一、植物遗传标记的发展及应用（论文文献综述）
路东晔[1]（2020）在《臭柏叶绿体基因组、群体遗传多样性及谱系地理学研究》文中研究说明臭柏（Juniperus sabina）为柏科（Cupressaceae）刺柏属（Juniperus）灌木,具有萌蘖力强,耐修剪和沙埋等特点,是防风固沙、水土保持和碳汇的优良树种。臭柏在欧洲南部、中亚以及中国等干旱半干旱区范围内呈间断分布格局,开展天然臭柏的遗传多样性和谱系地理学研究有助于追溯现有分布格局的历史成因,揭示臭柏的系统进化,阐明地质史变迁和气候变迁对臭柏分化的影响,提出科学有效的保护策略。本研究首先分析了臭柏叶绿体基因组结构特征,重建臭柏在柏科刺柏属内的系统发育地位;其次基于SSR标记引物对臭柏11个天然群体的遗传多样性、遗传结构、遗传分化以及瓶颈效应进行分析;然后基于4个cpDNA片段（matK+petB-petD+trnL-trnF+trnS-trnG）、1个核糖体ITS片段和1个单拷贝核基因片段（ABI3）序列揭示各单倍型谱系之间的关系,估算各谱系分化时间,推测臭柏的冰期避难所,阐明臭柏间断分布地理格局的成因和动态进化历史,并探讨臭柏的进化历程与地质历史及气候变化事件的关系;最后基于最大熵模型MaxEnt预测臭柏不同时期的地理分布格局。根据群体间遗传分化程度、不同历史时期的地理分布格局、主要环境限制变量为臭柏提出保护策略。主要研究结果如下:（1）臭柏叶绿体基因组由大单拷贝区（91264bp）、小单拷贝区（35952 bp）和2个反向重复区（261 bp）构成。基因组全长127739 bp,包含119个基因,即82个蛋白编码基因、4个rRNA基因和33个tRNA基因;臭柏与其它刺柏属植物相比较,其基因组大小、基因组成及GC含量相近。系统发育分析表明臭柏与刺柏属内J.bermudiana亲缘关系相对较近,整个刺柏属植物分支为单系类群。（2）臭柏群体具有较高的遗传多样性,具有中部群体>东部群体>西部群体的趋势;群体遗传分化处于中等水平,11个臭柏群体可分为2组,其中NMYQ、NMNL、NMTK和SXHS群体独立为一支。群体的遗传变异主要来自于群体内个体间,群体间遗传变异较小。（3）11个天然群体共定义18个叶绿体单倍型、38个ITS单倍型和25个单拷贝核基因单倍型。ABI3序列表明臭柏群体存在谱系地理结构,且遗传距离和地理距离呈正相关。（4）cpDNA、ITS和ABI3三种分子水平的BEAST祖先分化时间均推测臭柏至少起源于第三纪中新世（Miocene）中期,cpDNA片段和ITS片段的中性检验表明臭柏群体没有经历明显扩张过程,而核基因ABI3片段中性检验和失配分析均不能拒绝群体扩张假说,在19.37 ka BP（末次盛冰期后）可能出现一定程度扩张。总的来说,臭柏可能在第三纪呈带状连续分布于北半球,受到青藏高原隆起、第四纪冰期以及人为活动的影响,栖息地破碎化以后生长范围缩减至以山地为中心等特殊环境的避难所,盛冰期后个别群体在避难所附近发生小范围扩张。直至现代多数臭柏群体由于气候干旱化加剧,多数分布于山下沟谷、时令性河道以及降水量较多的沙地。（5）自末次盛冰期以来,臭柏适生区面积呈现先减少后增加再减少的趋势,现代潜在分布面积达到最大。年平均降雨量（Bio12）、最湿月份降水量（Bio13）、海拔（Elev）和年均温变化范围（Bio7）为限制臭柏分布的主要环境变量,与温度相比水分对臭柏的分布格局影响更大。（6）根据不同时期的地理分布格局及群体单倍型分布特点,推断阿尔泰山、伊犁河谷、祁连山、贺兰山、阴山和浑善达克沙地存在独立避难所。毛乌素沙地分布的现有臭柏群体可能是由黄土高原原始植被残留演化而来。（7）为了合理有效的保育天然臭柏种质资源,根据臭柏群体间遗传分化程度、不同历史时期的地理分布格局、主要环境限制变量,将臭柏群体划分为2个进化单元,3个亚区,应分别采取相应的种质资源保护策略。
郭健[2]（2020）在《松嫩平原羊草叶色渐变群遗传多样性及其分化机制研究》文中研究表明环境选择压力在地理空间上的连续变化,导致基因频率或表型的渐变,形成一变异梯度系列的种群称为渐变群。渐变群性状既有表型的数量性状的差异,也有受基因控制的遗传分化。表型与基因型的变化是否同步,是渐变群的重要研究内容。羊草（Leymus chinensis）是欧亚大陆东部草原区常见的重要建群种和优势种之一,在天然草原经常见到明显的叶色变异。目前对羊草叶色变异的研究以典型的灰绿型和黄绿型为主,而对于中间的绿型还缺乏研究。本研究以松嫩平原地区的羊草灰绿型、黄绿型和绿型3个叶色渐变群为研究对象,通过测定天然草原羊草叶色渐变群的遗传多样性以及同质园条件下的光合生理特征、分株表型特征和种群数量特征,系统地分析其分子、生理、表型、种群四个水平上的特性差异,继而揭示羊草叶色渐变群的分化机制。本研究结果不仅丰富了植物渐变群的研究理论,还可为进一步开展羊草不同叶色的起源与进化研究提供重要参考,为羊草优质品种培育和种质资源保护提供了科学依据。本研究主要发现如下:（1）在分子水平上,天然草原羊草3个叶色渐变群的遗传多样性具有显着差异。其中,灰绿型和绿型的香农多样性指数和均匀度均显着高于黄绿型。灰绿型和黄绿型之间的基因流最低,遗传距离最大,遗传分化水平最高;绿型和黄绿型之间的基因流最高,遗传距离最小,遗传分化水平最低。在聚类分析中,灰绿型和黄绿型分为两个不同的组,而绿型多数被分到黄绿型组。3个叶色的遗传距离与实际地理距离间均没有显着相关性,但在期望杂合度上,绿型与土壤总磷含量呈显着正相关,黄绿型与土壤有机碳含量呈显着正相关。一定程度的基因流和环境因子的选择作用是羊草叶色渐变群遗传分化的重要原因。（2）在生理水平上,同质园条件下羊草3个叶色渐变群的光合生理特性具有显着差异。其中,叶片净光合速率、气孔导度、叶绿素a含量、叶绿素a+b含量、类胡萝卜素含量、含水率均以灰绿型显着高于绿型或黄绿型。在叶片净光合速率日变化的“双峰”曲线中,灰绿型峰值显着高于绿型和黄绿型,且以黄绿型最低。光饱和点和光补偿点均以绿型最高,黄绿型最低,二者之间差异显着。CO2饱和点和CO2补偿点均以黄绿型显着高于绿型和灰绿型。光系统II的最大光化学效率、叶片性能指数和光合酶活性均以灰绿型显着高于绿型和黄绿型。在生理特性的聚类分析中,3个叶色渐变群分为不同的组。在遗传分化基础上,羊草3个叶色渐变群在生理上发生了明显的同步分化。（3）在表型水平上,同质园条件下羊草3个叶色渐变群的分株表型特征具有显着差异。其中,营养株总叶面积、株高、叶生物量、茎生物量、分株生物量、茎生物量分配均以黄绿型最大,绿型最小,并且二者之间均差异显着;生殖株叶生物量、花序生物量、小穗数、小花数、叶生物量分配均以黄绿型最大,绿型最小,并且二者之间均差异显着。在聚类分析中,3个叶色型营养株没有完全按照叶色分组,生殖株则完全按照叶色分为3个不同的组。在遗传分化基础上,羊草3个叶色渐变群只在生殖株表型上发生了明显的同步分化。（4）在种群水平上,同质园条件下羊草3个叶色渐变群的数量特征既具有一定的趋异性,也具有相同动态与规律性。其中,营养繁殖速率以黄绿型大于绿型和灰绿型,但随着生长季的进程,3个叶色型的营养繁殖数量动态均极好地符合指数函数增长规律。在分株组成中,灰绿型和绿型均有4个龄级,黄绿型有5个龄级,但3个叶色型的年龄谱中均以1龄分株数量及其生物量占比最大,均呈增长型龄级结构。3个叶色型的根茎由3个龄级组成,其长度与生物量的年龄谱均以2龄根茎占比最大,呈稳定型龄级结构。芽、苗库密度均以绿型和黄绿型显着大于灰绿型,但在生长季末期,3个叶色型的芽库构成均以根茎芽占优势,苗库构成均以分蘖节苗占优势。在种群生存与发展上,羊草3个叶色渐变群采取了相同的生态策略。本研究发现了羊草3个叶色渐变群在分子、生理以及表型水平上均已产生不同程度的分化,其中,灰绿型与黄绿型之间分化水平最高,灰绿型与绿型之间分化水平较高,绿型与黄绿型之间分化水平最低。天然草原绿型羊草在遗传聚类中没有独自成组,而多被分到黄绿型组,由此证实羊草存在叶色渐变群,灰绿型与黄绿型已经形成了稳定的生态型,但中间过渡的绿型尚未形成稳定的生态型。
宁瑶[3]（2020）在《基于DNA分析的东北虎扩散状况、近交以及肠道菌群的研究》文中认为东北虎（Panthera tigris altaica）是分布最北端的虎亚种,同时也是中国Ⅰ级保护动物,曾经广泛分布在中国的东北部,朝鲜半岛和俄罗斯远东地区。20世纪中叶以后,过度偷猎,生境丧失和栖息地破碎化导致了种群数量和栖息地范围迅速下降,由于小而孤立的种群使东北虎处于濒临灭绝的边缘。为了种群的可持续增长,需深入了解中国东北虎遗传状况,因此本研究使用遗传数据探究东北虎的迁移情况,种群近交程度及其影响,同时探测野生和圈养东北虎肠道菌群结构和功能的差异,为物种重引入做准备。主要的结果与发现如下:1长白山北部东北虎种群的空间分布和遗传分析种群的扩散和迁移是种群扩大栖息地,降低近亲繁殖几率的重要手段,在某种程度上反映了种群状况的改善。我国东北虎种群主要分布在中俄边界地区,其是否可以顺利的向我国内部扩散对于东北虎在中国的持续生存至关重要。近些年,不断有研究证明中国东北虎个体数量的快速恢复,但种群空间分布动态和迁移的信息却没有得到足够的关注。本研究收集了 2003年到2016年期间我国长白山北部地区东北虎的空间出现点和粪便样本,分析中国东北虎的空间分布和扩散迁移状况。结果表明,从2003年到2016年该地区的东北虎种群以每三年12.83±4.41 km的速度向西扩散。与相邻的俄罗斯滨海边疆西南地区的东北虎种群进行比较发现,两个种群遗传多样性差异不显着且两个种群之间的存在潜在个体迁移率约为13.04%,表明中国东北虎种群在向西扩散方面存在严重的地理或人为阻隔。此外,中国长白山北部东北虎个体间遗传距离和空间距离之间的存在显着的正相关关系。本研究提供了有关中国长白山北部东北虎种群向西扩散和跨境迁移的重要信息,表明了中国东北虎种群对栖息地恢复的迫切需求,管理者应尽快开展生态廊道研究,加强廊道建设,以消除扩散障碍,并加强国际合作,促进东北虎的跨境迁移。2东北虎种群近交及其影响近交,即亲缘关系相近的个体间的交配繁殖,其导致个体的有害变异聚集在一起,从而降低种群的适应性和生存能力。此外,由近交引起的遗传侵蚀、近交衰退和等位基因效应,最终会导致孤立的小种群更易灭绝。长期以来中国境内野生东北虎数量一直处于较少状态,与俄罗斯种群的个体交流又受到中俄两国边境管理的限制,种群容易发生近交,但是相关研究仍处于空白状态。为了了解我国境内野生东北虎近交状况以及近交造成的有害影响,我们使用最具多态性的遗传标记来评估中国东北虎近交程度及个体间亲缘关系。此外,我们还分析了近交组和非近交组之间的MHC多态性和肠道菌群之间是否存在显着性差异,以及近交与肠道寄生虫之间的关系。结果表明,种群中表亲或同母异父姐妹关系的个体亲缘关系超过总数的50%,近交系数大于0.125的个体占总数的22.73%。近交组和非近交组之间的MHC多态性无显着性差异,但个体的近交系数与猫弓首蛔虫的载荷量之间存在显着的相关关系,U检验确定了感染寄生虫组和非感染寄生虫组之间MHC多样性的差异,然而未探测到单个MHC等位基因与寄生虫感染之间存在显着的关联性。对于肠道菌群而言,多个分类等级的肠道菌群以及肠道菌群的功能均受到了近亲繁殖的影响。这些结果清楚地表明,东北虎种群现已呈现出中等近交水平。尽管当前的近亲繁殖状况并未导致MHC多样性的显着差异,但与寄生虫感染强度呈显着的相关性。此外,近亲繁殖还改变了肠道菌群的结构和功能,增加了致病细菌的丰度,并影响了机体的生物合成,降解和利用等功能。3野生和圈养东北虎种群的肠道微生物群落结构和功能的比较重引入是濒临灭绝物种进行野外种群恢复和遗传多样性维持的有效策略,是缓解东北虎种群近交压力,快速恢复其它斑块内东北虎个体数量的有效手段。虽然我国拥有世界上最大的东北虎繁育基地,前期研究也表明其圈养的东北虎依然保留对其天然猎物的识别能力,但圈养种群和野生种群在生存环境和食物组成等方面的差异不仅会影响其行为和生存能力,还可能导致肠道菌群的改变。肠道微生物对宿主的健康至关重要,这些微生物群落的组成变化可能会增加宿主感染的敏感性,并降低对环境的适应性。了解圈养东北虎种群和野生种群之间肠道菌群的组成和功能差异,为圈养个体的野化放归提供重要的数据支持。本研究通过16S rRNA基因的高通量测序（amplicon测序）和宏基因组学,对35份东北虎粪便样本（13只圈养东北虎个体和22只野外东北虎个体）进行了分析,比较了圈养和野生东北虎种群之间肠道菌群组成和功能的变异。结果表明,圈养东北虎在肠道菌群中具有较高的Alpha多样性,但野生东北虎肠道菌群的平均非加权Unifrac距离远远大于圈养东北虎个体间的Unifrac距离。功能差异主要涉及新陈代谢,细胞过程,环境信息处理,如聚糖生物合成与代谢,细胞运动以及信号分子间的相互作用。圈养种群和野生种群之间的饮食习惯和环境差异共同导致了肠道菌群组成的差异,进而导致功能上也存在显着差异。本研究基于DNA数据系统地分析了我国野生东北虎个体迁移情况、近交程度和影响以及识别野生和圈养东北虎肠道菌群组成和功能的差异,该研究是东北虎保护管理和政策决策的重要依据。
金雨晴[4]（2020）在《侧柏育种群体种质资源遗传分析与管理利用策略》文中研究说明侧柏（Platycladus orientalis）具有较高的生态与经济利用价值,是我国北部、西北部干旱山地主要的造林树种之一。目前,我国侧柏育种资源的利用仍处于初级阶段,育种资源遗传背景不清,良种效益低。建立高效分子标记技术,评估现有资源遗传关系,对现有良种基地升级改造,是推动侧柏遗传改良、提高良种繁育效率的重要环节。本研究以提高侧柏种质资源管理和改良效率为目标,建立了侧柏的简化基因组测序流程和快速实用的分子标记技术;构建了侧柏第一张高密度遗传图谱;结合表型和分子标记对侧柏良种基地种子园初级育种群体的种质遗传多样性进行了分析,探究育种群体的遗传结构;结合家系间亲缘关系和亲本育种值进行回选,制定了基于分子辅助的种质保育与高阶改良利用策略。本论文取得了以下主要研究结果:（1）建立了侧柏分子标记及高效的简化基因组分析流程。通过对侧柏转录组和近缘物种刺柏的基因组序列分析,筛选出27个多态、稳定的SSR标记位点。建立了侧柏简化基因组分析流程（dd RAD）,得到45,959个高质量位点。研究表明dd RAD技术在分子标记开发和基因分型上有巨大潜力,为未来柏科及其他针叶树种基因组水平上的变异研究提供了技术指导。（2）构建了首张侧柏高密度遗传图谱。确定了包含23,926个标记位点的11个连锁群,图谱总长约1,506 c M,标记之间的平均遗传距离为0.2 c M,覆盖度99.8%。同时构建了框架标记遗传图谱,通过比较图谱间的标记排序,发现框架标记图谱与全标记图谱之间具有高度的一致性。借助遗传图谱,揭示了侧柏具有“对称核型”,并鉴定了潜在着丝粒和次缢痕区域。该遗传图谱为侧柏基因组大规模组装提供框架,对柏科基因组比较分析和深入了解种质资源的遗传背景有重要意义。（3）鉴定了侧柏基因组中显着偏分离位点及区域,推断了它们潜在的遗传学意义及功能效应。检测到3,965个偏分离标记,其中37个位点与生殖发育的生物学过程有关。通过构建含偏分离标记的遗传图谱,锚定了10个偏分离热点区域在11个连锁群的分布,并发现偏分离位点会削弱标记间的连锁强度,增大标记间的遗传距离;检测到了两种结构变异（易位和倒位）现象。此项结果对今后深入的基因组结构和功能分析有启示和参考价值。（4）澄清了侧柏良种基地初级种子园亲本群体的遗传多样性、遗传结构及亲缘关系。SSR分子标记分析显示该初级育种群体具有相对高的变异程度,种源间变异占总变异的1.25%,种源内变异能够解释大部分的变异来源。群体结构分析未发现明显的遗传结构和地理类群,这表明地域间有广泛的迁移和基因流动。有165个亲本来源可以利用分子标记进行鉴定。此项研究为侧柏种子园中亲本鉴定、交配系统分析提供了技术途径,对后续侧柏遗传资源管理、种子园升级改造等相关研究有借鉴指导。（5）结合已有的子代测定结果和优良无性系亲缘关系,初步筛选了去劣疏伐种子园的建园亲本材料,提出了侧柏高阶种子园育种体系的可持续改良方案。基于子代和亲本的综合性状表现,对侧柏初级种子园进行了不同疏伐程度的模拟设计,揭示了种子园内的遗传多样性水平受疏伐强度的影响不明显;随着疏伐强度的加大,可以有效的控制近交率,为后续良种生产和高阶育种策略调整提供了依据。本研究对开展侧柏育种资源遗传评价,指导初级种子园升级改造及侧柏高级遗传改良工作提供了技术、材料、理论支持和实践指导。
张秀惠[5]（2020）在《基于简化基因组测序辽宁爪鲵（Onychodactylus zhaoermii）群体遗传学研究》文中研究指明辽宁爪鲵（O.zhaoermii）隶属于两栖纲（Amphibia）,有尾目（Caudata）,小鲵科（Hynobiidae）,爪鲵属（Onychodactylus）。辽宁爪鲵是中国的特有种,只分布于辽宁省鞍山岫岩和辽阳市大黑山地区。本次研究采用简化基因组测序技术对采自4个采样地点（分别是辽宁岫岩左沟、辽宁岫岩中沟、辽宁大黑山水沟和辽宁大黑山长岭子）的16个辽宁爪鲵进行SNP分子标记的发掘,并进行群体内部遗传结构和遗传多样性分析,为辽宁爪鲵的保护提供理论依据。实验结果测序共获得高质量序列数据量为22.3Gb,平均每个样本为1.3Gb,经过条件为测序深度2×、Miss0.5、次要等位基因频率（MAF）>0.05的过滤最后获得的高质量SNP位点总数为18338。对高质量SNP位点进行遗传多样性研究显示:辽宁爪鲵的杂合度和核苷酸多样性平均值Pi分析结果显示,辽阳大黑山地区的遗传多样性大于辽宁岫岩地区。并且通过分子方差计算可以得到4个地理单元的群体多态性均匀,没有群体差异,只有个体间的变异。群体遗传结构研究显示:主成分分析PCA结果显示四个地理种群个体之间没有明显的聚合现象,呈散乱分布;并且STRUCTURE分析结果也显示了4个地理单元之间没有形成明显的种群结构;系统发育树上得到的结果与PCA和STRUCTURE分析所得到的结果一致。出现这种情况,可能与爪鲵生活环境有关,爪鲵基本都生活在山溪的源头,这些源头都来自地下暗河,因此地下暗河的走向或者两地间地下暗河是否相通都会决定彼此之间是否有基因交流,但是目前尚未有关于此方面的报道,还需要进行进一步研究。通过本研究可以得到如下的结论:（1）本次实验的成功为辽宁爪鲵甚至爪鲵属获取高通量SNPs遗传标记提供新的方法和手段,具有极高的应用价值与应用前景;（2）SNP标记分析的遗传多样性分析结果表明,辽宁爪鲵整体遗传多样性较低,辽阳大黑山地区的遗传多样性高于辽宁岫岩地区;（3）群体遗传结构分析表明辽宁爪鲵分布的四个地理单元间没有形成明显的种群结构;（4）建议对辽宁爪鲵加强保护,基于群体遗传学研究结果,建议辽宁岫岩与大黑山共同建立一个爪鲵保护小区。
张明飞[6]（2020）在《四倍体马铃薯高密度分子遗传连锁图谱构建及淀粉含量等重要性状的QTL定位》文中提出马铃薯是重要粮食作物之一。随着国家马铃薯主粮化战略的实施,市场对淀粉、全粉、薯片、薯条加工专用型马铃薯品种的需求量不断增加。为了培育高淀粉、高干物质加工型马铃薯新品种,构建马铃薯高密度分子遗传连锁图谱以及定位重要品质和产量性状的QTL,本试验以四倍体马铃薯“YSP-4”和“MIN-021”为亲本进行杂交,获得了马铃薯杂种F1代182个分离单株,并提取其基因组DNA。采用SRAP和SNP两种分子标记,构建其双亲的高密度遗传连锁图谱,并测定两年两点4个不同环境条件下的杂种F1代分离群体的块茎淀粉含量、干物质含量、单株产量和商品薯率4个重要性状,以定位其相应性状的稳定主效QTL。该研究可为深入开展马铃薯品质及产量等重要性状QTL精细定位,相关基因图位克隆、功能分析及分子标记辅助育种等研究奠定基础。主要研究结果如下:1.试验筛选出适宜SRAP引物组合36对,对马铃薯杂种F1代182个分离单株及其亲本的基因组DNA进行扩增,得到742个SRAP条带位点,其中多态性位点598个,多态性比率为80.59%。2.利用SLAF-seq高通量基因组测序技术,检测得到稳定的用于遗传作图的SNP标记3,001个。3.标记偏分离分析显示,母本图谱中共有1,995个分子标记,其中偏分离标记157个,偏分离比率仅为7.87%;父本图谱中共有1,776个分子标记,含97个偏分离标记,偏分离比率仅为5.46%。这符合植物遗传作图偏分离标记小于30%的要求。4.采用“双假测交”策略,构建了两张各含12个连锁群的双亲高密度遗传图谱。其中母本图谱覆盖基因组长度1,829.19 cM,含1,995个标记,标记间平均图距0.92 cM;父本图谱覆盖基因组长度1,810.44 cM,含1,776个标记,平均图距1.02 cM。5.四倍体马铃薯F,分离群体的淀粉含量、干物质含量、单株产量及商品薯率4个表型性状间均呈正态分布且存在一定程度的相关性和差异显着性。6.在已构建的高密度遗传图谱上对块茎淀粉含量、干物质含量、单株产量及商品薯率4个重要性状进行QTLs定位,共检测到稳定QTLs 23个。其中父本图谱中检测到11个稳定QTLs,分别是5个淀粉含量QTLs、3个干物质含量QTLs、2个单株产量QTLs和1个商品薯率QTLs,其遗传贡献率变幅为10.6%～41.7%;母本图谱定位到12个稳定QTLs,包含1个淀粉含量QTLs、6个干物质含量QTLs、3个单株产量QTLs和2个商品薯率QTLs,其遗传贡献率变幅为10.7%～44.8%。7.在检测到的23个稳定QTLs中,含7个主效QTLs。父本图谱中检测到3个主效QTLs,其中控制淀粉含量2个（qLM7SC45和qLM7SC46）,单株产量1个（qLM4TY22）,遗传贡献率变幅为20.7%～41.7%;母本图谱中检测到4个主效QTLs,其中控制淀粉含量1个（qLF5SC16）,干物质含量3个（qLF4DM11、qLF1DM23和qLF5DM65）,遗传贡献率变幅为26.0%～44.8%。
苏代群[7]（2020）在《两种施氮条件下大豆重要农艺及品质性状的QTL分析》文中进行了进一步梳理大豆是全球范围内食用蛋白和食用油脂的主要来源,同时也是动物饲料蛋白的重要来源。随着我国人民日常生活水平的不断提高,人们对大豆的需求正在逐年增加。正因如此,选育高产优质大豆品种一直都是大豆育种的主要目标。大豆的产量、品质及形态等性状多属于数量性状,不但受微效多基因控制,还受环境影响。大豆生长过程中,氮素的缺乏会严重影响大豆生长和发育,进而影响大豆产量和品质。目前关于氮素对大豆产量和品质的影响,已经有了大量研究报道,并在育种和栽培研究领域对大豆氮素积累与分配进行了深入研究,但是缺乏不施氮处理下大豆重要农艺和品质性状QTL分析的相关报道。本研究利用杂交组合“东农L13×黑河36”、“东农L13×合农60”衍生的两个重组自交系群体RIL3613和RIL6013为材料,在哈尔滨、阿城和双城3个地点进行正常施用氮肥和不施用氮肥两种条件种植,对大豆形态、产量与品质等性状进行加性和上位性QTL定位,并对各性状进行氮肥响应QTL定位和候选基因预测,旨在剖析不同氮肥水平下大豆农艺和品质性状的遗传基础,发掘相关基因位点,为不同氮肥施用条件下的大豆分子设计育种提供技术和理论支撑,主要研究结果如下:（1）RIL3613和RIL6013两个重组自交系群体的株高、主茎节数、单株荚数、单株粒数、百粒重、单株粒重、蛋白质含量与油分含量等8个性状,在两个地点下氮肥施用量、基因型×氮肥互作效应、基因型效应都达到显着水平,说明这8个性状在基因型之间存在极显着差异,应用这两个群体进行遗传分析是可行的。基因型与氮肥施用量之间互作效应显着,说明各农艺性状对于氮肥变化的响应在基因型之间存在显着差异。基因型与氮肥互作效应在地点间差异也是极显着的,说明基因型、氮肥施用量、基因型×氮肥互作效应在多种环境条件下都是存在的,并且其大小受环境影响。综合多个地点单独分析和多个地点的联合分析结果可以得出,在不同环境条件下,氮肥对各育种性状影响的遗传基础是不同的。各性状在不同地点之间,其遗传率也有较大差异,说明不同地点间基因型与氮肥的互作效应也是变化的。（2）RIL3613和RIL6013两个重组自交系群体各性状均存在超亲遗传现象。在氮肥施用和不施用情况下,各性状的平均数和标准差均有明显差异。单株荚数的标准差最大,其次是株高和主茎节数,说明这三个性状变异程度高于其他性状。三个环境、两种施肥水平8个性状的绝大部分呈正态分布和偏态分布,为数量性状遗传特征,适合进行QTL分析。（3）应用Ici Mapping 4.0软件构建大豆遗传图谱。RIL3613群体的遗传图谱含有156对SSR引物,包含20个连锁群,该图谱覆盖基因组遗传距离为2848.56c M,单个连锁群的遗传距离范围为1.15～283.42c M,标记间的平均遗传距离为18.99c M,标记数的范围为2～13个;RIL6013群体的遗传图谱含有137对SSR引物且包含20个连锁群,该图谱覆盖基因组的遗传距离为1886.8c M,单个连锁群的遗传距离范围为19.68～163.67c M,标记间的平均遗传距离为13.77c M,标记数的范围为4～11个。（4）在RIL3613和RIL6013群体中共检出9个株高加性QTL、6个主茎节数加性QTL、3个单株荚数加性QTL、5个单株粒数加性QTL、3个百粒重加性QTL、4个单株粒重加性QTL、4个蛋白质含量加性QTL、2个油分含量加性QTL,单个加性QTL可解释2.04～8.64%、1.13～8.25%、5.97～12.72%、0.02～11.72%、1.34～10.78%、5.51～8.99%、0.20～8.70%、7.23～7.50%的表型变异。其中各有2、4、2、5、0、4、0、1个是新发现的。（5）在RIL3613和RIL6013群体中共检出17对株高上位性QTL、4对主茎节数上位性QTL、2对单株荚数上位性QTL、10对单株粒数上位性QTL、3对百粒重上位性QTL、4对蛋白质含量上位性QTL,每对上位性QTL可解释2.15～15.62%、8.55～11.81%、5.68～18.32%、3.13～8.37%、10.65～11.55%、4.04～5.50%的表型变异。（6）在RIL3613和RIL6013群体中共检出4个株高氮肥响应QTL、4个主茎节数氮肥响应QTL、2个单株荚数氮肥响应QTL、1个单株粒数氮肥响应QTL、2个单株粒重氮肥响应QTL、2个蛋白质含量氮肥响应QTL,单个氮肥响应QTL可解释3.63～8.77%、2.40～2.95%、2.75～4.32%、6.68%、7.53～9.65%、8.88～12.49%的表型变异。其中各有2、2、2、1、2、2个是新发现的。（7）利用Soy Base在线程序获得的标记信息,在4个一致QTL区间中,利用GO和KEGG数据库对1215个候选基因进行了筛选和注释。KEGG通路中,Ko04075参与植物激素信号转导途径,包括赤霉素、生长素、脱落酸等激素,在调节茎生长、植物生长和种子发育方面起着重要作用。基于Pathway分析和功能注释,最终鉴定出15个候选基因,被注释为囊泡转运v-SNARE家族蛋白基因、带有beta亚基和-2亚基基因的协同分子、SAUR样生长素应答蛋白家族基因、蔗糖非发酵相关蛋白激酶（Sn RK）等,均是植物产量和品质形成等多种发育途径所必需的。
张宗瑜[8]（2020）在《老芒麦高密度遗传图谱构建及落粒相关基因QTL定位》文中研究指明老芒麦（Elymus sibiricus L.）是禾本科披碱草属多年生优良牧草,具有草产量高、品质好、耐寒、耐旱等优良特性,广泛应用于我国高山草原的放牧、人工草地建植、生态环境恢复等。但老芒麦较高的落粒性大大降低了牧草种子产量,对新品种选育、推广利用带来不利影响。有关牧草落粒的遗传学基础,是国内外研究不多且亟待加强的研究领域。为此,本研究在开发老芒麦特异性EST-SSR标记、分析不同落粒种质材料的遗传多样性基础上,构建了老芒麦的遗传作图群体,并利用SLAF（specific length amplified fragment）技术构建了老芒麦首张遗传连锁图谱,相继结合QTL和GWAS（genome-wide association study）分析方法定位了落粒候选基因。旨在为解析老芒麦落粒遗传机制、加快老芒麦落粒分子遗传改良和培育低落粒老芒麦新品种提供基础科学依据。获得主要研究结果如下。1、进行了老芒麦特异性EST-SSR分子标记开发及通用性研究。从老芒麦转录组测序获得的6,685个unigene中,分析识别了8,871个潜在EST-SSR位点,进一步开发了200对EST-SSR分子标记。PCR扩增产物测序验证显示,等位基因的测序结果与原始引物SSR位点同源,有43.5%的标记在17个披碱草属物种间通用性良好。利用30对多态性标记对17个披碱草属95份种质的480个单株进行的遗传多样性和进化分析显示,基于基因组构成和地理起源将参试披碱草属种质聚为三大类。本研究结果为披碱草属物种遗传多样性评价提供了引物来源。2、采用40对EST-SSR标记对36份老芒麦种质进行遗传多样性评价,并且在田间测定了老芒麦的落粒性。结果显示老芒麦分子遗传多样性和落粒性变异均较为丰富。筛选出落粒性状差异较大、遗传背景较远的高落粒基因型Y1005和低落粒基因型ZhN06作为亲本杂交构建F1群体。对F1群体的7份材料进行遗传多样性和表型变异分析,发现了落粒、叶片、茎节、穗长及芒长等性状表现出超亲杂种优势。遗传多样性分析显示母本（ZhN06）与子代群体的共有条带多于父本（Y1005）,显示其遗传力水平较高。通过分子标记鉴定和低落粒子代选择,将F1-7单株自交构建了包含200份单株的F2作图群体。3、利用SLAF简化基因组测序技术对F2群体测序,构建了首张老芒麦高密度遗传图谱,图谱总长1,866.35cM,14个连锁群含1,971个标记。连锁群长度范围在87.67cM（LG7）和183.45cM（LG1）之间,标记平均距离为1.66cM。比较基因组发现老芒麦与小麦和大麦分别有79%（1,556）和70%（1,380）的同源标记。连续三年观测了穗长、小花数、落粒率、芒长、种子宽、千粒重等种子相关性状,并进行了QTL鉴定,在14个连锁群上共检测到29个QTL位点,在第2、3、6和11号连锁群上共检测到6个落粒性QTL。通过与小麦和大麦基因组比对注释发现了30个落粒候选基因,这些基因分别与植物激素信号调控（15个）、转录因子（7个）、水解酶活性（6个）及木质素合成（2个）等相关。4、采用SLAF技术对包含213份种质的老芒麦关联群体进行了测序,结合落粒等15个表型性状进行全基因组关联分析。SNP连锁不平衡分析结果显示,老芒麦LD（linkage disequilibrium）衰减较快,衰减距离为0.291kb,供试材料亲缘关系较弱,适用于全基因组关联分析。连续两年在田间对落粒率等关键表型性状观测表明,不同性状间存在较大的遗传变异,平均变异系数为30.49%,其中落粒率遗传力为85.13%。关联分析共检测到41个与落粒相关的显着性位点,平均解释26.3%的表型变异。在这些位点上注释到14个落粒相关候选基因,主要与半乳糖醛酸酶、水解酶、细胞分裂素葡萄糖基转移酶等调控相关。此外,在种子和产量相关性状中分别检测到66个和1,715个显着性位点,分别注释到与种子性状相关的候选基因31个,与产量性状相关的候选基因110个。
阮莹[9]（2019）在《矮牵牛遗传图谱构建及重瓣分子标记筛选》文中研究指明花是园林植物的重要观赏部分,对于花型、花色等性状的变异改良研究具有极大经济效益,也一直是花发育研究的热点。重瓣是一种突变花型,观赏价值大,关于其形成分子机理的研究对提高植物观赏性具有重大意义。矮牵牛既是园林植物中被广泛应用的花坛花卉,也同拟南芥、金鱼草一样是植物花发育研究的模式植物,因此是研究重瓣性状的理想材料。本研究结合前人的研究分析结果,从正向遗传学角度出发,通过全基因组重测序构建矮牵牛遗传连锁图谱。同时利用分子标记与近等基因系对重瓣基因进行定位,结合图谱定位结果,以期圈定重瓣基因所在区间,获得重瓣候选基因。目前获得的主要研究结果如下:1.利用原有标记比对到重瓣基因组9条Scaffold,根据单重瓣矮牵牛重测序及转录组测序结果,用IGV软件对9条Scaffold上注释的459个基因进行筛选,得到52个在单重瓣中CDS序列存在显着差异的基因。优先对在重测序或转录组中显示单瓣完全缺失的基因设计引物进行差异片段扩增,其中4对引物在单重瓣矮牵牛中扩增出现差异,扩大群体检测在单重瓣中扩增差异稳定存在。同时筛选得到37个在单重瓣中启动子序列存在显着差异,并且在重瓣中表达量上调的基因。2.选取近等基因系中两个组合的单重瓣矮牵牛杂交,得到两个新的筛选群体,分别为720株和384株。综合前期实验开发的标记及本实验中新筛选得到的标记,共有19个标记。参考矮牵牛重瓣基因组与马铃薯和番茄基因组的共线性分析得到的Scaffold排列顺序,优先选取靠近两端的Scaffold上的标记,即采用Scaffold676上的标记Scf4-1与Scaffold1027上的标记Scf43进行新一轮检测。以目前群体数量检测后并未出现交换单株。3.利用单瓣腋花矮牵牛（Petunia axillaris）与重瓣矮牵牛作为亲本杂交,再在F1代中分别选取一株单重瓣矮牵牛进行杂交,对F1代杂交获得的群体采用全基因组重测序技术,构建矮牵牛高密度遗传连锁图谱。分别采用两种软件进行连锁群划分与图谱构建:使用JoinMap4.1软件构建的图谱包含4474个标记,总遗传距离为2022.786 cM,平均遗传距离为0.758 cM;使用LepMap3软件构建的图谱包含8030个标记,总遗传距离为453.39 cM,平均遗传距离为1.00 cM。通过遗传图谱,将重瓣性状初步定位到LG5。
段国珍[10]（2019）在《沙地云杉及其近缘种的生态位分化与群体遗传学研究》文中提出沙地云杉（Picea mongolica）是我国特有种,仅分布于内蒙古浑善达克沙地东部边缘。它的存在对于内蒙古沙源控制及内蒙古沙源进京具有重要的屏障作用,在改善当地农牧区人民生活环境发挥着巨大的生态、经济和社会效益,同时也是干旱、半干旱区城市园林绿化的主要树种。然而,沙地云杉的分类地位在学术界仍然是争论的焦点,其定名也尚未被多数分类学家认可。因此,本研究以沙地云杉及其近缘种红皮云杉（Picea koraiensis）和白扦（Picea meyeri）共18个天然群体为研究对象,采用生物气候变量、表型性状和SNP位点,对3种云杉种间亲缘关系、遗传多样性、遗传结构、种群动态历史,以及表型多样性、表型分化和生态位分化进行了系统地分析,探讨了沙地云杉的进化历史和分类地位,为沙地云杉种质资源的保护和合理利用提供理论依据。研究结果表明:（1）通过对3种云杉共217个分布记录点的气候变量进行生态位差异的量化分析发现,沙地云杉与红皮云杉、白扦的生态位存在显着差异,最湿季度降雨量（Bio 16）、最暖季度降雨量（Bio 18）、最干季平均气温（Bio 9）和最冷季度平均气温（Bio 11）是造成3种云杉生态位分化的主要因子。生态位模拟表明,3种云杉的潜在分布区在末次盛冰期（LGM）的分布范围相比末次间冰期（LIG）要大,3种云杉在2080s年的潜在分布区相比现在,其最适分布区范围有所减少或不变。（2）对3种云杉共162个针叶横截面的切片进行显微结构观察,发现红皮云杉针叶横截面以2个边生树脂道居多,占所观察切片的62.07%;白扦针叶以1个树脂道居多,占观察切片的60.42%;沙地云杉针叶以无树脂道占优势,占观察切片的92.85%。（3）对3种云杉18个群体共540份材料的16个数量性状进行多元统计分析,结果显示,3种云杉16个性状在群体间和群体内均存在极显着差异（P<0.01）,其中沙地云杉变异系数最大（17.90%）,红皮云杉次之（14.79%）,白扦表型变异最小（13.93%）,16个性状中针叶和球果性状的变异系数较大,不同性状中形状指数（各性状的长宽比）的变异系数都大于其单个性状的变异系数。针叶性状和球果性状的多样性信息指数也较大。红皮云杉、白扦和沙地云杉16个数量性状的平均表型分化系数VST分别为32.371%、29.890%、29.809%,群体间的变异小于群体内,以群体内变异为主。（4）16个数量性状与气候和地理因子的相关分析表明:经度、纬度、海拔显着影响针叶、球果和种子性状,温度变量与球果宽、种子长、种翅宽、球果长宽比、种鳞长宽比存在显着（r>0.45）或极显着相关关系（r>0.6）,降水与种鳞长、种鳞宽、种翅长和千粒重存在显着相关关系。16个数量性状的相关性分析、主成分分析和聚类分析显示球果长、种鳞长、种子长、针叶长以及千粒重为3种云杉表型分化的重要性状,且发现沙地云杉与白扦的形态特征更相似。（5）基于简化基因组（GBS）测序,3种云杉18个群体共152份材料共获得316.29 Gb Clean data,Q20≥97.24%,Q30 ≥92.61%,平均 GC 含量为 40.77%,测序质量较高,碱基质量分布合格。以欧洲云杉（Picea abies）为参考基因组,进行SNPs Calling,共检测到3,104,341 个 SNPs。（6）基于3,104,341个SNPs位点对3种云杉进行遗传多样性评价,结果表明:沙地云杉遗传多样性水平最高（He=0.1548,Ho=0.1248,Pi=0.1936）,红皮云杉遗传多样性水平次之（He=0.1464,Ho=0.1123,Pi=0.1775）,白扦遗传多样性水平最低（He=0.1307,Ho=0.1213,Pi=0.1658）。3种云杉群体间的遗传分化系数较小,遗传变异主要来源于群体内,3个物种间的遗传分化也较小,其中沙地云杉与白扦、红皮云杉的遗传分化系数分别为 0.0612 和 0.1360。（7）基于3,104,341个SNPs位点,通过Structrue分析、PCA分析和系统发育树研究3种云杉的种间关系,发现沙地云杉与白扦、红皮云杉能够清晰划分,且沙地云杉与白扦的亲缘关系较近,3种云杉的种群历史动态分析发现在末次间冰期（LIG）和末次盛冰期（LGM）之间3种云杉均经历过1次种群收缩事件,约2.2万年前沙地云杉与白扦的有效群体大小开始出现明显差异,至此以后,差异越来越大。（8）采用CMLM对3种云杉5个重要数量性状与3,104,341个SNPs进行关联分析,最终共找到35个显着关联的SNP位点,与种鳞长显着关联的SNP位点有18个,与球果长关联的位点有8个,与千粒重关联位点为7个,与针叶长和种子长关联的SNP位点分别为2和1个,显着关联的SNP位点在沙地云杉和白扦中的基因型更相似。（9）基于生态位分化、表型分化和遗传分化研究,均可证明沙地云杉可以划分为一个独立的种。PSMC模型和Maxent模型可推断沙地云杉在末次盛冰期（LGM）时有效群体大小增大,与末次间冰期时相比,经历过明显地种群扩张,扩张时间和第四纪末次盛冰期的时间对应,其物种形成与第四纪冰期有极大关系。
二、植物遗传标记的发展及应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、植物遗传标记的发展及应用（论文提纲范文）
（1）臭柏叶绿体基因组、群体遗传多样性及谱系地理学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 遗传多样性及评价方法概述 |
| 1.1.1 遗传多样性概念 |
| 1.1.2 遗传多样性的研究方法 |
| 1.2 谱系地理与植物系统进化 |
| 1.2.1 谱系地理学概述 |
| 1.2.2 青藏高原隆起及第四纪冰期对中国西北干旱区的影响 |
| 1.2.3 植物系统进化与谱系地理学中常用的分子标记 |
| 1.2.4 谱系地理学研究中的生态位模型 |
| 1.3 柏科刺柏属物种及臭柏国内外研究进展 |
| 1.3.1 柏科刺柏属简介及研究现状 |
| 1.3.2 臭柏简介及研究现状 |
| 1.4 研究目的、意义和内容 |
| 1.4.1 研究目的与意义 |
| 1.4.2 研究内容 |
| 1.5 技术路线 |
| 2 臭柏叶绿体基因组结构与系统进化 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 臭柏叶绿体基因组结构及特征 |
| 2.2.2 臭柏叶绿体基因组密码子偏好性 |
| 2.2.3 臭柏叶绿体基因组重复序列 |
| 2.2.4 刺柏属植物种间叶绿体基因组比较 |
| 2.2.5 系统进化分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 臭柏叶绿体基因组变异 |
| 2.3.2 遗传标记的开发 |
| 2.3.3 臭柏系统进化关系 |
| 2.4 小结 |
| 3 基于SSR标记的臭柏群体遗传多样性和遗传结构 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.1.3 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 引物开发、筛选及种间通用性检测 |
| 3.2.2 无效等位基因检测、哈迪-温伯格平衡及中性检验 |
| 3.2.3 臭柏群体的遗传多样性 |
| 3.2.4 臭柏群体的遗传分化 |
| 3.2.5 臭柏主坐标分析和聚类分析 |
| 3.2.6 臭柏群体的遗传结构 |
| 3.2.7 群体BOTTLENECK瓶颈效应分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 臭柏群体遗传多样性 |
| 3.3.2 臭柏群体遗传结构和遗传分化 |
| 3.3.3 SSR引物开发及在近缘种间的通用性 |
| 3.4 小结 |
| 4 臭柏谱系地理学研究-基于cpDNA、ITS和SCNG的分子生物学证据 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.1.3 数据分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 臭柏cpDNA单倍型的序列特征及多态性 |
| 4.2.2 臭柏ITS单倍型的序列特征及多态性 |
| 4.2.3 臭柏ABI3单倍型的序列特征及多态性 |
| 4.2.4 臭柏群体遗传结构与遗传分化 |
| 4.2.5 系统发育树的构建 |
| 4.2.6 单倍型各分支分化时间估算 |
| 4.2.7 臭柏群体的动态历史事件 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 群体遗传多样性及不同遗传标记水平结果对比 |
| 4.3.2 遗传结构和谱系分化 |
| 4.3.3 冰期避难所及扩张历史推断 |
| 4.4 小结 |
| 5 臭柏不同时期地理分布格局 |
| 5.1 臭柏资源数据收集 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1 生物气候变量获取 |
| 5.2.2 分布点数据处理及环境变量筛选 |
| 5.2.3 MaxEnt模型运行及臭柏适生区划分 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 臭柏现代潜在分布区预测 |
| 5.3.2 过去和未来潜在分布区 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 环境因子对现代地理分布的制约 |
| 5.4.2 不同时期臭柏潜在适宜分布区变化 |
| 5.5 小结 |
| 6 基于遗传多样性特征和谱系地理特征的臭柏保护策略 |
| 6.1 天然臭柏群体现状 |
| 6.2 臭柏群体遗传特征 |
| 6.3 保护策略的提出 |
| 6.3.1 建立保护单元 |
| 6.3.2 原地保护 |
| 6.3.3 迁地保护 |
| 6.3.4 加强保护区管理 |
| 6.3.5 加大宣传力度 |
| 6.4 小结 |
| 7 结论与创新点 |
| 7.1 结论 |
| 7.2 创新点 |
| 8 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（2）松嫩平原羊草叶色渐变群遗传多样性及其分化机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 研究现状与进展 |
| 1.2.1 植物渐变群国内外研究现状 |
| 1.2.2 植物遗传多样性研究进展 |
| 1.2.3 植物光合生理特征研究进展 |
| 1.2.4 无性系植物分株表型特征研究进展 |
| 1.2.5 无性系植物种群结构研究进展 |
| 1.2.6 羊草叶色渐变群研究进展 |
| 1.3 研究目的与意义 |
| 1.3.1 研究目的 |
| 1.3.2 研究意义 |
| 1.4 技术路线 |
| 第二章 研究区概况和研究方法 |
| 2.1 研究物种介绍 |
| 2.2 野外样点概况 |
| 2.3 同质园实验设计 |
| 2.4 研究方法 |
| 2.4.1 遗传多样性的研究方法 |
| 2.4.2 光合生理特征的研究方法 |
| 2.4.3 分株表型特征的研究方法 |
| 2.4.4 种群数量特征的研究方法 |
| 2.4.5 数据处理方法 |
| 第三章 天然条件下羊草叶色渐变群遗传多样性研究 |
| 3.1 遗传多样性 |
| 3.1.1 期望杂合度的比较 |
| 3.1.2 香农多样性指数的比较 |
| 3.1.3 均匀度的比较 |
| 3.2 遗传结构和基因流格局 |
| 3.2.1 分子变异率分析 |
| 3.2.2 遗传分化系数与基因流的比较 |
| 3.2.3 种群间与种群内基因多样性的比较 |
| 3.2.4 遗传距离与遗传一致度的比较 |
| 3.2.5 遗传距离与地理距离的相关性分析 |
| 3.3 基于微卫星标记的遗传聚类分析 |
| 3.3.1 主成分分析 |
| 3.3.2 非加权组平均法聚类分析 |
| 3.3.3 邻接法聚类分析 |
| 3.4 遗传多样性与生态因子的相关性分析 |
| 3.5 讨论 |
| 3.5.1 遗传多样性及其进化关系分析 |
| 3.5.2 遗传分化及其影响因素分析 |
| 第四章 同质园条件下羊草叶色渐变群生理特性研究 |
| 4.1 叶片的光合生理特征 |
| 4.1.1 气体交换参数的比较 |
| 4.1.2 光合日动态的比较 |
| 4.1.3 光合速率对光强的响应 |
| 4.1.4 光合速率对CO_2浓度的响应 |
| 4.1.5 叶绿素荧光特征的比较 |
| 4.1.6 光合酶活性的比较 |
| 4.2 叶片的光合色素含量及变化规律 |
| 4.2.1 光合色素含量的比较 |
| 4.2.2 光合色素含量与叶龄的关系 |
| 4.3 基于光合生理的叶片功能性状 |
| 4.3.1 功能性状的比较 |
| 4.3.2 功能性状与叶龄的关系 |
| 4.4 叶片光合速率与其性状的相关性分析 |
| 4.5 光合生理特征的聚类分析 |
| 4.5.1 主成分分析 |
| 4.5.2 聚类分析 |
| 4.6 讨论 |
| 4.6.1 光合特征日变化探讨 |
| 4.6.2 特定环境因子对光合特征的影响 |
| 4.6.3 自身因素对光合特征的影响 |
| 4.6.4 叶绿素荧光特征探讨 |
| 4.6.5 生理分化的成因分析 |
| 第五章 同质园条件下羊草叶色渐变群分株表型特征研究 |
| 5.1 分株表型特征 |
| 5.1.1 营养株表型特征的比较 |
| 5.1.2 生殖株表型特征的比较 |
| 5.2 分株表型特征聚类分析 |
| 5.2.1 营养株聚类分析 |
| 5.2.2 生殖株聚类分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 营养株的生长和物质分配策略分析 |
| 5.3.2 生殖株的生长和物质分配策略分析 |
| 5.3.3 分株表型分化的成因分析 |
| 第六章 同质园条件下羊草叶色渐变群数量特征研究 |
| 6.1 营养繁殖特征及其规律 |
| 6.1.1 种群密度与高度的比较 |
| 6.1.2 营养繁殖规律的比较 |
| 6.2 物质生产与生物量分配 |
| 6.2.1 地上生物量的比较 |
| 6.2.2 地下生物量的比较 |
| 6.2.3 根冠比的比较 |
| 6.3 不同构件年龄结构 |
| 6.3.1 分株年龄结构的比较 |
| 6.3.2 不同龄级分株生产力的比较 |
| 6.3.3 根茎年龄结构的比较 |
| 6.3.4 不同龄级根茎贮藏力的比较 |
| 6.4 冬眠构件数量特征 |
| 6.4.1 芽库密度的比较 |
| 6.4.2 苗库密度的比较 |
| 6.4.3 芽库密度与生长时间的关系 |
| 6.4.4 苗库密度与生长时间的关系 |
| 6.5 讨论 |
| 6.5.1 营养繁殖规律的异同分析 |
| 6.5.2 种群生存与发展策略的异同分析 |
| 6.5.3 冬眠构件组成及形成规律的异同分析 |
| 第七章 结论与展望 |
| 7.1 主要结论 |
| 7.2 主要创新点 |
| 7.3 存在问题与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在学期间公开发表的论文 |
| 攻读博士学位期间参与的科研项目 |
| 攻读博士学位期间参加的学术会议 |
（3）基于DNA分析的东北虎扩散状况、近交以及肠道菌群的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 国内外研究进展 |
| 1.2.1 国内研究进展 |
| 1.2.2 国外研究进展 |
| 1.3 分子遗传标记及应用 |
| 1.3.1 主要组织相容性复合体 |
| 1.3.2 线粒体DNA |
| 1.3.3 微卫星遗传标记 |
| 1.3.4 SNP |
| 1.4 研究目标和研究内容 |
| 1.4.1 研究目标 |
| 1.4.2 研究内容 |
| 1.5 研究意义及创新点 |
| 1.5.1 研究意义 |
| 1.5.2 创新点 |
| 2 研究区域概况 |
| 2.1 研究地的确定 |
| 2.2 老爷岭区域 |
| 2.3 张广才岭区域 |
| 2.4 完达山区域 |
| 3 长白山北部东北虎的空间分布和遗传学分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料和方法 |
| 3.2.1 伦理 |
| 3.2.2 研究区域 |
| 3.2.3 东北虎出现点数据 |
| 3.2.4 粪便样品收集和DNA提取 |
| 3.2.5 种群遗传分析 |
| 3.2.6 迁移个体的识别 |
| 3.2.7 遗传距离与地理距离之间的关系 |
| 3.3 结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 本章小结 |
| 4 东北虎种群近交及其影响 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 研究区域与样品采集 |
| 4.2.2 统计分析 |
| 4.3 结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 本章小结 |
| 5 野生和圈养东北虎种群的肠道微生物群落结构和功能的比较 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料和方法 |
| 5.2.1 样品采集 |
| 5.2.2 DNA提取和16S rRNA基因测序 |
| 5.2.3 核心微生物 |
| 5.2.4 宏基因组测序和分析 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 16S rRNA测序描述 |
| 5.3.2 圈养与野生东北虎肠道菌群的组成差异 |
| 5.3.3 核心微生物组的确定 |
| 5.3.4 圈养和野生东北虎种群肠道微生物功能的差异 |
| 5.3.5 肠道微生物群组成与功能的关系 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 东北虎肠道菌群的结构和组成 |
| 5.4.2 东北虎的核心微生物 |
| 5.4.3 野生和圈养的东北虎在肠道菌群功能上的差异 |
| 5.4.4 肠道菌群组成与功能之间的关系 |
| 5.5 保护管理 |
| 5.6 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
| 东北林业大学 博士学位论文修改情况确认表 |
（4）侧柏育种群体种质资源遗传分析与管理利用策略（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 主要符号对照表 |
| 引言 |
| 1 绪论 |
| 1.1 林木育种资源 |
| 1.1.1 针叶树遗传改良途径及模式 |
| 1.1.2 育种群体的遗传多样性 |
| 1.1.3 育种群体亲缘关系分析 |
| 1.2 育种群体的遗传评价方法 |
| 1.2.1 遗传变异的类型 |
| 1.2.2 高通量测序技术在林木遗传育种中的应用 |
| 1.2.3 简化基因组测序技术 |
| 1.3 针叶树遗传图谱 |
| 1.3.1 针叶树基因组结构特征 |
| 1.3.2 针叶树遗传图谱研究 |
| 1.3.3 针叶树遗传图谱的应用 |
| 1.3.4 偏分离产生原因及进化意义 |
| 1.4 侧柏育种资源 |
| 1.4.1 侧柏的生物学特征 |
| 1.4.2 侧柏的常规育种进展 |
| 1.4.3 侧柏的遗传学研究进展 |
| 1.5 科学问题的提出、研究策略与主要研究任务 |
| 2 侧柏遗传标记的开发及评价 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 侧柏DNA的提取 |
| 2.1.2 侧柏SSR标记的开发及评价 |
| 2.1.3 侧柏ddRAD建库 |
| 2.1.4 数据处理与分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 侧柏SSR标记的开发与评价 |
| 2.2.2 侧柏ddRAD标记的开发与评价 |
| 2.3 小结 |
| 3 侧柏高密度遗传图谱的构建 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 遗传图谱的构建 |
| 3.1.2 遗传图谱的质量评估 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 全标记遗传图谱的基本信息 |
| 3.2.2 全标记遗传图谱上标记的分布 |
| 3.2.3 框架标记遗传图谱的基本信息 |
| 3.2.4 图谱共线性分析 |
| 3.3 小结 |
| 4 侧柏偏分离位点发掘与遗传解析 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 偏分离位点的获取及基因功能的分析 |
| 4.1.2 构建含有偏分离位点的遗传图谱 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 偏分离位点分析 |
| 4.2.2 含偏分离位点的遗传图谱基本信息 |
| 4.2.3 含偏分离位点的遗传图谱标记分布 |
| 4.2.4 图谱共线性分析 |
| 4.2.5 偏分离位点的热点区域分布 |
| 4.3 小结 |
| 5 侧柏初级育种群体的遗传多样性与亲缘关系分析 |
| 5.1 材料和方法 |
| 5.1.1 育种资源收集 |
| 5.1.2 侧柏种子园育种群体亲本的遗传变异测定 |
| 5.1.3 侧柏种子园育种群体亲本的分子标签开发 |
| 5.1.4 侧柏种子园亲本群体的群体结构分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 侧柏种子园育种群体亲本的遗传变异水平 |
| 5.2.2 初级育种群体的亲本亲缘关系解析 |
| 5.2.3 侧柏种子园中育种群体亲本的群体结构 |
| 5.3 小结 |
| 6 侧柏高阶改良策略 |
| 6.1 材料和方法 |
| 6.1.1 不同强度的疏伐设计 |
| 6.1.2 侧柏去劣疏伐种子园亲本群体的选择 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 不同疏伐强度下的亲本植株数量统计 |
| 6.2.2 不同疏伐强度下种子园的遗传多样性分析 |
| 6.2.3 去劣疏伐种子园优良亲本的初步筛选 |
| 6.3 侧柏高阶改良策略 |
| 6.3.1 侧柏种子园的交配设计 |
| 6.3.2 侧柏种子园育种体系的可持续改良策略 |
| 6.4 小结 |
| 7 讨论 |
| 8 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简介 |
| 导师简介 |
| 获得成果目录清单 |
| 致谢 |
（5）基于简化基因组测序辽宁爪鲵（Onychodactylus zhaoermii）群体遗传学研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 辽宁爪鲵在爪鲵属中的分类地位 |
| 1.1.2 辽宁爪鲵的研究现状 |
| 1.1.2.1 生理生物学研究现状 |
| 1.1.2.2 保护生物学研究现状 |
| 1.1.2.3 分子生物学研究现状 |
| 1.1.3 辽宁爪鲵的群体遗传学研究 |
| 1.2 群体遗传学研究中应用的遗传标记 |
| 1.2.1 等位酶蛋白质标记 |
| 1.2.2 几种常见分子标记技术 |
| 1.2.2.1 RFLP标记技术 |
| 1.2.2.2 RAPD标记技术 |
| 1.2.2.3 AFLP标记技术 |
| 1.2.2.4 SSR分子标记 |
| 1.2.2.5 SNP分子标记 |
| 1.3 简化基因组技术 |
| 1.4 研究的目的和意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 样本信息 |
| 2.1.2 实验试剂 |
| 2.1.2.1 试剂盒 |
| 2.1.2.2 电泳试剂 |
| 2.1.2.3 建库试剂 |
| 2.1.3 实验器材 |
| 2.2 实验步骤 |
| 2.2.1 基因组DNA的提取 |
| 2.2.2 文库构建 |
| 2.2.3 上机测序 |
| 2.3 统计分析 |
| 2.3.1 数据处理 |
| 2.3.1.1 原始序列数据处理 |
| 2.3.1.2 测序数据统计及质量评估 |
| 2.3.1.3 酶切概况 |
| 2.3.1.4 捕获的酶切位点的片段数(Tags)统计 |
| 2.3.2 构建SNP位点 |
| 2.3.3 群体遗传多样性分析 |
| 2.3.3.1 群体杂合度分析 |
| 2.3.3.2 核苷酸多态性(π)分析 |
| 2.3.3.3 分子方差分析(AMOVA) |
| 2.3.4 群体遗传结构分析 |
| 2.3.4.1 系统进化树分析 |
| 2.3.4.2 主成分分析 |
| 2.3.4.3 群体遗传结构分析 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 GBS数据分析 |
| 3.1.1 比对参考基因组 |
| 3.1.2 SNP检测 |
| 3.1.2.1 SNP检测质量分布 |
| 3.1.2.2 SNP突变频谱 |
| 3.2 群体遗传多样性分析 |
| 3.2.1 群体杂合度分析 |
| 3.2.2 核苷酸多样性(π)分析 |
| 3.2.3 分子方差分析(AMOVA) |
| 3.3 群体遗传结构分析 |
| 3.3.1 群体主成分分析 |
| 3.3.2 群体结构STRUCTURE分析 |
| 3.3.3 群体进化树分析 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 简化基因组测序法获取SNPs可行性分析 |
| 4.2 群体的遗传多样性分析 |
| 4.3 群体遗传结构分析 |
| 4.4 关于辽宁爪鲵的保护 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（6）四倍体马铃薯高密度分子遗传连锁图谱构建及淀粉含量等重要性状的QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 1 前言 |
| 1.1 马铃薯概述 |
| 1.1.1 马铃薯加工 |
| 1.1.2 马铃薯块茎营养 |
| 1.2 马铃薯遗传育种 |
| 1.2.1 马铃薯育种方法 |
| 1.2.2 马铃薯育种中存在的问题 |
| 1.3 分子遗传图谱构建 |
| 1.3.1 作图群体亲本 |
| 1.3.2 作图群体类型 |
| 1.3.3 作图群体大小 |
| 1.3.4 遗传标记类型 |
| 1.3.5 马铃薯遗传连锁图谱的研究进展 |
| 1.4 QTL定位 |
| 1.4.1 QTL定位分析方法 |
| 1.4.2 马铃薯重要QTL定位研究进展 |
| 1.5 研究的目的意义及主要研究内容 |
| 1.5.1 研究的目的及意义 |
| 1.5.2 研究内容 |
| 1.5.3 技术路线 |
| 2 四倍体马铃薯分子遗传图谱构建及分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验地概况 |
| 2.1.3 四倍体马铃薯群体构建过程及栽培方式 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 DNA提取与质量检测 |
| 2.2.2 SRAP分子标记筛选及分析 |
| 2.2.3 SNP标记开发 |
| 2.2.4 四倍体马铃薯分子遗传连锁图谱的构建 |
| 2.3 结果分析 |
| 2.3.1 四倍体马铃薯基因组DNA质量检测 |
| 2.3.2 SRAP分子标记引物筛选及分子标记多态性分析 |
| 2.3.3 四倍体马铃薯F1代分离群体SNP标记开发和分析 |
| 2.3.4 分子标记分型 |
| 2.3.5 分子标记的偏分离分析 |
| 2.4 四倍体马铃薯双亲遗传图谱的构建及其重要特征 |
| 2.4.1 马铃薯高密度遗传图谱构建 |
| 2.4.2 母本“YSP-4”的遗传图谱特征 |
| 2.4.3 父本“MIN-021”的遗传图谱特征 |
| 2.5 讨论 |
| 2.5.1 遗传标记的偏分离现象 |
| 2.5.2 SLAF测序与SNP标记开发 |
| 2.5.3 马铃薯遗传图谱的构建及应用 |
| 2.6 小结 |
| 3 四倍体马铃薯重要性状的QTL定位分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 供试材料 |
| 3.1.2 试验方法 |
| 3.2 结果分析 |
| 3.2.1 四倍体马铃薯F_1群体重要性状相关性分析 |
| 3.2.2 四倍体马铃薯F_1群体重要性状正态分布检测 |
| 3.2.3 四倍体马铃薯重要QTL定位分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 环境和作图群体对QTL定位的影响 |
| 3.3.2 作图群体大小和分子标记对QTL定位的影响 |
| 3.3.3 QTL富集现象 |
| 3.4 小结 |
| 4 结论与主要创新点 |
| 4.1 结论 |
| 4.2 主要创新点 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附图 |
| 作者简介 |
（7）两种施氮条件下大豆重要农艺及品质性状的QTL分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| 英文摘要 |
| 1 引言 |
| 1.1 研究背景及意义 |
| 1.1.1 研究背景 |
| 1.1.2 研究意义 |
| 1.2 大豆主要农艺性状QTL定位及氮肥效应研究进展 |
| 1.2.1 农艺性状QTL定位研究进展 |
| 1.2.2 氮肥对大豆产量与品质的影响 |
| 1.3 研究技术路线 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 遗传群体 |
| 2.2 田间试验设计 |
| 2.3 性状调查 |
| 2.4 遗传图谱的构建 |
| 2.5 数据统计分析 |
| 2.5.1 表型数据的变异分析 |
| 2.5.2 氮肥响应 |
| 2.5.3 QTL作图分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 表型变异分析 |
| 3.1.1 方差与遗传率 |
| 3.1.2 表型分离与次数分布 |
| 3.1.3 性状间的相关性 |
| 3.2 大豆重要农艺及品质性状的加性QTL定位 |
| 3.2.1 株高加性QTL定位 |
| 3.2.2 主茎节数加性QTL定位 |
| 3.2.3 单株荚数加性QTL定位 |
| 3.2.4 单株粒数加性QTL定位 |
| 3.2.5 百粒重加性QTL定位 |
| 3.2.6 单株粒重加性QTL定位 |
| 3.2.7 蛋白质含量加性QTL定位 |
| 3.2.8 油分含量加性QTL定位 |
| 3.3 大豆重要农艺及品质性状的上位性QTL定位 |
| 3.3.1 株高上位性QTL定位 |
| 3.3.2 主茎节数上位性QTL定位 |
| 3.3.3 单株荚数上位性QTL定位 |
| 3.3.4 单株粒数上位性QTL定位 |
| 3.3.5 百粒重上位性QTL定位 |
| 3.3.6 蛋白质含量上位性QTL定位 |
| 3.4 大豆重要农艺及品质性状氮肥响应的QTL分析 |
| 3.5 候选基因预测 |
| 4 讨论 |
| 4.1 关联重组自交系群体优势 |
| 4.2 氮肥对大豆农艺及品质性状的影响及相关QTL |
| 4.3 大豆氮肥响应QTL |
| 4.4 上位性QTL影响大豆农艺与品质性状 |
| 4.5 多种策略定位的优势 |
| 5 结论 |
| 6 创新点 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 |
（8）老芒麦高密度遗传图谱构建及落粒相关基因QTL定位（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 第二章 国内外研究进展 |
| 2.1 遗传多样性及DNA分子标记研究进展 |
| 2.1.1 遗传多样性概述及研究方法 |
| 2.1.2 DNA分子标记的类型 |
| 2.1.3 DNA分子标记的应用 |
| 2.1.4 披碱草属植物遗传进化研究 |
| 2.1.5 老芒麦遗传多样性研究 |
| 2.2 DNA测序技术原理及研究进展 |
| 2.3 遗传图谱构建及QLT定位 |
| 2.3.1 遗传作图原理与方法 |
| 2.3.2 QTL作图原理与方法 |
| 2.3.3 牧草遗传连锁图谱构建及重要农艺性状QTL定位研究进展 |
| 2.4 全基因组关联分析 |
| 2.4.1 关联分析的基础、优势和策略 |
| 2.4.2 牧草重要农艺性状全基因组关联分析研究进展 |
| 2.5 落粒性状及禾本科牧草落粒研究进展 |
| 2.5.1 植物器官脱落的解剖学基础 |
| 2.5.2 植物器官脱落的生理基础 |
| 2.5.3 落粒基因研究进展 |
| 2.5.4 禾本科牧草落粒研究进展 |
| 2.6 老芒麦育种研究概况 |
| 2.7 本研究的目的意义及技术路线 |
| 2.7.1 目的及意义 |
| 2.7.2 技术路线 |
| 第三章 老芒麦EST-SSR分子标记开发与应用 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 供试材料 |
| 3.2.2 EST-SSR分子标记识别 |
| 3.2.3 DNA提取及浓度检测 |
| 3.2.4 PCR扩增及凝胶电泳 |
| 3.2.5 PCR扩增产物序列验证 |
| 3.2.6 数据处理 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 EST-SSR的频率及分布 |
| 3.3.2 引物通用性及多态性分析 |
| 3.3.3 PCR产物验证 |
| 3.3.4 披碱草属遗传多样性分析 |
| 3.3.5 披碱草属遗传结构和遗传进化分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 基于转录组测序的老芒麦EST-SSR分子标记开发 |
| 3.4.2 披碱草属不同基因组材料的遗传进化关系 |
| 3.4.3 种质资源保存策略 |
| 第四章 老芒麦种质资源遗传多样性评价与作图群体构建 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 供试材料 |
| 4.2.2 试验地概况 |
| 4.2.3 表型观测项目及方法 |
| 4.2.4 DNA提取及PCR扩增 |
| 4.2.5 数据处理 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 老芒麦种质资源落粒性评价 |
| 4.3.2 EST-SSR标记多态性及老芒麦遗传多样性分析 |
| 4.3.3 遗传图谱作图亲本选择 |
| 4.3.4 F_1群体构建及其遗传和表型变异评价 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 老芒麦遗传多样性 |
| 4.4.2 老芒麦落粒性遗传改良 |
| 第五章 老芒麦高密度遗传图谱构建与落粒QTL定位 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 供试材料 |
| 5.2.2 试验地概况 |
| 5.2.3 表型观测项目及方法 |
| 5.2.4 基因组DNA提取、SLAF文库构建及高通量测序 |
| 5.2.5 高密度遗传图谱构建 |
| 5.2.6 落粒相关性状QTL分析 |
| 5.2.7 候选基因挖掘 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 测序数据统计与评价 |
| 5.3.2 SLAF标签开发 |
| 5.3.3 遗传图谱构建 |
| 5.3.4 图谱质量评价 |
| 5.3.5 F_2群体表型变异 |
| 5.3.6 QTL作图及比较基因组分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 基于新一代基因组测序技术构建首张老芒麦高密度遗传图谱 |
| 5.4.2 老芒麦落粒性QLT位点检测 |
| 5.4.3 老芒麦落粒候选基因挖掘 |
| 第六章 老芒麦落粒性全基因组关联分析 |
| 6.1 前言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 供试材料 |
| 6.2.2 试验地概况 |
| 6.2.3 表型观测项目及方法 |
| 6.2.4 基因组DNA提取、酶切建库、测序及SLAF标签开发 |
| 6.2.5 遗传进化、亲缘关系及连锁不平衡分析 |
| 6.2.6 全基因组关联分析 |
| 6.2.7 候选基因 |
| 6.3 结果 |
| 6.3.1 实验建库评估及测序数据统计 |
| 6.3.2 SLAF标签开发及SNP信息统计 |
| 6.3.3 连锁不平衡和亲缘关系分析 |
| 6.3.4 遗传进化分析 |
| 6.3.5 表型性状评价及相关性分析 |
| 6.3.6 关联分析 |
| 6.3.6.1 老芒麦落粒性关联分析及候选基因挖掘 |
| 6.3.6.2 老芒麦种子相关性状关联分析及候选基因挖掘 |
| 6.3.6.3 老芒麦产量相关性状关联分析及候选基因挖掘 |
| 6.4 讨论 |
| 6.4.1 连锁不平衡与群体结构 |
| 6.4.2 表型多样性与关联分析 |
| 6.4.3 落粒候选基因挖掘 |
| 第七章 结论与创新点 |
| 7.1 结论 |
| 7.2 主要创新点 |
| 7.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附表 |
| 附图 |
| 缩略词表 |
| 在学期间参与的科研项目 |
| 在学期间的研究成果 |
| 在学期间获得的荣誉 |
| 致谢 |
（9）矮牵牛遗传图谱构建及重瓣分子标记筛选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 1 前言 |
| 1.1 分子标记技术 |
| 1.1.1 遗传标记的发展 |
| 1.1.2 DNA分子标记 |
| 1.1.2.1 DNA分子标记的分类 |
| 1.1.2.2 SNP标记 |
| 1.1.3 分子标记在观赏植物中的应用现状 |
| 1.2 植物遗传图谱的构建 |
| 1.2.1 遗传图谱的定义及应用 |
| 1.2.2 遗传图谱构建方法 |
| 1.2.3 基于高通量测序的遗传图谱构建 |
| 1.2.4 矮牵牛遗传图谱构建 |
| 1.3 重瓣性研究进展 |
| 1.3.1 重瓣花形成的分子机理 |
| 1.3.2 矮牵牛重瓣性研究现状 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 近等基因系 |
| 2.1.2 遗传图谱构建的亲本及群体 |
| 2.1.3 试验试剂 |
| 2.1.4 主要仪器设备 |
| 2.1.5 所需试剂配方 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 基因组DNA提取 |
| 2.2.2 差异基因筛选 |
| 2.2.3 与矮牵牛重瓣性状紧密连锁分子标记筛选 |
| 2.2.3.1 特异引物设计 |
| 2.2.3.2 PCR扩增及检测 |
| 2.2.3.3 共线性分析 |
| 2.2.4 矮牵牛遗传图谱构建 |
| 2.2.4.1 亲本及群体全基因组测序 |
| 2.2.4.2 SNP检测和基因分型 |
| 2.2.4.3 遗传图谱构建 |
| 2.2.4.4 重瓣性状定位 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 差异基因筛选 |
| 3.1.1 结构变异基因筛选 |
| 3.1.2 差异片段扩增 |
| 3.1.3 启动子差异筛选 |
| 3.2 与矮牵牛重瓣性状紧密连锁分子标记的筛选 |
| 3.2.1 近等基因系筛选群体构建 |
| 3.2.2 标记检测结果 |
| 3.2.3 共线性分析 |
| 3.3 矮牵牛遗传图谱构建 |
| 3.3.1 作图群体构建及基因组DNA提取 |
| 3.3.2 全基因组重测序 |
| 3.3.3 SNP检测和基因分型 |
| 3.3.4 遗传图谱构建 |
| 3.3.4.1 JoinMap4.1 软件分群及图谱构建 |
| 3.3.4.2 LepMap3 软件分群及图谱构建 |
| 3.3.5 重瓣性状定位 |
| 4 讨论 |
| 4.1 遗传图谱构建 |
| 4.2 差异基因筛选 |
| 4.3 分子标记检测 |
| 5 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录 Ⅰ群体Clean Data及比对结果统计表 |
| 附录 Ⅱ单重瓣CDS及启动子差异基因注释信息 |
| 附录 Ⅲ差异基因筛选引物序列 |
| 附录 Ⅳ特异标记引物序列 |
| 致谢 |
（10）沙地云杉及其近缘种的生态位分化与群体遗传学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 1 引言 |
| 1.1 云杉属的分类简史 |
| 1.2 云杉属的系统发育 |
| 1.3 植物群体遗传学研究 |
| 1.3.1 群体遗传学的研究内容 |
| 1.3.2 群体遗传学的研究方法 |
| 1.3.3 云杉属的群体遗传学研究进展 |
| 1.4 简化基因组技术的研究 |
| 1.4.1 简化基因组测序技术简介 |
| 1.4.2 简化基因组(GBS)在群体遗传学中的应用 |
| 1.5 生态位模拟 |
| 1.6 沙地云杉与近缘种的研究现状 |
| 1.6.1 沙地云杉的形态特征和地理分布 |
| 1.6.2 白扦的形态特征和地理分布 |
| 1.6.3 红皮云杉的形态特征和地理分布 |
| 1.6.4 沙地云杉分类地位的争议 |
| 1.6.5 沙地云杉林的生态条件 |
| 1.7 研究目的与内容 |
| 1.7.1 研究目的与意义 |
| 1.7.2 研究内容 |
| 1.8 技术路线 |
| 2 沙地云杉及近缘种的生态位分化 |
| 2.1 群体调查和试验材料 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 生物气候变量筛选 |
| 2.2.2 生态位差异量化分析 |
| 2.2.3 3种云杉潜在分布区的生态位模拟 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 3种云杉的生态位分化 |
| 2.3.2 3种云杉潜在分布区的生态位模拟 |
| 2.4 小结 |
| 3 沙地云杉及近缘种的表型分化 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 数量性状测定 |
| 3.2.2 针叶解剖结构观察 |
| 3.2.3 数据分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 3种云杉针叶解剖结构特征 |
| 3.3.2 3种云杉数量性状的变异特征 |
| 3.3.3 3种云杉数量性状的多样性指数 |
| 3.3.4 3种云杉数量性状群体间的分化 |
| 3.3.5 3种云杉数量性状与生物气候变量的相关分析 |
| 3.3.6 3种云杉数量性状的主成分分析 |
| 3.3.7 3种云杉数量性状聚类分析 |
| 3.3.8 3种云杉的表型差异性分析 |
| 3.4 小结 |
| 4 沙地云杉及近缘种的遗传分化 |
| 4.1 试验材料和采样 |
| 4.2 实验试剂和仪器 |
| 4.2.1 试剂药品 |
| 4.2.2 仪器设备 |
| 4.3 试验方法 |
| 4.3.1 基因组DNA的提取 |
| 4.3.2 酶切方案设计 |
| 4.3.3 文库构建及GBS测序 |
| 4.3.4 下机数据质控和过滤 |
| 4.3.5 基因组比对和SNP检测 |
| 4.3.6 群体遗传多样性和遗传分化 |
| 4.3.7 种群历史动态 |
| 4.3.8 表型性状与SNP标记的关联分析 |
| 4.4 结果与分析 |
| 4.4.1 建库评估 |
| 4.4.2 测序数据统计与评估 |
| 4.4.3 SNP检测与注释 |
| 4.4.4 3种云杉群体遗传多样性 |
| 4.4.5 3种云杉群体遗传分化 |
| 4.4.6 3种云杉群体结构分析 |
| 4.4.7 3种云杉的有效群体大小分析 |
| 4.4.8 表型性状与SNP标记的关联分析 |
| 4.5 小结 |
| 5 讨论 |
| 5.1 3种云杉生态位分化和生态位模拟 |
| 5.2 沙地云杉及近缘种的表型分化 |
| 5.2.1 3种云杉针叶解剖结构特征 |
| 5.2.2 3种云杉数量性状的变异特征 |
| 5.2.3 3种云杉数量性状与生物气候变量的相关分析 |
| 5.2.4 基于数量性状3种云杉的分类 |
| 5.3 沙地云杉及近缘种的遗传分化 |
| 5.3.1 GBS技术在3种云杉群体遗传学研究中的有效性及可行性 |
| 5.3.2 3种云杉群体遗传多样性 |
| 5.3.3 3种云杉遗传分化和种间关系 |
| 5.3.4 3种云杉的种群历史动态 |
| 5.3.5 表型性状与SNP标记的关联分析 |
| 5.4 沙地云杉分类地位探讨 |
| 5.5 沙地云杉的保护策略 |
| 6 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 展望 |
| 6.3 创新点 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
四、植物遗传标记的发展及应用（论文参考文献）
- [1]臭柏叶绿体基因组、群体遗传多样性及谱系地理学研究[D]. 路东晔. 内蒙古农业大学, 2020(06)
- [2]松嫩平原羊草叶色渐变群遗传多样性及其分化机制研究[D]. 郭健. 东北师范大学, 2020(04)
- [3]基于DNA分析的东北虎扩散状况、近交以及肠道菌群的研究[D]. 宁瑶. 东北林业大学, 2020(09)
- [4]侧柏育种群体种质资源遗传分析与管理利用策略[D]. 金雨晴. 北京林业大学, 2020(01)
- [5]基于简化基因组测序辽宁爪鲵（Onychodactylus zhaoermii）群体遗传学研究[D]. 张秀惠. 沈阳师范大学, 2020(12)
- [6]四倍体马铃薯高密度分子遗传连锁图谱构建及淀粉含量等重要性状的QTL定位[D]. 张明飞. 内蒙古农业大学, 2020
- [7]两种施氮条件下大豆重要农艺及品质性状的QTL分析[D]. 苏代群. 东北农业大学, 2020(04)
- [8]老芒麦高密度遗传图谱构建及落粒相关基因QTL定位[D]. 张宗瑜. 兰州大学, 2020
- [9]矮牵牛遗传图谱构建及重瓣分子标记筛选[D]. 阮莹. 华中农业大学, 2019(02)
- [10]沙地云杉及其近缘种的生态位分化与群体遗传学研究[D]. 段国珍. 内蒙古农业大学, 2019(08)