一、Construction of Molecular Linkage Map of Cultivated Allotetraploid Cotton (Gossypium hirsutum L.×G. barbadense L. )with SSR and RAPD Markers（论文文献综述）
张潇[1]（2021）在《陆地棉野生系阔叶棉产量和纤维品质QTL有利等位基因鉴定》文中研究说明棉花是世界上最重要的天然纤维作物,也是重要的油料作物和蛋白作物。陆地棉是世界上种植范围最广泛的栽培种,生产了世界上95%以上的棉花。但是由于经过人类长期的人工选择和遗传改良中少数种质的应用,导致陆地棉种内遗传多样性丧失,遗传基础越渐狭窄,优异资源匮乏,限制高产、优质、多抗棉花新品种的培育。陆地棉野生种系是野生种与栽培种之间的中间类型,其遗传多样性丰富,且具有结铃性强、铃大、纤维品质优异等特点。因此,鉴定陆地棉野生系优良等位基因可为陆地棉遗传改良提供宝贵基因资源。本研究以陆地棉丰产品种中棉所35和陆地棉野生棉阔叶棉大铃材料阔19为亲本,构建包括171个株系的[（中棉所35×阔叶棉19）×中棉所35]BC1F2:7重组自交系群体,利用SSR引物和SLAF-seq检测的SNP标记构建遗传图谱,结合多年多点产量和纤维品质性状鉴定数据,定位棉花产量和纤维品质性状QTL。其结果如下:1.产量和纤维品质性状分析群体产量和纤维品质相关性状在7个环境整体均呈正态分布,变异范围较大,且呈连续分布。方差分析结果显示棉花产量、纤维品质性状除了受基因型控制外,同时也有极显着的环境效应。产量和纤维品质性状间相关性分析表明:子指与衣分和马克隆值呈极显着负相关,与其他性状呈极显着正相关;铃重与衣指呈极显着正相关;衣分与马克隆值呈极显着负相关;衣指与纤维品质性状至少在1个环境中表现为正相关;纤维上半部长度、纤维整齐度和纤维比强度之间呈极显着正相关与马克隆值呈极显着负相关,马克隆值与纤维伸长率无关;产量和纤维品质性状除了马克隆值外都与种子相关性状呈极显着正相关。2.遗传图谱构建利用SLAF-seq技术对重组自交系进行高通量测序获得的SNP标记,以及通过亲本间多态性筛选和群体标记基因检测获得的SSR标记,构建了一张包含1771个位点（1728个SNP标记和43个SSR标记）的遗传图谱,图谱遗传距离为4259.691c M,标记间平均遗传距离4.815 c M,覆盖陆地棉基因组98.75%。At亚组共有938个多态性标记,遗传距离为2219.086 c M,标记间的平均距离为2.366 c M,覆盖At亚组的98.33%;Dt染色体亚组有833个SNP标记,遗传距离为2040.605 c M,标记间的平均遗传距离为2.450 c M,覆盖Dt亚组的96.75%。3.产量性状和纤维品质相关性状QTL定位结合构建的[（中棉所35×阔叶棉19）×中棉所35]BC1F2:7重组自交系群体遗传图谱和产量和纤维品质相关性状在6个不同环境的表型数据,本研究一共定位到339个产量和纤维品质相关性状QTL。产量性状有183个QTL,其中,31个子指QTL,解释性状表型变异6.5-21.4%;44个铃重QTL,解释性状表型变异6.6-28.5%;26个衣分QTL,解释性状表型变异6.7-15.8%;12个衣指QTL,解释性状表型变异6.6-10.9%;68个QTL种子相关性状（种子面积、种子长、种子宽）,解释性状表型变异6.6-27.9%。纤维品质有156个QTL,46个QTL纤维上半部长度,解释性状表型变异6.6-35.4%;27个纤维整齐度QTL,解释性状表型变异6.6-17.3%;46个QTL纤维比强度,解释性状表型变异6.5-26.7%;11个马克隆值QTL,解释性状表型变异6.6-21.6%;26个纤维伸长率QTL,解释性状表型变异6.5-16.2%。4.稳定的产量性状和纤维品质相关性状QTL82个QTL在不同环境中重复检测到,包括34个产量性状QTL,48个纤维品质性状QTL。产量性状中有17个子指QTL、8个铃重QTL、8个衣分QTL,1个衣指QTL;17个QTL的有利等位基因来源阔叶棉19,17个QTL有利等位基因来源中棉所35。纤维品质性状QTL中有20个上半部长度QTL、22个比强度QTL、1个马克隆值QTL、3个整齐度QTL、2个伸长率QTL;有31个QTL增效基因来源阔叶棉19,17个QTL增效基因来自中棉所35。此外,246个QTL集中分布在47个QTL簇中。这些多环境鉴定的QTL（尤其有利等位基因来源阔19的QTL）可用于陆地棉分子标记辅助育种。
黄莎[2]（2021）在《陆地棉优质早熟群体产量与纤维品质性状QTL定位》文中认为棉花是世界首要的天然纤维作物,同时也是重要的蛋白作物和油料作物。棉花的产量和纤维品质是棉花研究中最受关注的部分,棉花的产量与纤维品质性状都是数量性状,且两者之间呈一定的负相关关系,所以需要研究者对棉花产量性状和纤维品质进行不断深入研究。本研究以陆地棉优质品种渝棉1号为母本与早熟品种超早3号为父本进行杂交,构建了一个包含184个单株的（渝棉1号×超早3号）RIL F2:6群体。利用SSR分子标记和SLAF-seq SNP标记共同构建高密度遗传图谱,在多环境鉴定产量和纤维品质性状基础上,定位棉花产量性状和纤维品质性状的QTL。主要研究结果如下:1.产量、纤维品质性状表型分析鉴定的9个性状在4个环境中均呈正态分布。除纤维断裂比强度外,其它性状均存在超亲分离现象。方差分析结果显示,各性状基因型和环境效应均达极显着。相关性分析显示,纤维整齐度、纤维断裂比强度、纤维伸长率都与纤维长度呈显着正相关,纤维断裂比强度、纤维伸长率都与纤维整齐度呈显着正相关,纤维伸长率与纤维断裂比强度,籽指和衣分两两呈显着正相关,纤维长度、纤维断裂比强度都与马克隆值呈显着负相关。2.遗传图谱利用3578对SSR引物对亲本进行多态性筛选,筛选出有多态性的引物145对,多态性比率为4.05%。对分布于26条染色体的8020个SSR与SNP标记进行遗传连锁分析,构建的遗传图谱共2945个位点,包括41个SSR位点和2904个SNP位点,图谱遗传长度4650.71 cM,两个位点之间的平均遗传距离为1.58 cM,覆盖陆地棉基因组总长的98.30%。At亚组1525个位点,遗传长度为2415.27 cM,覆盖At亚基因组的98.42%;Dt亚组1420个位点,遗传长度为2235.44 cM,覆盖Dt亚基因组的98.10%。3.产量和纤维品质性状QTL定位共定位到78个与产量和纤维品质性状相关的QTL,分布于26条染色体,包括37个产量性状QTL,41个纤维品质性状QTL,LOD值分布在2.50～7.76,解释表型变异6.4%～23.4%。At亚组共定位到38个QTL,Dt亚组共定位到40个QTL。42个QTL有利等位基因来源于渝棉1号,36个QTL有利等位基因来源于超早3号。有10个QTL在两个以上环境中检测到,纤维长度QTL qFL-D11-1在四个环境均检测到。在4条染色体上共检测到5个QTL簇,包含17个QTL。定位环境稳定QTL将有助于后续开展棉花产量和纤维品质性状QTL的精细定位和图位克隆研究,同时也可用于高产优质棉花新品种培育。
马君睿[3]（2021）在《陆地棉与野生种系尖斑棉杂交群体产量及纤维品质QTL定位》文中认为棉花是天然纤维作物,是纺织业必不可少的原材料,同时棉花也是重要的油料来源作物,棉籽经过加工生产可以为我们提供生活中不可或缺的优质植物油。陆地棉种植分布范围广、产量高,但陆地棉种内遗传基础较为狭窄,严重影响棉花遗传改良。陆地棉野生种系与栽培种陆地棉的亲缘关系较近,杂交后代可育,可以直接作为育种材料;而且陆地棉野生种系具有许多优良性状,比如显着的抗虫性、抗病性、优良的耐旱耐盐碱能力,对拓宽陆地棉遗传基础、丰富陆地棉种植资源具有重要的意义。本研究利用陆地棉栽培品种中棉所35作为母本,陆地棉野生种系尖斑棉TX-230作为父本,构建F2:7重组自交系群体。利用SLAF-seq技术得到的SNP标记和SSR标记构建高密度遗传连锁图谱,定位棉花产量和纤维品质性状QTL,为拓宽陆地棉遗传基础奠定基础。主要的研究结果如下:1.产量及纤维品质性状表现在2019-2020年四个环境下,（中棉所35×TX-230）F2:7重组自交系群体产量和纤维品质性状呈连续分布。相关性分析表明,在全部的四个环境中,纤维整齐度、纤维伸长率、纤维长度、断裂比强度两两之间都呈极显着正相关;子指与衣分均呈极显着负相关;衣分与马克隆值呈极显着正相关;在2019海南三亚、2020新疆库尔勒、2020新疆奎屯三个环境下,衣指分别与铃重、百粒重、纤维长度、马克隆值均呈极显着正相关。2.遗传图谱构建利用SLAF-seq技术和SSR技术对（中棉所35×TX-230）F2:7重组自交系群体进行全基因组标记基因型检测,构建的高密度遗传图谱包含2412个位点（2338个SNP位点和74个SSR位点）,总图距4696.77 c M,标记间的平均遗传距离为1.95 c M。At亚组有1354个位点,覆盖长度为2434.55 c M,标记间平均遗传距离为1.80 c M。Dt亚组有1058个位点,覆盖长度为2262.25 c M,标记间平均遗传距离为2.14 c M。3.产量及纤维品质性状QTL定位到产量和纤维品质性状QTL共130个,其中包括81个产量性状QTL、49个纤维品质QTL。4个环境下均能检测到的QTL有6个（5个衣分QTL、1个籽指QTL）;能在3个环境下检测到的QTL有9个（6个衣分QTL、2个衣指QTL、1个子指QTL）;能在2个环境下检测到的QTL有28个（14个衣分QTL、4个子指QTL、5个衣指QTL、1个铃重QTL、4个纤维长度QTL）;定位到数量最多的是衣分相关QTL,共有36个,数量最少的是纤维伸长率相关QTL,共定位到2个。这些在3个或4个环境检测到的稳定QTL,可进行下一步精细定位和图位克隆研究。
欧云灿[4]（2021）在《陆地棉产量和纤维品质性状QTL分析》文中研究指明棉花是世界上重要的经济作物,也是纺织工业的重要原料之一,棉属包括45个二倍体种和7个异源四倍体种,其中有2个四倍体栽培棉种,分别是陆地棉和海岛棉。陆地棉产量占世界棉花总产量的95%以上,但陆地棉纤维品质比海岛棉差,缺乏纺高档棉纱的品种。棉花产量和纤维品质性状之间存在负相关,因此利用传统的育种方法很难满足纤维品质与产量性状同步改良。随着生物技术的迅速发展,基因组测序技术已广泛应用于棉花分子育种研究中,这为陆地棉产量和纤维品质性状的遗传改良和有利等位基因挖掘奠定了基础。本研究采用SSR分子标记技术和简化基因组测序技术（SLAF-seq）检测（渝棉1号×N274）F2:7重组自交系（RIL）群体180个家系基因型,构建遗传连锁图谱,结合该群体产量和纤维品质表型数据,进行产量和纤维品质性状有利等位基因的挖掘。主要研究结果如下:1.SSR基因型检测本研究以陆地棉优质品种渝棉1号为母本,N274为父本构建（渝棉1号×N274）F2:7重组自交系群体,利用实验室前期筛选的260对多态性SSR引物对RIL群体进行基因型检测,共获得了78个有效的SSR多态性位点。2.SLAF-seq基因型检测利用SLAF-seq技术对RIL群体进行简化基因组测序,共得到1246.78M的reads,亲本平均测序深度为59.29×,子代平均测序深度为27.36×,测序结果共开发获得354046个SLAF标签,其中表现出多态性的有8732个SLAF标签,多态性比例为2.47%。8732个多态性SLAF标签经过多重过滤剔除,共计获得2127个有效SNP位点。3.遗传图谱构建利用Joinmap4.0软件对78个SSR多态性位点和2127个SNP位点进行遗传连锁分析,构建了一张包含78个SSR标记和2127个SNP标记的高密度遗传连锁图谱,该图谱重组长度为3195.8 c M,标记间平均距离为1.4 5c M。其中,A亚基因组包含39个SSR标记和1216个SNP标记,覆盖长度为1683.65 c M,标记间平均距离为1.34 c M;D亚基因组包含39个SSR标记和911个SNP标记,覆盖长度为1512.15 c M,标记间平均距离为1.59 c M。4.产量及纤维品质性状QTL定位在遗传连锁图的基础上,结合2019年重庆、2019年海南、2020年新疆库尔勒和新疆奎屯4个环境的产量和纤维品质性状表型数据,利用软件Map QTL6.0进行QTL检测。在4个环境中共定位到70个产量和纤维品质性状相关QTL,包括12个产量性状相关QTL,58个纤维品质性状相关QTL。其中有46个QTL在染色体A亚组能被检测到,有24个QTL在染色体D亚组能被检测到。在两个环境中均能被检测到的有7个QTL（q SIA01、q FLA01.1、q FLD13.1、q FSA07.2、q FMA01、q FMD06和q FED07）,在三个环境中均能被检测的到有3个QTL（q SIA07、q FLA07.2、q FMA07）。此外,有6个QTL簇集中分布在A01、A05、A07、A13、D06和D13染色体上。研究结果为棉花产量和纤维品质QTL的精细定位、图位克隆和候选基因鉴定奠定了基础。
杨乐[5]（2021）在《陆地棉和野生种系帕默尔棉杂交群体产量和纤维品质QTL定位》文中研究指明棉花是我国重要的经济作物,在我国国民经济中占有不可替代的作用。目前,陆地棉种内种质资源匮乏,遗传基础相对狭窄,棉花纤维产量和品质之间存在一定的负相关,同步改良产量和品质有困难。利用远缘杂交,将陆地棉栽培品种与野生种系杂交,对后代进行选育,能使野生种系的有益性状转移到栽培陆地棉中,从而培育棉花新品种。本研究以高产、适应性广的陆地棉栽培品种中棉所35号为母本,以具有抗黄萎病、耐寒、耐旱等特点的陆地棉野生种系帕默尔棉TX-832为父本,构建了包含182个家系的（中棉所35号×TX-832）F2:6重组自交系群体。利用SSR标记和SLAF-seq测序获得的SNP标记构建了覆盖陆地棉全基因组的高密度遗传图谱,结合六个环境下重组自交系群体的产量性状和纤维品质表型数据,鉴定了产量和纤维品质性状QTL。主要研究结果如下:1.遗传图谱构建将SLAF-seq测序获得的15765个SNP标记和亲本间具有多态性的153个SSR标记,共计15918个标记,利用作图软件进行遗传图谱构建,将共分离标记整合,最终获得一张包含3311个位点的陆地棉种内高密度遗传图谱,覆盖全长4690.73c M（A亚组2603.84 c M,D亚组2086.90 c M）,位点间平均距离为1.46 c M。其中,SNP位点3158个,SSR位点153个;A亚组位点1758个（1679个SNP位点,79个SSR位点）,D亚组位点1553个（1479个SNP位点,74个SSR位点）;该图谱各条染色体覆盖陆地棉TM-1基因组比率均达95.97%以上。2.群体产量和纤维品质的性状表现（中棉所35号×TX-832）F2:6重组自交系各产量性状和纤维品质变异范围较广,整体上都呈连续的正态分布。群体在铃重、籽指、衣分、衣指、纤维长度、整齐度和断裂比强度等性状中都表现出明显的超亲分离现象。相关性分析表明:籽指、衣指、铃重、纤维长度、断裂比强度、整齐度、伸长率等指标两两之间在至少一个环境下呈显着或极显着正相关;马克隆值、衣分、衣指等指标两两之间在多个环境下呈极显着正相关。3.产量、纤维品质QTL定位利用构建的高密度遗传图谱,结合多年多点产量和纤维品质性状,在26条染色体鉴定到了68个产量QTL和180个纤维品质QTL。有24个QTL有利等位基因来自帕默尔棉,其余224个QTL有利等位基因均来自中棉所35号。68个产量性状QTL中包括30个铃重QTL、10个衣指QTL、15个衣分QTL、13个籽指QTL,LOD值介于2.5-10.57,解释表型变异介于6.2%-23.5%;180个纤维品质QTL包含55个长度QTL、45个整齐度QTL、51个断裂比强度QTL、9个马克隆值QTL、20个伸长率QTL,LOD值介于2.5-15.31,解释6.1%-33.8%的表型变异。有57个QTL在三个及三个以上环境下均检测到,q LPA07.1在六个环境下都稳定存在,解释表型变异为6.4%-11.8%,中棉所35号使其表型效应值增加;q FMD03.1在四个环境下均检测到,解释10.5%-33.8%的表型变异,增效基因来自中棉所35号。有154个QTL密集分布在除A06、D02、D06外的23条染色体的42个QTL簇内。这些稳定QTL和QTL簇对候选基因克隆、功能分析等研究奠定了基础。
余静文[6]（2021）在《基于全基因组重测序解析新疆海岛棉遗传变异及纤维性状相关基因的挖掘》文中研究指明海岛棉（Gossypium barbadense L.）是世界上广泛种植的栽培棉之一,因其在纤维品质和抗病性等性状上的突出表现而受到人们的广泛关注。近年来,随着测序技术快速发展,测序成本的降低,基因组学的相关研究进入了高通量、高精度的新时期。基于新型测序技术的海岛棉高质量基因组组装已经完成,而利用高通量的重测序可实现对海岛棉群体的精细分析和基因定位,并为海岛棉基因组资源的高效利用创造条件。新疆自治区是我国目前唯一的海岛棉生产基地,利用分子标记探索新疆棉区自育海岛棉群体遗传变异特点,鉴定具有遗传改良价值的关键基因对加速新疆海岛棉育种进程有着重要意义。本研究对240份海岛棉材料进行了高通量重测序,构建海岛棉的高精度基因组变异图谱,并利用鉴定的遗传变异多态性解析该海岛棉群体的结构和连锁不平衡特点。对12个重要的性状进行表型鉴定和全基因组关联分析,为海岛棉分子生物学研究和遗传改良提供重要遗传信息,主要研究内容和结果如下:1.对220份新疆自育海岛棉资源和20份其它棉区的海岛棉种质资源进行重测序。共获得6.34 Tb的测序数据。通过与基因组的序列比对和群体变异检测,共鉴定到3632231个高质量的单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）和221354个片段的插入缺失（Insertion-deletion,In Del）。2.利用系统发育分析、主成分分析（Principal components analysis,PCA）和STURUCTURE分析等方法对该群体进行群体结构预测,发现240个海岛棉材料大致分为5个亚群,其中新疆海岛棉群体大致由4个亚群组成。新疆之外,包括美国、埃及、东亚国家、我国云南和海南等地的海岛棉种质资源单独聚类,并与新疆自育海岛棉存在一定的遗传距离。说明新疆海岛棉逐渐形成了独具特色的海岛棉资源类型。3.海岛棉不同亚群间性状表型变异丰富,特别是纤维品质性状。群体遗传学发现,不同亚群间的遗传多样性差异不明显,国外海岛棉种质资源的遗传多样性整体水平高于新疆海岛棉。连锁不平衡（Linkage disequilibrium,LD）分析发现,新疆海岛棉种质资源的LD水平高于陆地棉和亚洲棉,且At亚组的LD衰减距离大于Dt亚组。4.分别在两个试验点对12个重要的棉花性状进行连续两年的表型鉴定,利用统计分析计算性状间的相关性以及广义遗传力（Broad-sense heritability,BSH）,并对表型的多样性进行分析。极显着正相关的性状有单铃重与皮棉和籽棉产量、衣分与皮棉产量、株高与皮棉和籽棉产量、株高与第一果枝节位和单株铃数,以及单株铃数与皮棉和籽棉产量。极显着负相关的性状有第一果枝节位和皮棉产量、衣分、单株铃数。总体看来,纤维品质性状之间的相关性强于产量性状。BSH的变化范围为0.17（单株铃数）至0.57（衣分）,其中纤维品质性状的遗传力水平整体来看高于产量性状,可见纤维产量更易受到环境因素的影响。5.用表型数据的最优线性无偏估计（Best linear unbiased prediction,BLUP）值与基因型数据进行全基因组关联分析（Genome-wide association studies,GWAS）,基于较严格的阈值（p<0.05/n）共鉴定了168个显着相关核苷酸多态性位点（Single nucleotide polymorphism,SNP）。基于建议相关的阈值（p<1/n）共鉴定了2645个SNP。所鉴定的SNP在基因组上分布不均匀,其中D11号染色体的SNP最多,其次为A07染色体。Dt亚组的SNP数量多于At亚组。对于研究的性状而言,鉴定到的纤维强度关联信号最多,其次是衣分,而籽棉产量和第一果枝节位没有鉴定到显着的关联信号,这可能与性状本身的复杂性和对环境因素的敏感性等因素有关。6.基于上述关联分析结果,利用连锁不平衡系数、基因功能注释和RNAseq等方法筛选候选基因,并用不同纤维强度或衣分表型的海岛棉材料进行q PCR表达分析。鉴定出3个与纤维强度相关的候选基因,包括编码酪蛋白激酶I的基因GB＿D11G34371、编码微管相关蛋白的基因GB＿D11G3460和GB＿D11G3471;1个与衣分相关的重要候选基因GB＿A07G1034,该基因编码一种受BRs调节的受体激酶。综上所述,本研究利用重测序完成了海岛棉群体的基因分型,解析了海岛棉的群体结构、连锁不平衡和遗传多样性等特征。并对新疆海岛棉12个重要的性状进行了GWAS分析,其中纤维强度和衣分性状鉴定到了较多的稳定关联SNP。着重分析以上两个性状的关联结果,最终筛选到了2个与纤维强度相关和1个与衣分相关的候选基因。为海岛棉遗传改良提供重要理论基础和目的基因。
李鑫[7]（2020）在《陆地棉花青素合成调控基因的定位克隆和功能分析》文中提出花青素是一种重要的植物色素,在植物的花,果实和叶片中广泛分布。花和果实中的花青素起到吸引昆虫授粉和种子传播的功能,而叶片部位积累的花青素会受到阳光和其他胁迫诱导,其生物学功能为保护植物免受紫外线伤害,抵御病虫侵害。陆地棉红色植株R1是因为花青素的积累而导致的叶片颜色改变,并具有抗虫性的优点。另一陆地棉品系亚红株Rs的叶片颜色较红色植株R1稍浅,有较高光合作用效率的特点。由于花青素在陆地棉中的重要功能,对其进行遗传学研究对于改良棉花品质具有重要的理论指导和应用价值。陆地棉品种T586含有红色植株性状,和渝棉一号之间的遗传背景相差较大,前期研究利用SSR分子标记和重组自交系构建了陆地棉的高密度遗传图谱,对于陆地棉的育种研究及基因定位具有重要的价值。但是两种材料之间的SSR标记数量已接近饱和,并且SSR标记的分布密度较低。随着陆地棉的基因组的公布,基因组重测序技术使得陆地棉开发SNP标记和In Del标记也变得较为容易,便于我们对陆地棉的质量性状进行图位克隆和精细定位。本论文通过对陆地棉材料T586和渝棉一号进行基因组重测序,获得了材料间的SNP及In Del位点信息。利用重组自交系群体,通过开发SNP标记成功将红色植株R1基因定位为Gh PAP1D基因,遗传转化实验证实Gh PAP1D在棉花中具有促进花青素合成和积累的功能,并通过转录组和双荧光素酶报告系统对Gh PAP1D在棉花中的花青素调控机制进行了探究。论文还对亚红株突变体的花青素调控基因也进行了基因功能研究,转录组测序分析发现Gh PAP1A的表达差异与亚红株性状相关,序列分析发现亚红株的Gh PAP1A基因启动子区含有50bp的串联重复,GUS染色发现Gh PAP1A的启动子区的50bp串联重复差异是该基因在亚红株中上调表达的原因,并通过烟草遗传转化和VIGS验证了Gh PAP1A基因具有调控花青素合成的功能。主要结果如下:1.通过基因组重测序技术获得陆地棉材料T586和渝棉一号间的SNP和In Del差异信息对陆地棉材料T586和渝棉一号进行了全基因组重测序,分别获得了31.42Gbp和29.55Gbp的Clean data数据,平均测序深度约为10×。对测序数据进行质控发现测序碱基的质量较高（Q20>=96.21%）,且GC含量在36.53%～37.07%之间,表明通过测序获得的数据量和测序质量都合格,并且GC含量分布正常。通过比对陆地棉参考基因组TM-1发现,两个样本的比对率在98.89%～99.53%之间,平均覆盖深度在10.65×～13.19×之间,比对结果正常可以用于后续的SNP和In Del变异检测。SNP检测结果发现,相对于参考基因组TM-1,T586样品和渝棉一号分别检测到2,288,133和1,890,741个SNP位点。其中大部分SNP位点分布在基因间区（2,014,437和1,678,640个）,其次位于内含子区（分别有117,309和88,167个）。同时对T586和渝棉一号进行材料间的SNP检测发现,共检测到2,131,593个SNP位点差异,也是主要分布于基因间区。分析SNP突变频率发现,其中转换突变大于颠换突变（ts/tv=2.2）,总体来说两材料间获得的SNP数量较多,有利于开发相应的分子标记。对In Del位点进行检测发现,相对于参考基因组T586和渝棉一号分别获得了191,876和130,718个In Del位点,主要也是分布在基因间区（151,087和104,163个）,其次分布于内含子区（15,357和10,101个）。统计两样品间的In Del位点发现,材料间共含有184,801个In Del位点,且分布位置也主要位于基因间区。对编码区的In Del长度进行统计,发现In Del的数量随着其长度的增加而逐渐减少,并且其中3倍长度的In Del数量要高于其两侧。2.对棉花红色植株R1基因进行遗传定位、序列分析和功能验证利用重测序获得的SNP数据,在R1基因定位区间内开发SNP标记,共筛选到8个在亲本间具有较好多态性的SNP标记。使用新开发标记对RIL群体进行基因分型,将R1基因定位于新开发标记S5和S6之间,两标记的物理距离约232Kb,区间内包含有3个注释基因。转录组和q RT-PCR分析发现三个基因中只有Gh PAP1D（Gohir.D07G082100）的表达水平有差异。比对克隆发现两种材料中Gh PAP1D启动子区含有一段228bp的串联重复差异,因此遗传定位结果表明Gh PAP1D与红色植株R1性状相关。烟草和棉花遗传转化实验发现,超量表达Gh PAP1D基因的棉花和烟草材料的花青素含量显着上升,并且叶片颜色呈现红色,表明Gh PAP1D基因具有调控花青素的合成和积累的功能;另外通过VIGS方法下调Gh PAP1D在棉花红色植株的表达,发现红色植株的叶片颜色变为绿色,花青素含量也相应下降,进一步证实了在棉花叶片中Gh PAP1D起到了调节花青素合成的作用。为明确Gh PAP1D在棉花叶片中是怎样调控花青素的合成的,对超量表达Gh PAP1D的转基因棉花和其Null系的叶片及群体中的红色植株和绿色植株进行了转录组测序。超量表达植株中共发现567个差异表达基因,其中上调基因有305个,下调基因262个。差异基因中有38个和花青素合成相关的基因上调,没有发现下调表达的花青素合成相关基因。其中花青素合成途径的后期结构基因如DFR（Gohir.D06G004300）,2个UFGT基因（Gohir.A02G139800,Gohir.D03G050200）和2个GST基因（Gohir.A07G074300,Gohir.D07G079000）在群体中的红色植株中也显着上调,说明Gh PAP1D通过调控花青素合成途径的结构基因的表达来行使促进花青素合成的功能。并通过双荧光素酶报告检测实验验证了Gh PAP1D可以与下游结构基因Gh UFGT（Gohir.A02G139800）和Gh GST（Gohir.A07G074300）的启动子结合,并且起到转录激活的作用。另外对超量表达Gh PAP1D的红色棉花叶片的抗虫性进行了检测。叶片对棉铃虫的抗虫性检测结果发现超量表达Gh PAP1D不仅会影响棉铃虫的取食偏好,而且会抑制棉铃虫的生长。叶片对朱砂叶螨的抗虫性检测发现,超量表达Gh PAP1D的红色叶片对朱砂叶螨的生长和繁殖都具有抑制作用。因此超量表达Gh PAP1D增强了棉花叶片对两种害虫的抗虫性,说明Gh PAP1D是一种可利用的广谱抗虫基因位点。3.亚红株中花青素调控基因Gh PAP1A的表达水平分析,序列分析及功能验证表型观察发现亚红株突变体具有和红色植株相似的红色叶片表型,并且颜色浅于红色植株R1,花青素含量测定发现亚红株中的颜色改变与花青素含量相关。对亚红株进行转录组测序,分析其中花青素合成途径相关基因的表达情况,发现5个花青素合成相关的结构基因的表达水平相对绿色植株上升,但是没有红色植株R1上升幅度大。另外检测花青素合成途径的调控基因Gh PAP1的表达情况发现,亚红株中Gh PAP1A基因的表达水平显着上升,而Gh PAP1D基因表达并无变化,因此表明Gh PAP1A与亚红表型相关。对比克隆亚红株和绿色植株Gh PAP1A的启动子和基因组序列发现,两个材料的Gh PAP1A基因组序列之间具有105个SNP和16个In Del差异,其中第三个外显子区具有3个错义突变（T133I,Y180C and C230S）,另外在基因启动子区上游217bp处发现一段50bp的串联重复差异。进一步比对亚洲棉材料相应的Ga PAP1序列发现,亚红株中的Gh PAP1A编码区和内含子区序列与亚洲棉的序列完全一致,启动子区只有50bp串联重复序列的差异,序列的高度相似性表明亚红株中的Gh PAP1A基因是最近由亚洲棉渗入而来。GUS染色发现亚红株的Gh PAP1A启动子活性高于亚洲棉,说明启动子区50bp的串联重复差异引起了亚红株Gh PAP1A基因表达的上调。为了检测亚红株和绿色植株中的Gh PAP1A基因的3个错义突变是否影响基因功能,在烟草中通过遗传转化超量表达这两种来源的Gh PAP1A基因。表型观察发现,两种转基因烟草的表型一致,叶片颜色都呈现红色且花青素含量都相比于野生型烟草显着上升,而两种转化子之间的花青素含量没有差异。因此说明亚红株和绿色植株中的Gh PAP1A基因编码区的差异不影响其调控花青素合成的基因功能,同时也说明亚红株表型是由于Gh PAP1A的表达上调导致的。同时通过VIGS方法在亚红株材料中下调Gh PAP1A的表达,红色叶片转变为绿色并且花青素含量也显着下降,进一步证实了Gh PAP1A基因在亚红株叶片中起到调控花青素合成的功能。
王丽媛[8]（2020）在《陆地棉优异种质J02-508纤维相关性状QTL定位及偏分离分析》文中研究表明棉花作为世界上最重要的天然纤维作物之一,在我国国民经济中占据着重要的地位。近年来,随着人民生活水平的提高和纺织技术的发展,人们对棉纤维品质的要求越来越高。现有陆地棉品种遗传基础比较狭窄,限制了其纤维品质的进一步改良。棉属中丰富的品种资源为陆地棉育种和遗传改良提供了遗传物质基础,种间杂交策略在棉花育种过程中得到了广泛应用。棉花主要的农艺性状如产量、纤维品质等重要性状均为数量性状,其表现受环境和多基因共同作用影响,利用传统育种方法进行改良进展缓慢。目前,棉花基因组信息不断完善,在全基因组水平上将性状与QTL相结合,有助于解析相关性状的遗传基础,为棉花品质育种提供借鉴和补充。本研究以纤维品质优异的J02-508和品质差的ZRI015两个陆地棉为亲本组配群体,结合简化基因组（GBS）测序技术,从全基因组水平对纤维产量及品质性状进行QTL定位;并以J02-508为研究材料,对纤维长度相关候选基因进行预测分析与功能验证;同时对群体中的偏分离现象进行分析,结合亲本J02-508的复杂遗传背景信息加以研究,以解析优异纤维品质的遗传基础。主要结果如下:1.对J02-508与ZRI015两个亲本的铃重、衣分、纤维长度、纤维强度、伸长率和马克隆值6个纤维产量与品质性状进行比较,除衣分和伸长率之外,所有调查性状在两个亲本之间均存在显着（P<0.005）或极显着（P<0.001）差异。6个性状在F3、F4、F5和F6四个世代群体中表现出连续和近似的正态分布;纤维强度与纤维长度在四个世代间均呈现极显着正相关,纤维强度与铃重、衣分之间的相关性不显着。J02-508与ZRI015组配的后代群体,在一定程度上削弱了纤维产量与品质特别是与纤维强度间的负相关性。2.对亲本和F5群体的237个家系进行GBS测序,基于亲本基因型检测结果,进行亲本间多态性标记开发,总共得到115,544个标记位点。经过完整度过滤、偏分离筛选后,获得了7,071个标记用于遗传图谱构建。最终构建的高密度遗传图谱包含4,060个标记,总长度为2,388.07 cM,相邻标记间平均间隔为0.588 cM。结合F5、F6两个世代各性状表型数据,对6个纤维产量与品质性状进行QTLs定位,得到122个相关的QTLs,其中稳定的QTLs有28个,纤维长度相关的QTLs集中在D11染色体上,纤维强度相关的QTLs中效应值最高的QTL分布在D08染色体上（LOD为6.42）。3.D11染色体上聚集纤维长度相关的QTLs,根据基因结构、表达模式分析,在qFL-D11-4附近找到一个纤维长度候选基因GHD11G2586,属于磺基转移酶（SOT）基因家族。对棉花SOT基因家族系统分析,在亚洲棉、雷蒙德氏棉、海岛棉和陆地棉基因组中共鉴定出245个SOT基因。根据与拟南芥的同源关系,245个SOT基因中有170个被进一步分为4个亚家族。GHD11G2586在不同组织和纤维发育阶段的表达模式表明其可能参与了纤维的发育;在J02-508材料中进行VIGS沉默该基因后,与阴性对照植株相比,沉默植株的茎毛数量减少、茎毛和叶毛的长度明显变短。茎毛和叶毛以及棉纤维都属于单细胞表皮毛,很可能具有相似的纤维分化和发育机制。综合上述结果表明,GHD11G2586可能参与了纤维的发育过程,对纤维的伸长起到正向调节作用。4.统计26条染色体上25,018个多态性标记的卡方检验结果,发现该群体存在显着的标记偏分离现象,偏分离标记所占的比例平均值达到83.13%。其中D08染色体上分布的标记总数最多有5,710个,偏分离标记所占的比例也最高,达99.39%。对D08染色体上所有标记考虑在内,划分Bin标记后与纤维强度性状数据进行关联分析,结果表明D08染色体上7-60 Mb区间内有一个连锁的低重组区,区间内SNP标记与纤维强度显着相关(-log10（P）>16)。利用DistortedMap软件校正偏分离标记间的遗传距离,再次进行QTL检测,在7-60 Mb区间内鉴定到一个纤维强度相关的QTL（命名为qFSD08）,LOD值从传统定位的6.42显着提升到11.42,解释表型变异20.12%。5.根据两个亲本的系谱记录,J02-508材料可能含有多种外源棉种血缘。我们利用课题组内测序与收集整理的3,227个棉花材料群体重测序数据,对J02-508材料中的纤维强度QTL（qFS-D08）的来源进行了追踪鉴定。通过聚类、比对、PCR扩增等多种方法确定J02-508材料中外源片段区间为7.073-60.027 Mb,与qFSD08的物理区间重合,来自于二倍体野生棉瑟伯氏棉（G.thurberi）的CM013381.1染色体,对应区间是5.299-36.270 Mb。本研究构建高密度遗传图谱,在全基因组水平上检测与纤维产量、品质相关的QTL,为相关性状候选基因挖掘奠定基础,可以为棉花产量、品质改良研究提供有益信息。同时本研究进一步明确了含有外源片段的优异材料的遗传背景,有助于了解外源渐渗片段与标记偏分离的关系以及种间杂交在棉花育种中提高纤维强度的重要性。
焦梦佳[9]（2020）在《利用棉花优质渐渗系进行纤维长度及其相关性状QTL的定位》文中研究表明棉花为纺织工业提供天然可再生纤维原料。随着现代纺织技术的不断推进和人们生活质量的提高,棉花纤维品质改良越来越受到育种工作者的重视。纤维长度是决定纤维品质性状的重要指标之一,在育种选择中备受关注。由于纤维长度和主要产量性状之间的连锁累赘现象,利用传统育种方法实现棉花纤维品质与产量性状的同步改良存在一定困难。随着作物分子标记技术和基因组学快速发展,利用分子标记选择辅助育种颇具潜力和应用前景。本研究利用渗入了海岛棉遗传组分且纤维长度极为突出的陆地棉Sealand（Se）和高产多抗的鲁棉研37号（LMY37）进行杂交,构建F2和F2:3作图群体,对棉花纤维长度及其相关性状进行QTL鉴定,获得对目标性状贡献率较高的QTL,为下一步棉花纤维长度主效QTL的精细定位和候选基因的鉴定与克隆奠定基础。主要研究结果如下:1、对F2群体的6个性状表型数据进行正态分布检验,发现仅纤维长度和断裂比强度完全符合正态分布。对F2:3群体的7个性状表型数据进行正态分布检验,发现纤维长度、断裂比强度、整齐度指数、衣分和铃重等5个性状完全符合正态分布。对F2和F2:3群体的7个纤维性状进行相关性分析,结果表明,纤维长度与断裂比强度呈极显着正相关,与衣分呈极显着负相关;纤维强度与整齐度指数呈极显着正相关,与衣分呈极显着负相关;铃重与纤维长度、纤维强度和马克隆值呈极显着性正相关。2、利用10139个标记对亲本Sealand和鲁棉研37号进行标记多态性筛选,共获得366个多态性标记,多态率约为3.61%。利用336个多态性标记对F2群体进行基因分型,其中2个标记在群体扩增结果中产生了2个多态性位点,1个标记在群体扩增结果中产生了3个多态性位点。利用F2群体的基因型数据构建了一个含305个标记位点的遗传连锁图谱,图距总长度为2663.66 cM,约占陆地棉基因组的59.86%,平均每条染色体约11.73个标记位点,每条染色体上包含342个标记位点不等,每两个标记位点之间的平均图距为8.76cM,每条染色体平均长度约102.45 cM。3、基于遗传连锁图谱,采用WinQTLCart 2.5软件对纤维长度和其他纤维相关性状进行QTL定位,共鉴定到26个QTLs,其中5个QTLs在F2和F2:3群体中均可检测到,9个QTLs与纤维长度相关,解释表型变异率为3.87%10.75%,分布在4条染色体上（Chr.A07、Chr.A12、Chr.A13和Chr.D06）。另外还鉴定到7个与断裂比强度相关的QTLs,解释表型变异率为3.98%25.76%;2个与马克隆值相关的QTLs,解释表型变异率为7.03%11.93%;5个与衣分相关的QTLs,解释表型变异率为4.59%16.28%;3个与铃重相关的QTLs,解释表型变异率为4.68%8.41%。在这26个QTLs中,18个QTLs的增效基因来源于优异纤维种质Sealand（其中9个QTLs与纤维长度相关,7个QTLs与断裂比强度相关,2个QTLs与铃重相关）,8个QTLs的增效基因来源于高产多抗的陆地棉亲本鲁棉研37号（2个QTLs与马克隆值相关,5个QTLs与衣分相关,1个QTL与铃重相关）。4、本研究共鉴定到3个QTL簇,即C7-cluster、C12-cluster和C25-cluster,这些QTL簇共包括9个QTLs,分布在3条染色体上（Chr.A07、Chr.A12和Chr.D06）,其中与纤维长度相关的QTL有3个,与断裂比强度相关的QTL有3个,与马克隆值、衣分和铃重相关的QTL各1个。C25-cluster仅与纤维品质性状相关,C7-cluster和C12-cluster既与纤维品质性状相关,又与产量性状相关。通过生物信息学分析,初步鉴定了两个可能与纤维发育相关的基因:GhD06G0142和GhD06G0145。
郝永水[10]（2020）在《毛棉染色体片段代换系产量和纤维品质QTL定位》文中提出棉花是一种优良的天然纤维作物。在全世界棉花种植生产中,陆地棉由于产量高,适应性强而得到了广泛种植,但纤维品质一般。野生种毛棉具有多绒毛、抗虫、抗旱及纤维细、强等特性。因此,将毛棉中的优异基因导入到陆地棉中,有利于进一步改良陆地棉品种。本研究以陆地棉优良品种中棉所35为轮回亲本,以毛棉P0601211为供体亲本,构建了一套陆地棉背景的毛棉染色体片段代换系群体。利用358个SSR标记对BC3F2群体的559个单株进行基因型检测,结合BC3F2单株,BC3F2:3、BC3F2:4株系的产量和纤维品质性状表型数据,进行产量和纤维品质QTL定位。主要研究结果如下:1.染色体片段代换系单株分析染色体片段代换系单株的遗传背景恢复率达到了76.3%-97.3%,平均单株恢复率为89.7%。单株导入片段总长度在67.9cM-919.3cM之间,平均长度为377.5cM,占所检测区域的9.5%。其中,导入的纯合片段平均长度为95.3cM,占所检测区域的2.4%;导入杂合片段平均长度为282.2cM,占所检测区域的7.1%。单株导入片段数在5-74个之间,平均导入片段数27.2个。2.染色体片段代换系各染色体分析在26条染色体中,各染色体遗传背景恢复率在77.1%-96.4%之间,平均恢复率为89.9%。导入代换系片段平均长度为14.4cM,占所检测区域的9.2%。其中导入的纯合片段长度在0.9cM-9.8cM之间,平均长度为3.6cM,占所检测区域的2.3%;导入的杂合片段长度在3.2cM-28.2cM之间,平均长度为10.8cM,占所检测区域的6.9%。第21染色体导入片段长度最长（38.0cM）,第4染色体最短（4.2cM）。3.产量和纤维品质QTL定位对BC3F2（2017）、BC3F2:3（2018）、BC3F2:4（2019）3个群体进行产量和纤维品质性状QTL定位。共检测到177个QTL,其中85个产量相关QTL（21个衣分、40个子指、24个铃重）,解释表型变异1.7%-9.9%;92个维品质相关QTL（28个纤维长度、16个纤维整齐度、14个纤维比强度、20个纤维马克隆值、14个纤维伸长率）,解释表型变异2.0%-12.6%。在染色体A亚组共检测到101个QTL,D亚组检测到76个QTL。在2个环境同时检测到的QTL有42个（2个衣分、19个子指、1个铃重、10个纤维长度、1个纤维整齐度、2个纤维比强度、3个纤维马克隆值、4个纤维伸长率）,在3个环境同时检测到的QTL有11个（1个衣分、7个子指、2个纤维长度、1个纤维马克隆值）。有利等位基因来自毛棉的QTL有80个,来自中棉所35的有利等位基因的QTL有97个。
二、Construction of Molecular Linkage Map of Cultivated Allotetraploid Cotton (Gossypium hirsutum L.×G. barbadense L. )with SSR and RAPD Markers（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、Construction of Molecular Linkage Map of Cultivated Allotetraploid Cotton (Gossypium hirsutum L.×G. barbadense L. )with SSR and RAPD Markers（论文提纲范文）
（1）陆地棉野生系阔叶棉产量和纤维品质QTL有利等位基因鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 棉属的分类、进化、种质资源 |
| 1.1.1 棉属的分类 |
| 1.1.2 棉属的进化 |
| 1.1.3 棉属种质资源 |
| 1.1.4 阔叶棉性状特征 |
| 1.2 遗传图谱构建和QTL定位 |
| 1.2.1 DNA分子标记 |
| 1.2.2 遗传图谱构建 |
| 1.2.3 简化基因组测序 |
| 1.2.4 SLAF-seq技术在遗传图谱中的应用 |
| 1.3 棉花QTL定位 |
| 1.3.1 QTL定位的原理及方法 |
| 1.3.2 半野生棉QTL定位研究进展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究目的与意义 |
| 2.2 技术路线 |
| 第3章 试验材料与方法 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.2 试验器材 |
| 3.3 试验过程 |
| 3.3.1 全基因组DNA提取 |
| 3.3.2 PCR扩增体系及反应体系 |
| 3.3.3 PCR扩增产物检测 |
| 3.4 SSR标记和SLAF-seq技术 |
| 3.4.1 多态性引物筛选与群体基因型检测 |
| 3.4.2 SLAF-seq技术 |
| 3.5 遗传图谱构建及QTL定位 |
| 3.5.1 遗传图谱构建 |
| 3.5.2 棉花纤维产量和纤维品质QTL定位 |
| 第4章 结果与分析 |
| 4.1 产量和纤维品质性状分析 |
| 4.2 遗传图谱构建 |
| 4.2.1 SSR引物筛选及SLAF-seq测序 |
| 4.2.2 遗传图谱构建 |
| 4.3 产量性状QTL定位 |
| 4.3.1 子指QTL |
| 4.3.2 铃重QTL |
| 4.3.3 衣分QTL |
| 4.3.4 衣指QTL |
| 4.3.5 种子相关性状QTL |
| 4.4 纤维品质相关性状QTL定位 |
| 4.4.1 纤维上半部长度QTL |
| 4.4.2 纤维整齐度QTL |
| 4.4.3 纤维比强度QTL |
| 4.4.4 马克隆QTL |
| 4.4.5 纤维伸长率QTL |
| 4.5 产量及纤维品质性状QTL簇 |
| 第5章 讨论 |
| 5.1 遗传图谱作图亲本的选择及群体的类别 |
| 5.2 SLAF-seq技术的应用 |
| 5.3 稳定QTL及有利等位基因来源 |
| 5.4 产量和纤维品质性状QTL簇 |
| 第6章 结论 |
| 6.1 多态性SSR标记和SNP标记 |
| 6.2 遗传图谱构建 |
| 6.3 产量和纤维品质性状QTL |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 发表论文情况 |
（2）陆地棉优质早熟群体产量与纤维品质性状QTL定位（论文提纲范文）
| 本研究受以下项目资助 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 棉属的分类、起源和进化 |
| 1.1.1 棉属的分类 |
| 1.1.2 棉属的起源进化 |
| 1.2 种质资源及早熟棉 |
| 1.2.1 种质资源 |
| 1.2.2 早熟棉 |
| 1.3 DNA分子标记 |
| 1.3.1 一、二代分子标记 |
| 1.3.2 SNP分子标记 |
| 1.4 简化基因组测序技术 |
| 1.4.1 简化基因组测序技术类型 |
| 1.4.2 SLAF-seq技术原理 |
| 1.4.3 SLAF-seq技术的应用 |
| 1.5 遗传图谱构建 |
| 1.6 QTL定位 |
| 1.7 棉花遗传图谱构建和QTL定位研究进展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究目的及意义 |
| 2.2 技术路线 |
| 第3章 材料与方法 |
| 3.1 研究材料 |
| 3.2 主要实验设备及实验试剂 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 DNA提取 |
| 3.3.2 SSR引物筛选 |
| 3.3.3 PAGE电泳 |
| 3.4 数据统计与分析方法 |
| 3.4.1 表型考察 |
| 3.4.2 相关性分析 |
| 3.4.3 方差分析 |
| 3.4.4 SSR标记基因型考察 |
| 3.4.5 SLAF-seq测序与结果分析 |
| 3.4.6 遗传图谱构建 |
| 3.4.7 QTL定位 |
| 第4章 结果与分析 |
| 4.1 产量和纤维品质表型 |
| 4.1.1 产量性状表型统计分析 |
| 4.1.2 纤维品质性状表型统计分析 |
| 4.1.3 产量与纤维品质相关性分析 |
| 4.1.4 产量与纤维品质的方差分析 |
| 4.2 遗传图谱构建 |
| 4.2.1 引物多态性筛选 |
| 4.2.2 RIL F_(2:6)群体基因型检测 |
| 4.2.3 SLAF-seq简化基因组测序 |
| 4.2.4 遗传图谱构建 |
| 4.2.5 标记偏分离检测 |
| 4.3 QTL定位 |
| 4.3.1 产量性状的QTL定位 |
| 4.3.2 纤维品质性状的QTL定位 |
| 4.3.3 环境稳定QTL及 QTL簇 |
| 第5章 讨论 |
| 5.1 遗传图谱构建 |
| 5.2 产量和纤维品质性状QTL |
| 5.3 QTL簇 |
| 第6章 结论 |
| 6.1 产量、纤维品质性状表型分析 |
| 6.2 重组自交系遗传图谱构建 |
| 6.3 产量和纤维品质性状的QTL定位 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（3）陆地棉与野生种系尖斑棉杂交群体产量及纤维品质QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 棉属的分类 |
| 1.1.1 近代棉属的分类 |
| 1.1.2 现代棉属的分类 |
| 1.1.3 棉属的分类进展 |
| 1.1.4 棉属栽培种 |
| 1.2 棉花种质资源 |
| 1.2.1 野生棉种的特征性状及研究进展 |
| 1.2.2 陆地棉野生棉种系的特征性状及研究进展 |
| 1.3 遗传图谱构建 |
| 1.4 简化基因组测序技术 |
| 1.4.1 简化基因组测序技术种类及比较 |
| 1.4.2 SLAF-seq技术的原理 |
| 1.4.3 SLAF-seq测序技术的研究进展 |
| 1.5 棉花QTL定位 |
| 1.5.1 QTL定位原理 |
| 1.5.2 棉花纤维品质性状QTL定位研究进展 |
| 1.5.3 棉花产量性状QTL定位研究进展 |
| 1.5.4 陆地棉野生种系尖斑棉QTL定位研究进展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.2 研究内容与技术路线 |
| 第3章 材料与方法 |
| 3.1 研究材料 |
| 3.2 试验仪器与试剂 |
| 3.3 棉花DNA提取 |
| 3.3.1 DNA提取步骤 |
| 3.3.2 DNA提取试剂配制 |
| 3.4 SSR标记 |
| 3.4.1 扩增引物来源 |
| 3.4.2 PCR扩增反应体系及程序 |
| 3.4.3 扩增产物检测 |
| 3.5 SLAF-seq测序 |
| 3.5.1 SLAF-seq测序流程 |
| 3.5.2 SNP数据分析 |
| 3.6 数据分析 |
| 3.6.1 表型性状统计分析 |
| 3.6.2 群体基因型SSR标记检测 |
| 3.6.3 遗传图谱构建 |
| 3.6.4 产量和纤维品质QTL定位 |
| 第4章 结果与分析 |
| 4.1 重组自交系群体产量及纤维品质性状表现 |
| 4.2 产量和纤维品质性状的方差分析 |
| 4.3 产量和纤维品质性状的相关性分析 |
| 4.4 陆地棉高密度遗传图谱构建 |
| 4.4.1 SSR多态性引物检测群体基因型和SLAF-seq测序检测群体基因型 |
| 4.4.2 遗传图谱构建 |
| 4.5 产量和纤维品质相关的QTL检测 |
| 4.5.1 产量性状相关QTL |
| 4.5.2 纤维品质性状相关QTL |
| 4.6 QTL簇分析 |
| 第5章 讨论 |
| 5.1 重组自交系群体特性及亲本材料选择 |
| 5.2 SLAF-seq测序构建遗传图谱的优势 |
| 5.3 有利等位基因来源 |
| 5.4 QTL簇 |
| 第6章 结论 |
| 6.1 高密度遗传图谱 |
| 6.2 产量及纤维品质性状QTL定位 |
| 6.3 QTL簇 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在校期间发表的论文 |
（4）陆地棉产量和纤维品质性状QTL分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 棉属的进化与分类 |
| 1.2 棉纤维的发育 |
| 1.2.1 起始阶段 |
| 1.2.2 伸长阶段 |
| 1.2.3 次生细胞壁合成阶段 |
| 1.2.4 脱水成熟阶段 |
| 1.3 棉花纤维品质和产量的影响因素 |
| 1.3.1 棉花纤维品质研究指标 |
| 1.3.2 棉花纤维品质的影响因素 |
| 1.3.3 棉花产量构成因素 |
| 1.3.4 棉花产量的影响因素 |
| 1.4 产量和纤维品质性状的同步改良 |
| 1.5 分子标记类型与特点 |
| 1.5.1 简单重复序列多态性标记SSR及其应用 |
| 1.5.2 单核苷酸多态性标记SNP及其应用 |
| 1.6 作图群体 |
| 1.7 棉花遗传连锁图谱 |
| 1.7.1 种间遗传图谱 |
| 1.7.2 种内遗传图谱 |
| 1.8 产量和纤维品质性状QTL定位研究进展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.2 研究内容与技术路线 |
| 第3章 材料与方法 |
| 3.1 研究材料 |
| 3.2 实验仪器设备 |
| 3.3 DNA的提取 |
| 3.3.1 提取试剂 |
| 3.3.2 叶片的采取 |
| 3.4 SSR分子标记技术 |
| 3.4.1 PCR扩增体系和反应程序 |
| 3.4.2 PCR扩增产物的检测 |
| 3.4.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳实验步骤 |
| 3.4.4 基因型分型的统计 |
| 3.5 SLAF-seq技术 |
| 3.6 表型分析及QTL检测 |
| 3.6.1 产量和纤维品质性状检测 |
| 3.6.2 表型性状分析 |
| 3.6.3 产量及纤维品质性状QTL定位 |
| 第4章 结果与分析 |
| 4.1 遗传图谱构建 |
| 4.1.1 SSR标记基因型分型 |
| 4.1.2 SNP标记基因型分型 |
| 4.1.3 陆地棉遗传图谱构建 |
| 4.2 RIL群体产量和纤维品质性状统计分析 |
| 4.2.1 群体产量性状表现 |
| 4.2.2 群体纤维品质性状表现 |
| 4.2.3 群体纤维品质和产量性状的相关性分析 |
| 4.2.4 群体纤维品质和产量性状的方差分析 |
| 4.3 产量和纤维品质性状QTL初步定位 |
| 4.3.1 产量性状QTL初步定位 |
| 4.3.1.1 籽指QTL分析 |
| 4.3.1.2 铃重QTL分析 |
| 4.3.1.3 衣分QTL分析 |
| 4.3.2 纤维品质性状QTL初步定位 |
| 4.3.2.1 纤维长度QTL分析 |
| 4.3.2.2 纤维整齐度QTL分析 |
| 4.3.2.3 纤维比强度QTL分析 |
| 4.3.2.4 纤维马克隆QTL分析 |
| 4.3.2.5 纤维伸长率QTL分析 |
| 4.4 产量和纤维品质性状QTL簇分析 |
| 第五章 讨论 |
| 5.1 作图亲本与群体 |
| 5.2 遗传连锁图谱 |
| 5.3 产量和纤维品质性状QTL簇分析 |
| 5.4 有利等位基因的来源 |
| 5.5 稳定QTL和共同QTL |
| 第6章 结论 |
| 6.1 重组自交系群体构建 |
| 6.2 遗传连锁图谱构建 |
| 6.3 产量和纤维品质性状QTL初步定位 |
| 6.4 稳定QTL和共同QTL |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在校期间发表的论文 |
（5）陆地棉和野生种系帕默尔棉杂交群体产量和纤维品质QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 棉属的分类与发展 |
| 1.1.1 棉属的分类 |
| 1.1.2 棉属的栽培种 |
| 1.2 棉花种质资源 |
| 1.2.1 陆地棉野生种系特征性状 |
| 1.2.2 陆地棉野生种系研究进展 |
| 1.3 棉花遗传图谱的构建 |
| 1.3.1 DNA分子标记 |
| 1.3.2 遗传作图群体 |
| 1.3.3 棉花种间遗传图谱研究 |
| 1.3.4 陆地棉种内遗传图谱研究 |
| 1.4 SNP标记的开发 |
| 1.4.1 SNP标记 |
| 1.4.2 全基因组高通量重测序技术开发SNP标记 |
| 1.4.3 利用基因芯片技术开发SNP标记 |
| 1.4.4 利用简化基因组测序来开发SNP标记 |
| 1.4.5 SLAF测序技术的应用 |
| 1.5 棉花QTL定位研究 |
| 1.5.1 QTL定位原理和方法 |
| 1.5.2 棉花农艺性状QTL研究进展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 目的与意义 |
| 2.2 技术路线 |
| 第3章 材料和方法 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.2 试验仪器设备 |
| 3.3 棉花基因组DNA提取 |
| 3.3.1 棉花基因组DNA提取试剂 |
| 3.3.2 CTAB法提取棉花基因组DNA |
| 3.4 SSR标记检测 |
| 3.4.1 PCR反应体系建立及反应程序 |
| 3.4.2 SSR引物来源 |
| 3.4.3 SSR扩增产物检测主要试剂 |
| 3.4.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 3.5 SLAF-seq及群体基因型分型 |
| 3.5.1 酶切方案的设计 |
| 3.5.2 文库的建立和测序 |
| 3.6 数据分析 |
| 3.6.1 遗传图谱的构建 |
| 3.6.2 表型数据 |
| 3.6.3 QTL定位 |
| 第4章 结果与分析 |
| 4.1 重组自交系群体F_(2:6)高密度遗传图谱的构建 |
| 4.1.1 SSR标记检测群体各单株基因型 |
| 4.1.2 SLAF-seq检测群体各单株基因型 |
| 4.1.3 遗传图谱的构建 |
| 4.2 群体产量性状和纤维品质表型统计分析 |
| 4.2.1 群体产量和纤维品质性状表现 |
| 4.2.2 群体产量性状和纤维品质方差分析 |
| 4.2.3 群体产量性状和纤维品质间相关性分析 |
| 4.3 群体产量性状和纤维品质QTL初步定位 |
| 4.3.1 产量性状QTL初步定位 |
| 4.3.2 纤维品质QTL初步定位 |
| 4.3.3 产量和纤维品质性状QTL簇分析 |
| 第5章 讨论 |
| 5.1 作图亲本的选择 |
| 5.2 作图标记选择及高密度遗传图谱构建 |
| 5.3 有利等位基因来源 |
| 5.4 QTL簇统计分析 |
| 5.5 环境稳定QTL和共同QTL |
| 第6章 结论 |
| 6.1 高密度遗传图谱的构建 |
| 6.2 产量和纤维品质QTL的初步定位 |
| 6.3 环境稳定QTL和QTL簇 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 在校期间发表的论文 |
（6）基于全基因组重测序解析新疆海岛棉遗传变异及纤维性状相关基因的挖掘（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 棉花种质资源概况 |
| 1.1.1 海岛棉起源与分类 |
| 1.1.2 海岛棉遗传多样性研究进展 |
| 1.1.3 新疆海岛棉育种进程 |
| 1.2 海岛棉种质资源的利用 |
| 1.2.1 种间杂种优势利用 |
| 1.2.2 海岛棉与陆地棉种间渐渗作用 |
| 1.3 全基因组关联分析 |
| 1.3.1 全基因组关联分析原理与流程 |
| 1.3.2 棉花基因组测序研究进展 |
| 1.3.3 海岛棉群体遗传图谱的构建 |
| 1.3.4 海岛棉全基因组关联分析研究进展 |
| 1.3.5 全基因组关联分析的扩展 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 2 研究报告 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 田间试验 |
| 2.2.2 表型鉴定与分析 |
| 2.2.3 文库构建和测序 |
| 2.2.4 序列质量检测和过滤 |
| 2.2.5 基因分型 |
| 2.2.6 群体结构分析 |
| 2.2.7 LD和群体遗传多样性分析 |
| 2.2.8 群体受选择分析 |
| 2.2.9 全基因组关联分析 |
| 2.2.10 候选基因的鉴定 |
| 2.2.11 表达分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 SNP和 In Del的鉴定 |
| 2.3.2 群体结构特点 |
| 2.3.3 连锁不平衡和遗传多样性分析 |
| 2.3.4 选择区域鉴定 |
| 2.3.5 关联群体的表型变异 |
| 2.3.6 全基因组关联分析 |
| 2.3.7 纤维强度相关候选基因的鉴定和表达 |
| 2.3.8 衣分相关候选基因的鉴定和表达 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 基于重测序的海岛棉基因分型 |
| 2.4.2 独特的新疆自育海岛棉种质资源 |
| 2.4.3 不同性状关联位点的鉴定 |
| 2.4.4 棉花纤维性状相关候选基因 |
| 2.4.5 展望 |
| 2.5 结论 |
| 参考文献 |
| 附表 |
（7）陆地棉花青素合成调控基因的定位克隆和功能分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 棉花基因组特点和研究现状 |
| 1.1.1 棉花的分类 |
| 1.1.2 棉花基因组研究现状 |
| 1.2 基因组重测序及其应用 |
| 1.2.1 基因组重测序与遗传图谱 |
| 1.2.2 基因组重测序与基因定位 |
| 1.2.3 棉花分子标记的发展 |
| 1.2.4 基因组重测序在棉花中的研究应用 |
| 1.3 花青素研究现状和在植物中的改良应用 |
| 1.3.1 花青素的生物学作用 |
| 1.3.2 花青素的合成途径和调控机制 |
| 1.3.3 花青素在改良作物品质的应用 |
| 1.3.4 棉花红色植株突变体 |
| 1.3.5 棉花红色植株R1和亚红株Rs基因的研究现状 |
| 1.3.6 花青素与植物抗虫性 |
| 第二章 引言 |
| 2.1 研究意义及立题依据 |
| 2.2 技术路线 |
| 第三章 陆地棉品种T586和渝棉一号的基因组重测序及R1性状的定位克隆 |
| 3.1 材料 |
| 3.1.1 植物材料 |
| 3.1.2 主要药品试剂 |
| 3.1.3 主要仪器设备 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 DNA提取和稀释 |
| 3.2.2 DNA质量检测 |
| 3.2.3 全基因组重测序流程和SNP和InDel检测方法。 |
| 3.2.4 SNP引物开发设计 |
| 3.2.5 HRM高分辨率溶解曲线PCR的反应体系 |
| 3.2.6 遗传连锁图构建 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 T586和渝棉一号的DNA样品提取和质量检测 |
| 3.3.2 全基因组测序获得的数据量和质量可以满足SNP和 InDel检测要求.. |
| 3.3.3 测序数据与参考基因组TM-1的比对情况 |
| 3.3.4 T586 和渝棉一号获得的SNP和 InDel数量统计分析 |
| 3.3.5 比对获得的SNP数目及注释分析 |
| 3.3.6 比对获得的InDel数量及注释结果统计 |
| 3.3.7 染色体上的SNP和 InDel总体分布情况 |
| 3.3.8 红色植株R1的表型观察和性状统计 |
| 3.3.9 R1区域SNP分子标记筛选和R1基因的精细定位 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 陆地棉GhPAP1D的基因功能分析和调控花青素合成机制探究 |
| 4.1 材料 |
| 4.1.1 植物和昆虫材料 |
| 4.1.2 菌株和载体 |
| 4.1.3 主要仪器设备 |
| 4.1.4 主要试剂和缓存液 |
| 4.2 方法 |
| 4.2.1 用于基因克隆和序列分析的引物 |
| 4.2.2 TRV载体构建和瞬时表达 |
| 4.2.3 RNA提取和cDNA合成 |
| 4.2.4 定量PCR分析 |
| 4.2.5 花青素提取和含量测定 |
| 4.2.6 转录组测序和分析 |
| 4.2.7 烟草瞬时表达和双荧光素酶测定 |
| 4.2.8 抗虫性测定 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 GhPAP1D具有调控花青素合成的功能 |
| 4.3.2 转录组和qRT-PCR探究GhPAP1D基因对花青素合成途径的影响 |
| 4.3.3 GhPAP1D基因可转录激活花青素合成结构基因GhUFGT和GhGST |
| 4.3.4 GhPAP1D对自身启动子具有转录激活作用 |
| 4.3.5 棉花叶片中GhPAP1D调控花青素合成的模式 |
| 4.3.6 超量表达棉花GhPAP1D基因可提高棉花的抗虫性 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 亚红株性状的控制基因及其功能分析 |
| 5.1 材料 |
| 5.1.1 植物材料 |
| 5.1.2 菌株和载体 |
| 5.1.3 主要仪器设备 |
| 5.1.4 主要试剂和缓存液 |
| 5.2 方法 |
| 5.2.1 Rs基因克隆引物和表达量测定引物 |
| 5.2.2 RNA提取和cDNA合成 |
| 5.2.3 转录组测序和分析 |
| 5.2.4 GUS染色测定GhPAP1A启动子活性 |
| 5.2.5 VIGS载体构建和棉花叶片瞬时表达 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 亚红株材料的性状观察和花青素含量测定 |
| 5.3.2 亚红株中花青素合成相关基因的表达分析 |
| 5.3.3 亚红株中GhPAP1A基因的序列分析 |
| 5.3.4 亚红株中GhPAP1A基因与Rs性状相关联 |
| 5.3.5 GUS染色分析发现亚红株的GhPAP1A启动子活性增强 |
| 5.3.6 亚红株中的GhPAP1A基因的功能验证 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 讨论 |
| 6.1 棉花的遗传定位研究 |
| 6.2 棉花中花青素合成途径 |
| 6.3 棉花花青素与抗虫的关系 |
| 6.4 串联重复序列可能在棉花等物种的启动子中起重要作用 |
| 6.5 花青素途径是遗传改造棉花纤维颜色的重要途径 |
| 第七章 主要结论和创新点 |
| 7.1 主要结论 |
| 7.2 创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录一 缩写词 |
| 附录二 T586和渝棉一号的测序质量分布 |
| 附录三 T586 和渝棉一号重测序获得的Raw reads的分类情况 |
| 附录四 T586 和渝棉一号的reads的错误率分布 |
| 附录五 T586和渝棉一号的测序深度分布 |
| 附录六 T586 和渝棉一号各染色体上的SNP和 InDel数量 |
| 附录七 超量表达GhPAP1D植株和Null系花青素合成相关基因FPKM值 |
| 附录八 T586 和渝棉一号中GhPAP1D基因编码区和启动子区序列比对 |
| 附录九 亚红株中花青素合成基因表达FPKM值 |
| 附录十 亚红株,红色植株,绿色植株和亚洲棉中GhPAP1A序列比对 |
| 附录十一 参与课题 |
| 附录十二 发表文章 |
| 致谢 |
（8）陆地棉优异种质J02-508纤维相关性状QTL定位及偏分离分析（论文提纲范文）
| 符号说明 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 棉花的起源和分类 |
| 1.2 棉花种间杂交在育种上的应用 |
| 1.3 棉花纤维发育研究 |
| 1.3.1 棉花纤维发育过程 |
| 1.3.2 影响棉花纤维发育的相关激素 |
| 1.4 棉花遗传图谱构建与QTL定位研究进展 |
| 1.4.1 分子标记的类型 |
| 1.4.2 分子标记的开发 |
| 1.4.3 作图群体 |
| 1.4.4 QTL定位研究进展 |
| 1.5 标记偏分离研究进展 |
| 1.5.1 引起标记偏分离的因素 |
| 1.5.2 偏分离标记的研究方法 |
| 1.6 本研究的目的意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 植物材料 |
| 2.1.2 菌株与载体材料 |
| 2.1.3 常用酶与试剂 |
| 2.2 常规分子实验方法 |
| 2.2.1 棉花叶片总DNA提取 |
| 2.2.2 棉花总RNA的提取 |
| 2.2.3 cDNA第一链的合成 |
| 2.2.4 荧光定量q RT-PCR扩增 |
| 2.2.5 PCR目标片段的回收、纯化与连接 |
| 2.2.6 感受态细胞的转化 |
| 2.2.7 阳性克隆质粒DNA提取 |
| 2.3 群体构建 |
| 2.4 性状调查与分析 |
| 2.4.1 纤维产量品质相关性状考察 |
| 2.4.2 数据分析 |
| 2.5 GBS(genotyping-by-sequencing)文库构建及SNP标记开发 |
| 2.6 遗传图谱构建与QTL定位 |
| 2.7 纤维长度相关SOT基因的分析与初步功能验证 |
| 2.7.1 棉花SOT基因家族序列提取与鉴定 |
| 2.7.2 染色体定位与系统发育分析 |
| 2.7.3 陆地棉GH_D11G2586 基因克隆 |
| 2.7.4 陆地棉GH_D11G2586 基因的组织定位 |
| 2.7.5 陆地棉GH_D11G2586 基因VIGS实验 |
| 2.8 偏分离现象分析 |
| 2.8.1 标记偏分离检测 |
| 2.8.2 重组频率分析 |
| 2.8.3 Binmap构建与关联分析 |
| 2.8.4 遗传图谱校正与QTL定位 |
| 2.9 J02-508 中外源片段的供体鉴定与验证 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 亲本与群体表型分析 |
| 3.1.1 亲本纤维产量与品质性状表型分析 |
| 3.1.2 群体纤维产量与品质性状表型数据描述性统计 |
| 3.1.3 群体各世代间的相关性分析 |
| 3.1.4 群体纤维产量与品质性状间的相关性分析 |
| 3.2 遗传图谱构建与QTL定位 |
| 3.2.1 GBS技术测序数据统计 |
| 3.2.2 SNP标记的开发与染色体分布 |
| 3.2.3 高密度遗传图谱构建 |
| 3.2.4 QTL定位 |
| 3.3 纤维长度相关基因的分析与功能验证 |
| 3.3.1 棉花中SOT基因家族的鉴定 |
| 3.3.2 SOT家族基因的共线性与重复事件 |
| 3.3.3 SOT家族基因的系统发育分析 |
| 3.3.4 陆地棉GH_D11G2586 基因的组织定位 |
| 3.3.5 陆地棉中GH_D11G2586 基因干扰VIGS实验 |
| 3.4 多态性SNP标记的偏分离分析 |
| 3.4.1 SNP标记偏分离统计 |
| 3.4.2 D08 染色体上偏分离标记分析 |
| 3.5 J02-508中D08 染色体上外源棉种血缘的鉴定与验证 |
| 3.5.1 D08 染色体的外源供体鉴定 |
| 3.5.2 D08 染色体外源供体验证 |
| 3.5.3 D08 染色体上外源片段断点验证 |
| 4 讨论 |
| 4.1 纤维产量与品质的QTL定位 |
| 4.2 SOT基因家族特点及其与棉花纤维发育的关系 |
| 4.3 偏分离标记的研究 |
| 4.4 外源渐渗片段与性状的关系 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表论文情况 |
（9）利用棉花优质渐渗系进行纤维长度及其相关性状QTL的定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一部分 文献综述 |
| 1 棉花的起源与分类 |
| 2 棉纤维的发育及结构 |
| 3 遗传标记技术的发展 |
| 3.1 形态学标记 |
| 3.2 细胞学标记 |
| 3.3 生化标记 |
| 3.4 分子标记 |
| 4 遗传连锁图谱 |
| 4.1 遗传作图群体构建 |
| 4.2 遗传连锁图谱在棉花中的应用 |
| 5 棉花数量性状QTL定位研究进展 |
| 5.1 棉花纤维品质相关QTL的定位 |
| 5.2 棉花产量性状相关QTL的定位 |
| 5.3 利用渐渗系对棉花纤维品质相关性状QTL定位的研究 |
| 6 本研究的目的和意义 |
| 第二部分 研究论文 |
| 第一章 纤维长度及相关性状的QTL定位 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 纤维品质和产量性状的表型数据分析 |
| 2.2 纤维品质和产量性状的相关性分析 |
| 2.3 标记筛选 |
| 2.4 群体全基因组扫描 |
| 2.5 遗传连锁图谱的构建 |
| 2.6 标记的偏分离现象 |
| 2.7 纤维长度QTL的定位 |
| 2.8 其他纤维相关性状QTL的定位 |
| 3 讨论 |
| 3.1 纤维长度QTL的分析 |
| 3.2 标记的偏分离现象 |
| 3.3 海岛棉优异渐渗位点的深入挖掘 |
| 第二章 QTL簇的鉴定和候选基因预测 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 QTL簇的鉴定 |
| 2.2 C25-cluster区间基因GO富集分析 |
| 2.3 C25-cluster区间基因KEGG富集分析 |
| 2.4 候选基因表达分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 QTL簇分析 |
| 3.2 C25-cluster区间候选基因分析 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 附表 |
| 攻读硕士期间发表文章 |
| 致谢 |
（10）毛棉染色体片段代换系产量和纤维品质QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 棉属的分类 |
| 1.1.1 棉属栽培种 |
| 1.1.2 棉属野生种的特性和利用 |
| 1.1.3 野生种毛棉的特性 |
| 1.2 分子标记技术 |
| 1.2.1 分子标记的发展 |
| 1.2.2 SSR分子标记的特点 |
| 1.2.3 分子标记的应用 |
| 1.3 遗传连锁图谱 |
| 1.3.1 作图群体 |
| 1.3.2 棉花遗传连锁图谱的研究进展 |
| 1.4 棉花QTL定位 |
| 1.4.1 QTL定位的原理及方法 |
| 1.4.2 棉花QTL定位进展 |
| 1.5 染色体片段代换系 |
| 1.5.1 染色体片段代换系的介绍 |
| 1.5.2 染色体片段代换系的构建原理及方法 |
| 1.5.3 染色体片段代换系在棉花中的应用 |
| 1.5.4 野生棉中CSSL的应用进展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究目的及意义 |
| 2.2 技术路线 |
| 第3章 材料与方法 |
| 3.1 亲本材料 |
| 3.2 染色体片段代换系(CSSLs)的构建 |
| 3.3 棉花基因组DNA提取 |
| 3.3.1 采取叶片 |
| 3.3.2 DNA提取主要试剂 |
| 3.3.3 主要仪器设备 |
| 3.3.4 DNA提取 |
| 3.4 SSR分子标记技术 |
| 3.4.1 SSR标记的筛选 |
| 3.4.2 PCR扩增体系及反应程序 |
| 3.4.3 扩增产物的检测 |
| 3.5 数据统计分析 |
| 3.5.1 多态性标记的挑选及群体基因型的检测 |
| 3.5.2 染色体片段代换系基因型分析及导入片段检测 |
| 3.5.3 表型性状统计分析 |
| 3.5.4 QTL定位 |
| 第4章 结果及分析 |
| 4.1 表型性状统计分析 |
| 4.2 表型性状相关性分析 |
| 4.3 表型性状的方差分析 |
| 4.4 SSR标记基因型检测 |
| 4.5 基因型数据分析 |
| 4.5.1 染色体片段代换系单株基因型分析 |
| 4.5.2 染色体片段代换系染色体基因型分析 |
| 4.6 产量与品质性状QTL定位分析 |
| 4.6.1 产量性状QTL定位 |
| 4.6.2 纤维品质性状QTL定位 |
| 第5章 讨论 |
| 5.1 染色体片段代换系表型与基因型讨论 |
| 5.2 稳定存在的QTL |
| 5.3 QTL有利等位基因的来源 |
| 5.4 QTL簇的分析 |
| 5.5 与前人研究结果比较 |
| 第6章 结论 |
| 6.1 毛棉染色体片段代换系的构建 |
| 6.2 染色体片段代换系单株分析 |
| 6.3 染色体片段代换系各染色体分析 |
| 6.4 产量和纤维品质QTL有利等位基因鉴定 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 发表论文 |
四、Construction of Molecular Linkage Map of Cultivated Allotetraploid Cotton (Gossypium hirsutum L.×G. barbadense L. )with SSR and RAPD Markers（论文参考文献）
- [1]陆地棉野生系阔叶棉产量和纤维品质QTL有利等位基因鉴定[D]. 张潇. 西南大学, 2021(01)
- [2]陆地棉优质早熟群体产量与纤维品质性状QTL定位[D]. 黄莎. 西南大学, 2021(01)
- [3]陆地棉与野生种系尖斑棉杂交群体产量及纤维品质QTL定位[D]. 马君睿. 西南大学, 2021(01)
- [4]陆地棉产量和纤维品质性状QTL分析[D]. 欧云灿. 西南大学, 2021(01)
- [5]陆地棉和野生种系帕默尔棉杂交群体产量和纤维品质QTL定位[D]. 杨乐. 西南大学, 2021(01)
- [6]基于全基因组重测序解析新疆海岛棉遗传变异及纤维性状相关基因的挖掘[D]. 余静文. 浙江大学, 2021(01)
- [7]陆地棉花青素合成调控基因的定位克隆和功能分析[D]. 李鑫. 西南大学, 2020(04)
- [8]陆地棉优异种质J02-508纤维相关性状QTL定位及偏分离分析[D]. 王丽媛. 山东农业大学, 2020(08)
- [9]利用棉花优质渐渗系进行纤维长度及其相关性状QTL的定位[D]. 焦梦佳. 山东师范大学, 2020(08)
- [10]毛棉染色体片段代换系产量和纤维品质QTL定位[D]. 郝永水. 西南大学, 2020(01)