记研究进展[J]. 潘爱銮,杜金平,皮劲松,申杰,梁振华,蒲跃进. 湖北农业科学, 2007(06)
- [8]布尔山羊和西农萨能奶山羊产羔性状的微卫星标记研究[D]. 朱广琴. 西北农林科技大学, 2007(06)
- [9]复杂交配设计数量性状基因图谱的构建方法[D]. 敖雁. 扬州大学, 2007(01)
- [10]金华猪群体遗传结构及其起源和驯化的研究[D]. 赵晓枫. 浙江大学, 2007(05)