一、金线鲃属两个同域种的mtDNA序列变异（论文文献综述）
赵阳[1]（2021）在《中国濒危洞穴鱼小眼金线鲃（Sinocyclocheilus microphthalmus）的种群多样性和保护》文中研究表明中国是世界上洞穴鱼类物种多样性最为丰富的国家,其中金线鲃属（Sinocyclocheilus）是中国特有属,属内所有物种都具有洞穴生活的习性。洞穴鱼类相比于地表种出现了明显的形态差异,以往对于洞穴鱼类的研究多集中在种上水平,针对同种鱼类不同种群间的关注较少。本研究以金线鲃属典型洞穴鱼类小眼金线鲃（Sinocyclocheilus microphthalmus）7个地理种群103个个体为研究对象,通过形态学和种群遗传学的研究方法,探究不同种群间形态差异和遗传多样性,并根据研究结果评估小眼金线鲃的濒危程度,为种群的保护提供参考和建议。形态学研究方面,本研究主要通过传统形态测量法和框架测量法相结合的方法对小眼金线鲃不同种群的形态进行测量,同时利用聚类分析、主成分分析、判别分析以及单因素方差分析等方法研究形态特征在不同种群间的异同以及环境对形态的影响。种群遗传研究主要基于全基因组的单核苷酸多态性数据和线粒体中的13个蛋白编码基因联合序列,构建小眼金线鲃种群间的系统发生关系,探讨种群间的遗传多样性、分化程度和进化关系。保护生物学方面通过整理实地考察过程中收集相关的生存环境信息,以IUCN红色名录评估体系为基础重新进行物种濒危程度评估,根据评估内容和结果提出保护对策。针对江洲种群（JQP）、甲篆种群（JZP）、金牙种群（JYP）、福源种群（FYP）和泗城种群（SCP）5个种群的形态学差异研究发现:JQP明显区别于JZP、JYP、FYP和SCP,JQP的臀鳍基部起点紧邻肛门,其余4个种群的臀鳍基部起点至肛门均分开一短距,约为腹鳍起点至臀鳍起点的1/8。形态学分析结果显示5个种群根据形态可分为2个类群:JZP和JQP的形态较相似,其余JYP、FYP和SCP 3个种群的形态较相似。JZP和JQP的体高、头长以及眼球直径3项比例性状显着大于JYP、FYP和SCP 3个种群（P<0.001）,结合生境,JZP栖息的洞穴食物来源充足,同时有光线射入,而另外3个种群的生境与之相反,说明生态环境对物种形态分化起到一定的推动作用。每个类群内部的种群间形态相似,表明相似的环境可能导致不同种群间形态产生相近的适应性特征。针对逻楼种群（LLP）、三门海种群（SMHP）、JZP、JYP、FYP和SCP 6个种群的分子系统学研究发现:小眼金线鲃在物种水平和种群水平的遗传多样性均较低,表明小眼金线鲃对环境变化的适应能力较弱。小眼金线鲃6个种群间的遗传距离为0.00137-0.00448,其中JYP和JZP的遗传距离最大,表明两个种群的亲缘关系最远。种群间的分化系数表明,仅JYP和SMHP间为中等分化,其余种群间为高度分化,基因流的数据也证实了这一结论,造成这样的原因可能是洞穴生活习性、扩散能力弱和长期的地理隔离,导致缺乏基因交流的机会。小眼金线鲃种群间的分化开始于中更新世,JZP种群于距今约0.46 Mya最先分化出来,然后距今0.33 Mya前又分化出两大分支,其中一个分支于距今0.26 Mya前分化形成LLP和SCP,另一个分支于距今约0.24 Mya分化形成JYP,约于0.07 Mya分化形成FYP和SMHP。6个种群间的分化可能是由于地质抬升、气候变化等导致的洞穴/地下水体的长期隔离,种群间的基因交流受到限制,促使种群按照各自不同的方向演化。中性检验和误配分析的结果表明6个种群在历史上一直处于稳定状态,并未发生过明显的种群扩张。小眼金线鲃濒危等级重新评估的结果表明,小眼金线鲃的受危等级为濒危（EN）。主要面临的威胁来自旅游开发、地下河取水以及人类捕捞,建议通过建立自然保护区、治理污染、科学管理洞穴旅游以及加强执法力度等措施尽快对小眼金线鲃实施保护。
赵海涛[2]（2016）在《野鲮亚科一新属一新种的建立及其群体遗传学研究》文中研究表明生物多样性是维持地球生态系统稳定和持续生产的物质基础,在生命科学研究领域是最基础的。生物多样性的研究包括遗传多样性、物种多样性、生态系统多样性和景观多样性4个层次。长江流域中纯淡水鱼类达到了338种,受胁物种达到了全国鱼类受胁物种比例的1/4以上,甚至有些鱼类还没有被发现就已经灭绝。一个物种就是一份宝贵的财富,为了相关学科发展和生物资源持续开发利用,首先要了解物种的分类地位、形态、分布、数量、生物学、生态学及其遗传多样性特点,获得系统、深入的基础资料。2013年,我们在长江上游支流乌江和赤水河野外调查时,发现了野鲮亚科的一个新物种,其分类特征不能归入现有野鲮亚科任何属,因此我们以条纹异黔鲮（Paraqianlabeo lineatus Zhang,Peng et Zhao,sp.nov）为模式物种,建立了野鲮亚科的一个新属—异黔鲮属（Paraqianlabeo Zhang,Peng et Zhao,gen.nov）。据此,采用形态学、分子生物学等实验手段,围绕新属及其模式种进行了以下4个方面的研究工作:1.异黔鲮属的建立及其鉴别特征该新属的鉴别特征如下:吻皮较短,吻皮不能完全覆盖上唇和上颌,吻皮边缘不呈流苏状,边缘仅有极小的乳突;上唇发达,裸露在外;下唇分为三叶,中间叶发达,下唇中叶乳突较发达,形成吸盘雏形。口下位,唇后沟较短,有明显的颏沟。下咽齿三行。身体有明显的黑色纵条纹。该新属所具有的形态特征可以与野鲮亚科其它已知属相区别。基于线粒体COI基因的DNA条形码分析结果显示,乌江上游的香树湾（XS）、赤水河支流的代家沟（DJ）和赤水河上游的菁门（JM）三个地理种群形成单系与野鲮亚科其它属明显分开,新属与泉水鱼属的遗传距离最小（6.9%）。传统分类性状和DNA条形码技术分析均支持该新属的有效性。2.基于线粒体cytb基因的条纹异黔鲮遗传多样性和种群结构分析开展条纹异黔鲮遗传多样性和种群结构研究将为其遗传资源的保护利用提供科学根据。我们采用了cytb对三个种群的遗传多样性和种群遗传结构进行了研究。152个条纹异黔鲮个体的cytb基因序列鉴定出了22个单倍型。三个种群的平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性分别为（h=0.7530;π=0.0071）。菁门种群具有最低的单倍型多样性（h=0.113）,香树湾种群具有最低的核苷酸多样性（π=0.0001）,菁门种群和香树湾种群的单倍型多样性和核苷酸多样性（0.000,0.113;0.000,0.122）都极为匮乏;代家沟种群的单倍型多样性和核苷酸多样性（h=0.496,π=0.0012）是最高的。采用kimura双参数模型（k2p）计算条纹异黔鲮三个种群的遗传距离,总的平均遗传距离为0.007;三个种群间的遗传距离在0.005-0.015之间,种群内平均遗传距离最大的是代家沟种群（0.001）,最小的是菁门和香树湾种群（0.000）;种群间的遗传距离明显大于种群内的遗传距离。对所有单倍型构建的系统发育树显示,赤水河上游的代家沟种群和菁门种群具有更近的亲缘关系,然后再与乌江上游支流的香树湾种群构成姐妹群关系。分子变异方差分析（amova）表明,遗传差异主要发生在种群间（95.73%）,少部分发生在种群内（4.27%）。种群间的遗传分化指数（fst）显示,三个种群间的遗传分化水平在0.869-0.988之间,且差异极显着（p<0.001）,显示三个种群具有非常明显的种群结构。基因流估算显示,三个种群间的基因流在0.006-0.076之间,显着小于1,表明条纹异黔鲮各种群间的基因交流受到了明显限制。种群间的遗传距离明显大于种群内部的遗传距离,这些都表明条纹异黔鲮三个种群间具有非常高的遗传分化水平和明显的地理结构,其种群间已发生隔离。错配分布分析、tajima’sd检验和fu’sfs检验表明,条纹异黔鲮在整体水平上没有经历过瓶颈效应,但代家沟种群发生过种群扩张现象。基因的高度同质性和bsp（bayesianskylineplots）分析显示的种群规模变化都显示菁门种群和香树湾种群在近期没有种群扩张现象。通过贝叶斯聚类分析和分子钟估算分析可以看出,三个种群各自聚在一起,香树湾种群单独聚为一支,菁门和代家沟种群聚为一支。乌江支流（香树湾种群）和赤水河支流（代家沟和菁门种群）发生分化的时间在3.61百万年前,代家沟和菁门种群发生分化的时间在3.25百万年前。香树湾种群由于和另外两个种群有较大的遗传距离、较高的遗传分化系数、最小的基因流和较早的分化年代,其差异达到了亚种甚至是种的水平。3.基于微卫星分子标记的条纹异黔鲮遗传多样性和种群结构分析采用新一代“miseq”测序技术获得了大量的条纹异黔鲮微卫星序列,从中筛选了多态性微卫星分子标记21对。选用了其中10个多态性较好的微卫星位点,采用双重pcr技术进行荧光分型检测,对条纹异黔鲮3个种群的遗传多样性进行了评估,并对种群结构进行了分析。结果表明,3个种群的平均等位基因数的变化范围在5.8-10.8,代家沟种群的等位基因数最多,香树湾种群的等位基因数最少。3个种群中,遗传多样性指数（平均等位基因数、平均等位基因丰富度、平均观测杂合度、平均期望杂合度和多态信息含量）最大的是代家沟种群,最低的是香树湾种群。amova分析结果显示,条纹异黔鲮种群间的遗传变异大,占总变异量的66.63%,种群内的遗传变异占33.37%,条纹异黔鲮的遗传变异主要还是来源于种群间。三个种群在10个微卫星位点的基因流基本小于1,平均基因流水平也仅为0.6071。根据nei’s无偏估计获得的3个种群的遗传距离,香树湾与代家沟种群的遗传距离最大（2.8180）,最小的为代家沟与菁门种群为1.2769。基于微卫星数据,在混合模型下运用structure软件对3个种群进行种群结构的贝叶斯聚类分析,根据所得lnp（d）平均数进行分配测试和Δk检验,结果显示,当k=3时,lnp（d）达到最大,表明条纹异黔鲮应该分为三个不同的谱系。结合cytb的数据分析结果,三个种群需要作为不同的遗传管理单元进行保护。根据三个种群各自的遗传多样性水平、种群间的遗传距离、遗传分化系数、基因流及生境状况,三地的条纹异黔鲮保护顺序是香树湾种群>菁门种群>代家沟种群。4.条纹异黔鲮香树湾种群部分个体口唇结构变化研究乌江上游香树湾条纹异黔鲮种群中极少量个体的口唇结构和典型的条纹异黔鲮明显不同,表现为:（1）吻皮较长,完全覆盖上唇和上颌（vs.吻皮短,不完全覆盖上唇和上颌）;（2）吻皮边缘呈流苏状（vs.不呈流苏状）;（3）上唇退化或消失（vs.上唇存在且发达）;（4）下唇中叶前缘和两侧显着隆起（vs.下唇中叶前缘和两侧轻微隆起）;（5）下唇中叶乳突发达（vs.下唇中叶乳突不发达）。这种口唇结构的改变是同一种群内部的畸形、年龄、性别或不同倍型造成的,还是地理种群间出现了明显的分化?围绕这个问题我们开展了3个方面的研究并得出结果如下:（1）通过年龄和性别分组比较可以看出,香树湾种群口唇结构的变化和年龄、性别无直接关系;（2）核型和dna含量测定结果显示香树湾种群没有出现染色体倍性变化;（3）香树湾种群与代家沟、菁门种群间的dna条形码的遗传距离为1.5%,接近鱼类常用的种间遗传距离大于等于2%分类临界值。再综合考虑以下两点:a.线粒体cytb和微卫星检测结果表明香树湾种群和另外两个种群间的遗传距离和遗传分化系数较大,种群间基本没有基因交流,具有强烈的种群结构;b.口唇形态结构是重要的具有稳定性的野鲮亚科分类性状,具有分类学上的鉴定意义。故香树湾条纹异黔鲮种群已具备了新物种的部分特征或具备形成新物种的潜力,若单纯考虑物种的形态学标准,此一支或应描述为一个新物种;若结合遗传学物种的概念,该类群或应为一个正在形成中的种或亚种。通过以上研究,得到如下结论:1.基于性状特征的传统形态学分类方法和基于dna条形码技术的现代物种研究手段均支持异黔鲮属的有效性。2.基于线粒体cytb和微卫星的结果均显示,香树湾和菁门种群的遗传多样性水平较低,三个种群显示出明显的种群遗传结构,香树湾种群分化时间更早。3.DNA条形码、cytb和微卫星结果显示香树湾种群（口唇结构有较大变异的一支）与另外两个种群间的遗传分化较大,且少量个体已经在分类性状上出现差异,该种群应是异黔鲮属一个正在形成中的物种。
黄昊[3]（2011）在《小黄鱼五个地理群体形态变异和遗传多样性研究》文中研究指明小黄鱼（Larimichthys polyactis）是中国沿海重要的经济鱼类,但由于过度捕捞和环境恶化等因素的影响,其产量逐年减少；虽自上世纪80年代实施伏季休渔制度以来,小黄鱼资源量有一定程度回升,但仍未恢复至良好状态。本文以采自中国沿海的五个小黄鱼地理群体一一福建沙埕（Sha Cheng,SC）群体、浙江台州群体(Tai Zhou,TZ、江苏连云港群体（Lian Yun Gang,LYG）、山东烟台群体（Yan Tai,YT）以及辽宁东港群体（Dong Gang,DG）为研究对象,基于形态框架数据、线粒体细胞色素b基因（Cytochrome b,Cytb）全序列和控制区（D-loop）全序列,对其群体形态变异和遗传多样性进行研究,以期为小黄鱼种质资源有效管理和可持续开发利用提供基础理论依据。主要研究结果如下：一、测量小黄鱼五个地理群体共186个个体的形态框架性状,每个个体测量其体长及18个框架数据,经去除极值后,取185个有效个体框架数据进行形态变异分析。聚类和判别分析的结果表明：SC、YT、DG和TZ群体依次聚类在一起,最后和连云港群体（LYG）相聚。判别分析结果显示群体综合判别准确率达98.9%。二、测定小黄鱼五个地理群体共114个个体的线粒体细胞色素b （Cytb）基因全序列（全长1141bp,均无插入/缺失）,共检测到94个单倍型,祖先单倍型为hap39,单倍型多样性指数（Hd=0.992）和核苷酸多样性指数（π=0.45%）表明小黄鱼5个地理群体具有较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性。利用K-2-P模型（Kimura-2-parameter）计算的小黄鱼五个地理群体内与群体间的遗传距离分别为0.375%～0.574%和0.386%～0.540%,表明群体内与群体间差异很小；利用单倍型构建的邻接树（Neighbor-joining tree）和单倍型网络图（network）表明五个群体间的个体分布无明显的聚集性；五个群体间遗传分化指数（Fst）在0.00019～0.02474之间,表明小黄鱼地理群体间遗传分化均很小；分子方差分析（AMOVA）的结果显示,群体间遗传差异不显着,群体的变异主要集中在群体内部。Tajima’D和Fu’s Fs的中性检验表明五个地理群体均显着偏离中性,提示可能经历过群体扩张或瓶颈。三、测定小黄鱼五个地理群体共115个个体线粒体控制区（D-loop）全序列（全长796～798bp,其中DG群体有2个碱基插入/缺失,TZ群体有1个碱基的插入/缺失）,共定义单倍型107个,主体单倍型为H33；单倍型多样性指数（Hd=0.998）和核苷酸多样性指数（π=1.075%）显示小黄鱼五个地理群体具有较高的单倍型多样性和偏低的核苷酸多样性；利用K-2-P模型（Kimura-2-parameter）计算的小黄鱼五个地理群体内与群体间的遗传距离分别为0.927%-1.359%和0.993%-1.227%,表明群体内与群体间差异均很小；利用单倍型构建的邻接树（Neighbor-joining tree）和单倍型网络图（network）表明五个群体间的个体分布无规律性；五个群体间遗传分化指数（Fst）在0.001～0.017之间,表明小黄鱼地理群体间遗传分化很小；分子方差分析（AMOVA）的结果显示,群体间遗传差异不显着,群体的变异主要集中在群体内部。中性检验表明五个地理群体显着偏离中性,提示可能经历过种群扩张或瓶颈。
陈红菊[4]（2008）在《泰山赤鳞鱼BMP11基因表达规律及分子进化研究》文中认为泰山赤鳞鱼（Varicorhinus sp.）,是泰山的一种珍贵野生鱼种,肉质分析结果显示泰山赤鳞鱼具有极高的营养价值和特殊的药用价值。为保护这一珍贵的野生鱼种,改良其种质资源,增加其产量,本文首先对泰山赤鳞鱼卵胚胎发育进程和特征进行了观察研究,结果发现泰山赤鳞鱼卵为沉性卵,稍呈粘性,呈橙黄色或淡黄色,未吸水的卵直径为1.65 mm～1.82 mm,吸水后卵径最大达2.38 mm～2.45 mm。在水温22.5℃～24.5℃的条件下,泰山赤鳞鱼卵历时46 h 50 min完成整个胚胎发育过程,经过了胚盘形成期、卵裂期、囊胚期、原肠期、神经胚期、器官形成期、孵化期7个主要阶段。初孵仔鱼全长6 mm～6.5 mm,肌节数为46～48,具心跳、血液循环、无色素。在此基础上克隆了泰山赤鳞鱼BMP11的cDNA序列,并研究了此基因在不同胚胎发育时期及不同组织中的表达状况。从泰山赤鳞鱼的cDNA中扩增出一条643bp的条带,与斑马鱼的BMP11序列同源性高达92.34%,证明了此基因在不同物种间有高度的保守性。选择了11个不同的胚胎发育时期研究BMP11基因的表达规律,结果表明:BMP11基因在原肠晚期开始表达,虽然表达量并不恒定,但是在整个胚胎发育期都有表达,证明这是一个胚胎发育的重要基因。另外,检测BMP11基因在三个年龄的鱼（1龄,2龄,5龄）不同组织中的表达规律。研究表明:不同的年龄阶段表达存在差异,但还存在一些共同的规律:在肌肉、鳃、卵巢、脑中表达量均较高;在脾脏、肾脏、肠中都比较低。为了确定泰山赤鳞鱼的分类地位,并研究泰山赤鳞鱼与本亚科其他鱼类的进化关系,本文克隆了cytb和D-loop全序列。结果表明cytb全序列为1140bp,没有插入和缺失,其中单态位点828个,多态位点312个,占整个序列的27.37%。碱基含量平均为T 27.3%、C 29.1%、A 29.1%、G 14.5%,T+A（56.4%）明显高于G+C（43.6%）。转换明显多于颠换Ts/Tv=4.6。基于cytb序列的聚类结果表明:四种聚类树上都可明显看出泰山赤鳞鱼和多鳞铲颌鱼聚在一起,二者为同种鱼。从聚类树还可看出所研究的鲃亚科鱼类共聚为5大支系,分别属于鲃亚科的五个属:突吻鱼属、光唇鱼属、倒刺鲃属、四须鲃属和金线鲃属。在突吻鱼属内泰山赤鳞鱼和多鳞铲颌鱼先聚在一起,然后和白甲鱼聚类,二者关系很近,远远没有达到亚属的分化水平。厚唇鱼和细身光唇鱼个体之间分别聚类后又聚在一起,明显属于同属鱼类;刺鲃和倒刺鲃也是分别聚类后又聚在一起,同属于倒刺鲃属的不同亚属;金线鲃属两个种聚在一起;宽头四须鲃单独为一类,这与5属鱼类的地理分布大致吻合。泰山赤鳞鱼与鲃亚科其他属的亲缘关系为:泰山赤鳞鱼与光唇鱼属的关系最近,其次是倒刺鲃属,与四须鲃属和金线鲃属的关系都较远。基于本文的研究结果,根据分子钟推断了泰山赤鳞鱼与鲃亚科其他鱼类的分化时间。金线鲃属和泰山赤鳞鱼关系最远（15.2%～16.5%）,分化时间大约是三千二百万年前;其次是四须鲃属（ 14.2%～15.0 %）,分化时间大约在二千九百万年前;与倒刺鲃属的分化（ 13.0%～14.6% ）大约在二千八百万年前;光唇鱼属和泰山赤鳞鱼关系最近（10.7%～13.8%）,分化时间大约在二千四百万年前。D-loop全序列约1024bp,在序列中有一个微卫星存在,因此个体间多态性主要是微卫星核心序列重复数不同造成的。变异位点11个,占整个序列的1.74%。碱基含量平均为T 32.4%、C 20.8%、A 33.6%、G 13.3%。转换稍高于颠换Ts/Tv=1.5。根据D-loop全序列分析了泰山赤鳞鱼和多鳞铲颌鱼个体之间的遗传距离为0%～0.5%,与泰山赤鳞鱼（0.1%～0.6%）和多鳞铲颌鱼（0%～0.5%）个体之间的距离几乎一样。而与作为外群的鲮鱼之间的距离分别为:20.3%～20.8%和20.2%～20.5%,也基本上是一样的。从四种聚类图上均可看出,泰山赤鳞鱼和多鳞铲颌鱼聚在一起,两类群之间没有任何分别。本文还利用5对多态性很好的微卫星引物进行扩增,然后进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,利用软件分析了两个群体的基因频率、哈代-温伯格平衡、遗传距离和遗传相似性,发现泰山赤鳞鱼和多鳞铲颌鱼的多态性很差,都是非常纯合的群体。两个群体遗传距离非常小,为0.0113,而遗传相似性高达0.9887。因此,无论从核外mtDNA cytb、D-loop全序列分析,还是从核内DNA微卫星标记分析均可看出泰山赤鳞鱼和多鳞铲颌鱼聚在一起,二者没有分别。
李堃[5]（2006）在《云南高原湖泊特有鱼类的生物学与遗传多样性研究》文中研究指明本实验以云南高原湖泊特有鱼类云南倒刺鲃（Spinibarbus yunnanensis）和抚仙金线鲃（Sinocyclocheilus tingi）作为研究对象,研究了抚仙湖云南倒刺鲃和抚仙金线鲃的年龄、生长、繁殖特征;用PCR产物直接测序法测定了抚仙金线鲃三个群体共33个个体的线粒体D-loop区部分片段的序列,结合冯建国（2002）提供的滇池金线鲃（Sinocyclocheilus grahami）七个群体共175个个体的D-loop区部分序列进行分析,探讨了抚仙金线鲃的遗传多样性;根据七个云南高原湖泊近年渔获物的变化情况,探讨了云南土着鱼类的变化特征和濒危的原因。实验的结果和结论如下:1.云南倒刺鲃的年龄可以通过鳞片、耳石、背鳍条上的年轮特征来鉴定。年轮每年形成一次,主要形成时间是10月至次年的3月份。2-3龄云南倒刺鲃在鳞片和背鳍条磨片上较规律地出现副轮的现象可能与其食性的转换有关。全长-体重关系为W=9×10-6TL3.0424 ,其Von Bertalanffy生长方程: Lt =950.573[1-e-0.105（t+0.218）],Wt=10352.83[1-e-0.105（t+0.218）] 3.0424。与倒刺鲃属其他鱼类比较,云南倒刺鲃生长速度更为缓慢,反映了抚仙湖营养贫乏的环境条件特征。2.抚仙金线鲃的年龄可通过鳞片、背鳍条上的年轮特征来鉴定,但6龄以上个体年龄不适合用鳞片来判断。年轮每年形成一次,主要形成时间是3-5月份。全长-体重关系: W=2×10-6TL3.3257。其Von Bertalanffy生长方程:Lt=352.383[1-e-0.094（t+0.886）],Wt=591.07[1-e-0.094（t+0.886）] 3.3257。3.云南倒刺鲃的繁殖季节为每年的5-8月份,6-7月为繁殖盛期。性成熟群体的性体指数一年只有一个峰值,出现在5-7月。产卵类型为分批同步型。其卵巢一年成熟一次。绝对繁殖力1909-13834粒,相对繁殖力为3-29粒/g。雄性初次性成熟全长238 mm,相应年龄为3龄,雌性初次性成熟全长317 mm,相应年龄为4龄。4.抚仙金线鲃的繁殖时间为11月至次年4月,12-2月为繁殖盛期。性成熟群体的性体指数一年只有一个峰值,出现在11-12月。产卵类型为一次产卵类型。其卵巢一年成熟一次。抚仙金线鲃的平均绝对繁殖力为3087,平均相对繁殖力为68粒/g。雄性初次性成熟全长103 mm,相应年龄为3龄,雌性初次性成熟全长126 mm,相应年龄为4龄。
李维贤,李梅章,昝瑞光[6]（2004）在《金线鲃属两个同域种的mtDNA序列变异》文中提出
二、金线鲃属两个同域种的mtDNA序列变异（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、金线鲃属两个同域种的mtDNA序列变异（论文提纲范文）
（1）中国濒危洞穴鱼小眼金线鲃（Sinocyclocheilus microphthalmus）的种群多样性和保护（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 洞穴鱼类研究现状与发展 |
| 1.1.1 洞穴的概念及特征 |
| 1.1.2 洞穴鱼类的概念及特征 |
| 1.1.3 中国洞穴鱼类现状 |
| 1.2 小眼金线鲃及其研究简史 |
| 1.2.1 小眼金线鲃 |
| 1.2.2 小眼金线鲃的研究简史 |
| 1.3 方法论 |
| 1.3.1 形态测量学 |
| 1.3.2 种群基因组学 |
| 1.4 洞穴鱼类的保护 |
| 1.4.1 中国洞穴鱼类面临的威胁 |
| 1.4.2 中国洞穴鱼类保护现状 |
| 1.4.3 小眼金线鲃的保护现状 |
| 1.5 研究内容、目的及意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 野外工作 |
| 2.2 形态学材料与方法 |
| 2.2.1 形态学材料 |
| 2.2.2 形态学实验方法 |
| 2.3 分子系统学材料与方法 |
| 2.3.1 基因组学材料 |
| 2.3.2 基于全基因组的实验方法 |
| 2.3.3 基于线粒体基因组的实验方法 |
| 2.4 物种威胁因子评估材料与方法 |
| 2.4.1 物种威胁因子评估材料 |
| 2.4.2 物种威胁因子评估方法 |
| 2.5 濒危等级评估材料与方法 |
| 2.5.1 濒危等级评估材料 |
| 2.5.2 濒危等级评估方法 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 小眼金线鲃分布 |
| 3.2 小眼金线鲃种群的形态学差异 |
| 3.2.0 形态多样性 |
| 3.2.1 聚类分析 |
| 3.2.2 主成分分析 |
| 3.2.3 判别分析 |
| 3.2.4 单因素方差分析 |
| 3.3 小眼金线鲃种群全基因重测序结果 |
| 3.3.1 种群遗传学结果 |
| 3.4 小眼金线鲃种群线粒体全基因组结果 |
| 3.4.1 小眼金线鲃种群线粒体全基因组结构 |
| 3.4.2 小眼金线鲃基于线粒体基因组的遗传多样性 |
| 3.5 威胁因子分析 |
| 3.6 物种濒危等级评估 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 小眼金线鲃种群的形态学差异 |
| 4.2 小眼金线鲃的种群遗传多样性 |
| 4.3 种群分化研究 |
| 4.4 小眼金线鲃的保护 |
| 4.4.1 威胁因素分析 |
| 4.4.2 保护对策和建议 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简介及攻读学位期间取得的研究成果 |
（2）野鲮亚科一新属一新种的建立及其群体遗传学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 物种的概念 |
| 1.2 淡水鱼类物种形成方式 |
| 1.3 DNA条形码在物种鉴定中的作用 |
| 1.4 野鲮亚科鱼类口唇结构及研究 |
| 1.5 研究目的及意义 |
| 第2章 异黔鲮属(Paraqianlabeo)的建立 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 标本采集 |
| 2.1.2 形态学研究 |
| 2.1.3 DNA条形码研究 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 形态描述 |
| 2.2.2 DNA条形码分子鉴定结果 |
| 2.3 结论 |
| 2.4 查看和检视的标本 |
| 第3章 基于线粒体cytb基因的条纹异黔鲮遗传多样性和种群结构分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 标本采集 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.2 数据分析 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 序列多态性 |
| 3.3.2 遗传多样性 |
| 3.3.3 系统发育分析 |
| 3.3.4 种群结构和基因流 |
| 3.3.5 种群动态分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 遗传多样性 |
| 3.4.2 种群结构 |
| 3.4.3 种群动态 |
| 3.4.4 三地条纹异黔鲮的保护顺序 |
| 第4章 基于微卫星分子标记的条纹异黔鲮遗传多样性和种群结构分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.2 数据分析 |
| 4.2.1“MiSeq”测序结果分析及微卫星序列筛选 |
| 4.2.2 多态性微卫星位点分析 |
| 4.2.3 条纹异黔鲮种群的微卫星多样性分析 |
| 4.2.4 种群遗传结构分析 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 条纹异黔鲮基因组DNA的提取质量 |
| 4.3.2“MiSeq”测序结果统计 |
| 4.3.3 微卫星序列筛选结果 |
| 4.3.4 条纹异黔鲮多态性微卫星分子标记的开发 |
| 4.3.5 基于微卫星分子标记的条纹异黔鲮遗传多样性 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 新一代“MiSeq”测序技术与微卫星分子标记的开发 |
| 4.4.2 条纹异黔鲮遗传多样性水平 |
| 4.4.3 条纹异黔鲮的种群结构 |
| 第5章 香树湾种群口唇结构变化的相关研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 实验方法 |
| 5.2 数据分析 |
| 5.2.1 年龄与性别 |
| 5.2.2 染色体核型与DNA含量 |
| 5.2.3 DNA条形码 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 年龄与性别 |
| 5.3.2 染色体核型与DNA含量 |
| 5.3.3 DNA条形码 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 香树湾种群口唇结构变化与年龄、性别之间的关系 |
| 5.4.2 香树湾种群染色体核型与DNA含量 |
| 5.4.3 香树湾种群的分类地位 |
| 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在校期间科研实践情况 |
| 已发表文章目录 |
| 待发表文章目录 |
| 参加项目研究 |
| 参加学术活动 |
（3）小黄鱼五个地理群体形态变异和遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 目录 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1 小黄鱼生物学研究进展 |
| 1.1 大、小黄鱼的种群鉴别 |
| 1.2 种群划分 |
| 1.3 摄食习性 |
| 1.4 生长结构 |
| 1.5 资源分布 |
| 1.6 生殖洄游 |
| 1.7 小结 |
| 2 形态标记与线粒体分子标记在鱼类种群遗传学的应用 |
| 2.1 鱼类形态框架系统及多元统计分析方法 |
| 2.2 鱼类线粒体结构及应用 |
| 第二章 小黄鱼五个地理群体的形态变异研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样本收集 |
| 2 数据收集与分析 |
| 2.1 形态数据收集 |
| 2.2 框架数据分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 聚类分析 |
| 3.2 判别分析 |
| 4 讨论 |
| 第三章 基于线粒体细胞色素b(Cytb)基因的小黄鱼五个地理群体遗传多样性研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样本采集 |
| 1.2 DNA提取、PCR扩增和测序 |
| 2 数据分析 |
| 2.1 群体遗传多样性 |
| 2.2 群体遗传分化与动态分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 群体遗传多样性分析 |
| 3.2 群体遗传分化与动态分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 群体遗传多样性 |
| 4.2 群体遗传分化与动态 |
| 4.3 遗传资源保护 |
| 第四章 基于线粒体控制区(D-loop)全序列的小黄鱼五个地理群体遗传多样性研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样本采集 |
| 1.2 DNA提取、PCR扩增和测序 |
| 2 数据分析 |
| 2.1 群体遗传多样性 |
| 2.2 群体遗传分化与动态分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 群体遗传多样性分析 |
| 3.2 群体遗传分化与动态分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 群体遗传多样性 |
| 4.2 群体遗传分化与动态 |
| 4.3 遗传资源保护 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| Ⅰ 小黄鱼群体线粒体Cytb和D-loop部分测序图 |
| Ⅱ 小黄鱼群体线粒体Cytb和D-loop单倍型变异位点分布 |
| Ⅲ 小黄鱼Cytb和D-loop单倍型频率及Genbank登录号 |
| Ⅳ 基于K-2-P距离构建的NJ树 |
| Ⅴ 硕士期间野外采样与学术交流 |
| 硕士期间参与的科研项目及发表论文 |
| 致谢 |
（4）泰山赤鳞鱼BMP11基因表达规律及分子进化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 骨形态发生蛋白11 基因（BMP11）的研究现状 |
| 1.1 BMP11 的克隆与结构 |
| 1.2 BMP11 的功能 |
| 1.3 BMP11 的信号传导通路及表达调控 |
| 1.4 BMP11在各个组织器官发育中的表达情况 |
| 2 鱼类线粒体DNA 细胞色素b（cytb）研究进展 |
| 2.1 鱼类线粒体DNA 的结构与遗传特性 |
| 2.2 鱼类线粒体细胞色素b(Cytb)的特点及多态性的检测方法 |
| 2.3 鱼类线粒体细胞色素b（cytb）的应用研究进展 |
| 3 线粒体控制区在研究鱼类遗传分化中的意义 |
| 3.1 线粒体控制区(D-loop)序列的结构特点和研究方法 |
| 3.2 线粒体控制区序列在研究鱼类遗传分化中的重要意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 1 材料 |
| 1.1 主要仪器 |
| 1.2 主要酶和试剂来源 |
| 1.3 培养基、缓冲液和常用试剂的配制 |
| 1.4 菌株和克隆载体 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 鱼肌肉组织基因组DNA 的提取 |
| 2.2 琼脂糖凝胶电泳 |
| 2.3 DNA 的纯化和回收 |
| 2.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.5 菌种的保存 |
| 2.6 DNA 目的片段的克隆 |
| 2.7 主要分子生物学数据库及软件 |
| 第三章 试验研究 |
| 试验一 泰山赤鳞鱼胚胎发育观察 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 卵裂期 |
| 2.2 囊胚期 |
| 2.3 原肠期 |
| 2.4 神经胚期 |
| 2.5 器官形成期 |
| 2.6 孵化期 |
| 3 讨论 |
| 3.1 泰山赤鳞鱼胚胎发育与同亚科鱼类的比较 |
| 3.2 泰山赤鳞鱼胚胎发育速度的主要影响因素 |
| 试验二 BMP11 基因cDNA 克隆及表达规律的研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 试验方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 总RNA的提取与检测 |
| 2.2 泰山赤鳞鱼BMP11 基因的克隆及同源性分析 |
| 2.3 泰山赤鳞鱼BMP11 基因在不同胚胎发育时期的表达规律 |
| 2.4 BMP11 在不同组织中的表达 |
| 3 讨论 |
| 3.1 关于半定量表达分析 |
| 3.2 BMP11 的鉴定和序列分析 |
| 3.3 BMP11 基因在胚胎不同发育时期的表达规律 |
| 3.4 BMP11 基因在不同组织中的表达规律 |
| 试验三 泰山赤鳞鱼分类地位及分子进化研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.3 数据处理 |
| 2 结果 |
| 2.1 cytb 分析结果 |
| 2.2 D-loop 分析结果 |
| 2.3 微卫星分析结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 研究鱼类系统发育时合适分子标记的选择 |
| 3.2 泰山赤鳞鱼的分类地位 |
| 3.3 突吻鱼属的分类 |
| 3.4 泰山赤鳞鱼与鲃亚科其他鱼类的系统进化关系 |
| 3.5 泰山赤鳞鱼与鲃亚科其他鱼类的分化时间 |
| 3.6 分子系统发育推断方法的比较 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表论文及参与科研情况 |
（5）云南高原湖泊特有鱼类的生物学与遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一章 引言 |
| 1. 研究背景 |
| 2. 研究意义 |
| 3. 抚仙湖和滇池的自然地理概况 |
| 4. 研究内容和目的 |
| 第二章 生物入侵与鱼类濒危研究概况 |
| 1. 生物入侵及相关概念 |
| 2. 土着种对生物入侵的响应 |
| 3. 鱼类濒危研究概况 |
| 第三章 云南倒刺鲃的年龄和生长 |
| 1. 前言 |
| 2. 材料与方法 |
| 3. 结果 |
| 4. 讨论 |
| 第四章 云南倒刺鲃繁殖生物学研究 |
| 1. 前言 |
| 2. 材料与方法 |
| 3. 结果 |
| 4. 讨论 |
| 第五章 抚仙金线鲃的年龄和生长 |
| 1. 前言 |
| 2. 材料与方法 |
| 3. 结果 |
| 4. 讨论 |
| 第六章 抚仙金线鲃繁殖生物学研究 |
| 1. 前言 |
| 2. 材料与方法 |
| 3. 结果 |
| 4. 讨论 |
| 第七章 抚仙金线鲃鱼类的遗传多样性 |
| 1. 前言 |
| 2. 材料与方法 |
| 3. 结果和分析 |
| 4. 讨论 |
| 第八章 云南高原湖泊鱼类组成现状及土着鱼类濒危原因的初步探讨 |
| 1. 前言 |
| 2. 材料与方法 |
| 3. 结果与分析 |
| 4. 讨论 |
| 总结 |
| 参考文献 |
| 附录：在学期间完成论文 |
四、金线鲃属两个同域种的mtDNA序列变异（论文参考文献）
- [1]中国濒危洞穴鱼小眼金线鲃（Sinocyclocheilus microphthalmus）的种群多样性和保护[D]. 赵阳. 河北大学, 2021(11)
- [2]野鲮亚科一新属一新种的建立及其群体遗传学研究[D]. 赵海涛. 西南大学, 2016(01)
- [3]小黄鱼五个地理群体形态变异和遗传多样性研究[D]. 黄昊. 南京农业大学, 2011(01)
- [4]泰山赤鳞鱼BMP11基因表达规律及分子进化研究[D]. 陈红菊. 山东农业大学, 2008(02)
- [5]云南高原湖泊特有鱼类的生物学与遗传多样性研究[D]. 李堃. 中国科学院研究生院（水生生物研究所）, 2006(10)
- [6]金线鲃属两个同域种的mtDNA序列变异[J]. 李维贤,李梅章,昝瑞光. 湛江海洋大学学报, 2004(06)