一、紫菜无性系特异SCAR标记的获得（论文文献综述）
王津果,隋正红,周伟,马金华,张淑,常连鹏[1]（2014）在《龙须菜RSAP分析及其SCAR标记的转化》文中指出初步探讨限制性位点扩增多态性（Restriction site amplified polymorphism,RSAP）分子标记技术在龙须菜遗传多样性检测和种质鉴定上的应用。利用所优化的适合于龙须菜RSAP分析的PCR反应体系,对青岛湛山湾野生群体和栽培品系981、07-2进行遗传多样性分析和比较。试验采用15对引物组合在3个群体14个龙须菜个体中共扩增出669个位点,其中多态位点数为146个,多态性比例22%,平均每对引物产生10条多态性条带,片段大小在1001 000 bp之间。湛山湾野生群体的Na（1.007 5）、Ne（1.007 1）、H（0.003 6）、I（0.005 1）与栽培品系981的Na（1.003 0）、Ne（1.002 1）、H（0.001 2）、I（0.001 8）,以及栽培品系07-2的Na（1.009 0）、Ne（1.006 3）、H（0.003 7）、I（0.005 4）相比较可知3个群体的遗传多样性是有差异的。种群间的遗传多样性分析表明,在所有检测的样品中,遗传多样性多来自不同群体间的多样性。群体遗传结构分析表明,2个栽培品系981、07-2间遗传距离不大,但栽培品系与湛山湾野生群体间的遗传距离相对较大,而UPGMA聚类分析也明显的将湛山湾野生群体与栽培品系981、07-2区分开来,表明野生群体与栽培品系间已产生一定的遗传隔离。通过分析湛山湾野生群体及栽培品系981、07-2的RSAP指纹图谱,从中筛选栽培品系981的特异条带,并将其转化为稳定性好、特异性高的序列特征化扩增区（Sequence characterized amplified regions,SCAR）分子标记。
张庆杰,李琳,严兴洪[2]（2013）在《坛紫菜“申福2号”的SSR分子标记》文中提出利用微卫星（SSR）分子标记技术,对坛紫菜（Porphyra haitanensis）优良品系"申福2号"的丝状体和叶状体分别进行了特异性分子标记鉴定,结果发现:用9#引物（序列为F:TCACAATGGGTGATATGGC;R:CCACATTTAAGTCCGACTCTG）对"申福2号"丝状体的DNA进行扩增,出现了能区别于其他14个品系（6个优良品系,3个杂交品系,5个野生品系）的特异性条带。用该引物对室内培养的"申福2号"叶状体的DNA进行扩增,也均获得了与丝状体相同的特异性条带。此外,用该引物分别对栽培在不同海区和不同时期采收的"申福2号"叶状体进行验证,结果均出现了与丝状体相同的特异性条带。该特异性条带的DNA测序结果证实,9#引物产生的SSR标记反映了微卫星DNA重复序列的变化。通过SSR Hunter软件搜索到了设计引物时的核心序列,所得产物大小在预期长度范围内,是特异性扩增。通过BLAST比对得知,该序列在核酸数据库中没有同源序列,是一个新序列。通过DNAMAN软件分析得知,"申福2号"、"申福1号"之间序列差异较小,与坛紫菜霞浦野生种差异较大。这证实该标记反映的是种内品系间的差异,可以用于种内品系鉴定。上述结果表明,由9#引物扩增出的这一特异性条带可以认为是"申福2号"丝状体和叶状体的特异性标记,可用于该品系的种质鉴定。
王婷,徐燕,谢潮添,纪德华,陈昌生[3]（2013）在《基于SCAR标记的坛紫菜“闽丰1号”多重PCR鉴定技术的建立》文中提出为建立坛紫菜"闽丰1号"（Z-26）品系的种质分子鉴定方法,采用300条RAPD引物对6个坛紫菜纯系进行标记扫描,从中筛选出"Z-26"品系的特异性随机扩增多态DNA（RAPD）标记9个,经克隆和测序,其中两个特异性标记成功转化为特异SCAR标记（Z26-600和Z26-360）,标记片段大小分别为530 bp和242 bp。并进一步通过4个不同实验验证,确定Z26-600和Z26-360两个标记是坛紫菜"Z-26"品系的特异和稳定性标记。最后为进一步简化种质鉴定程序,建立更为便捷和准确的种质鉴定方法,经过条件优化,以此两个标记为基础建立了坛紫菜"Z-26"品系的多重PCR鉴定方法,该方法可以在一次PCR反应中同时鉴定两个特异性标记。
王婷[4]（2013）在《坛紫菜新品系和重要农艺性状特异SCAR标记的开发》文中提出坛紫菜是我国南方沿海海水养殖的重要对象。开发坛紫菜优良品系和重要农艺性状的特异分子标记,对于坛紫菜种质的质量鉴定、品种权益保护和分子标记辅助育种等均具有重要意义。本研究采用450条RAPD标记引物对本实验室选育出的6个坛紫菜新品系进行了遗传分析,从中共筛选出41个各品系的特异RAPD标记。经切胶回收、克隆、测序、引物设计和4个不同实验的特异性验证,最终有7个标记成功转化成了特异SCAR标记,分别命名为:Z26-600,Z26-360,Z17-700,Z17-400,Q1-500,Q1-650,Z61-1000,转化成功率为17%。对获得的SCAR标记分析发现,其中四个标记（Z26-600,Z26-360,Z17-400,Z61-1000）为共显性标记。进一步通过对反应体系、引物浓度、退火温度、延伸时间、循环数等进行优化,对获得两个以上特异SCAR标记的品系利用多重PCR技术构建了基于SCAR标记的快速鉴定方法。此外,本研究分别以坛紫菜DH作图群体中藻体长度、宽度和厚度表现最为极端的10个个体的总DNA构建成了6个极端BSA池,并用100对SRAP引物和250对RAPD引物进行了标记扫描,共筛选出特异SRAP标记2个,特异RAPD标记4个。其中SRAP引物组合ME8-EM10在“叶片最短混合池”中扩增出的特异性标记,长度约为750bp。该特异性标记经切胶回收、克隆、测序、引物设计和实验验证,最终成功转化为特异SCAR标记,命名为FL-711。
陈淑吟,陆勤勤,张美如,胡传明,许广平[5]（2012）在《条斑紫菜（Pyropia yezoensis）10个选育系的ISSR分析》文中研究表明利用ISSR分子标记进行条斑紫菜（Pyropia yezoensis）10个选育品系的种质鉴定研究。结果表明,具条带特异性且表达稳定清晰的ISSR引物共14个,其扩增多态性片段约占97.1%,这些引物可用作区分这些品系的分子标记,同时利用引物826扩增的特异性位点建立了这些选育品系的ISSR遗传识别码。
谢潮添,陈昌生,纪德华,赵国瑞,徐燕,史修周[6]（2010）在《坛紫菜种质材料DNA指纹图谱的构建》文中研究指明采用20对简单重复序列（SSR）引物对福建省坛紫菜种质资源库中保存的44个坛紫菜种质材料进行了遗传分析,共检测到了81个多态性位点,每对引物检测到的等位基因介于2～6个之间,平均为4.05个,引物的PIC值介于0.15～0.79之间,平均为0.57。然后根据3对引物（Phes08,Phes03和PC13）扩增出的16个多态性位点构建了44个坛紫菜种质材料的指纹图谱库,使得每一种质材料均具有其特异的DNA指纹图谱。并根据指纹图谱中各扩增位点条带的有无,将指纹图谱转化成了计算机可以识别的数码指纹,开发了相应的数码指纹识别软件,为坛紫菜种质的自动化鉴定及坛紫菜种质资源库的信息化管理奠定了基础。
李艳燕[7]（2009）在《紫菜种内rDNA非编码区序列及系统发育分析》文中研究指明本文拟通过核糖体大亚基28S rDNA高度可变区序列、rDNA的内转录间隔区（ITS）和基因内间隔区（IGS）的序列差异分析及遗传变异比较,为紫菜的系统发育研究、种质资源调查、遗传多样性的保护以及品系培育和品种改良提供分子生物学依据。利用碱煮法提取微量模板DNA,对野生和栽培的条斑紫菜（Porphyra yezoensis）的5.8S rDNA和ITS区序列进行PCR扩增、测序和序列分析。序列分析结果表明,它们的5.8S rDNA和ITS序列基本上都是相一致的。其中ITS1长度为337-338bp,5.8S rDNA长度均为152bp。两者与GenBank中的P. yezoensis（DQ813581）的ITS1序列的相似性最高为99.7%。对来源于三个地理群的坛紫菜叶状体的ITS区序列也进行了序列分析,结果表明,三者的ITS序列基本上都是相一致的。其中ITS1序列长度为331-334bp,ITS2长度为673-681bp。三者与GenBank中的P. haitanensis （DQ662228）的ITS序列的同源性较高,为99.5%,但与GenBank中的其他紫菜种同源性均较低（50%左右）。运用克隆测序法,首次将rDNA基因间隔区（IGS）序列用于不同地理群坛紫菜种内亲缘关系的分析鉴定。对来源于三个地理群的坛紫菜叶状体进行了PCR扩增和序列分析。序列分析结果表明,测得的三个地理群坛紫菜的IGS部分序列为IGS基因3’端的ETS序列,长度为1085-1100bp,G+C含量为50.88-51.27%,总变异位点55个,占ETS序列的5%。序列的同源性与多序列比对的结果均显示,三个地理群的坛紫菜在IGS序列上存在明显的序列差异性。首次将28S rDNA用于不同紫菜种间亲缘关系的系统进化研究。对坛紫菜、条斑紫菜和半叶紫菜的28S rDNA部分序列进行PCR扩增和序列分析。结果表明, 3种紫菜的28S rDNA扩增序列长度为932-952bp,G+C含量为54.08-55.25%,保守位点为808个,变异位点为127个。不同地理群的紫菜种在28S rDNA序列的可变区存在明显的序列差异性,可将不同的紫菜种进行有效鉴别。研究发现,28S rDNA序列、IGS区序列在不同紫菜种间存在较大的差异,可以为紫菜的种质鉴定和系统发育研究提供重要的分子依据;而紫菜种内ITS区遗传变异很小,不适合作为紫菜种下水平的分类标记。基于IGS序列可将三种不同地理群的坛紫菜有效的进行鉴别,可作为我国坛紫菜品系鉴定的重要遗传学标记,也可为其他紫菜种种内遗传多样性的研究和分类鉴定提供强有力的工具。
乔利仙,戴继勋,王晶珊,朱新产,刘文平,郭宝太[8]（2008）在《DNA分子标记技术在紫菜属中的应用现状及展望》文中进行了进一步梳理 伴随着遗传学的发展,遗传标记经历了形态学标记、细胞学标记、生化标记和DNA分子标记4个阶段。DNA分子标记诞生于20世纪80年代中期,与其他遗传标记相比,它具有如下优点
纪德华[9]（2008）在《福建省野生坛紫菜的遗传分析》文中指出本文以采自福建省不同海区的8个具有代表性的野生坛紫菜种群的藻体为材料,对其生长特性、品质性状等进行比较分析,进而利用SRAP分子标记技术对这8个种群进行遗传多样性分析,探讨野生坛紫菜种群间的遗传变异关系,以期从总体上摸清野生坛紫菜种质资源的遗传背景,为从野生种群选育坛紫菜良种奠定基础。结果如下:在8个种群中,来自WP3和WP6种群的藻体叶片都是线形披针型,藻体色泽鲜艳、生长速度较快,最快时平均日增长5～6cm,而且平均日增重率及藻体厚度也具有较高优势。而种群WP2、WP4和WP5的藻体色泽较暗,生长速度最慢,平均日增长最快也不超过3cm。来源于WP1和WP4种群的藻体不易成熟,在实验室内充气培养15天后,成熟率分别只有37%和35.5%。而来源于WP2种群的藻体在实验室内培养5d后,就有46.5%的藻体成熟。8个种群藻体的色素蛋白、叶绿素、粗蛋白及氨基酸含量均差异显着。其中来源于WP3种群的藻体在粗蛋白、总藻胆蛋白及叶绿素含量上均具有较高优势,而WP6的藻体尽管粗蛋白含量最低,但总藻胆蛋白及叶绿素含量却最高。对于藻体中的氨基酸含量,各种群藻体间也存在较大差异,WP2和WP3藻体的总氨基酸的含量最高,WP5的最低;WP2和WP7藻体的游离氨基酸种类最多,WP5的种类最少。WP1的苏氨酸、丝氨酸和异亮氨酸含量最高,WP2的谷氨酸含量最高;WP3的天冬氨酸、亮氨酸含量最高;WP4的甘氨酸、丙胺酸含量最高;WP8的赖氨酸含量最高。8个种群的藻体都不含脯氨酸;只有WP7含有半胱氨酸,WP5、WP6含有蛋氨酸;而WP3、WP5中不含精氨酸。应用SRAP标记技术对8个野生种群的80个个体进行了遗传分析,从50个引物组合中筛选出34对可扩增出清晰、重复性好、多态性高的条带。34对引物组合共扩增出1507条带,其中多态性条带1480条,占总数的98.21%。每个引物扩增的位点数为42-48个,平均44.3个,扩增的条带大小在120-1900bp之间。通过对扩增条带的统计分析,发现三个大种群（东山、平潭、南日）的遗传相似性系数为0.8872-0.8993,平均为0.8931。而东山地区、平潭地区和南日地区各个小种群之间的平均遗传相似性系数分别为0.9489,0.9100和0.9293,均要高于三个地区大种群间的平均遗传相似性系数,尤以东山地区小种群间的平均遗传相似性系数为最高。三个种群内的有效等位基因数、期望杂合度及Shannon多样性指数间差异均为不显着（P>0.05）,总群体物种水平上每位点的有效等位基因数为1.6862,种群水平上分别为1.7130,1.7095和1.6018;期望杂合度在总群体物种水平上为0.3876,在种群水平上分别为0.4014,0.3992和0.3446;Shannon多样性指数在总群体物种水平上为0.5671,在种群水平上分别为0.5850,0.5815和0.5089,表明坛紫菜种群内存在着较高的遗传多样性水平,且在三个种群间没有明显差异。依据Gst值,坛紫菜种群间的遗传变异较小,种群间的遗传变异只占遗传总变异的12.16%,而87.84%的遗传变异都分布在种群内的个体间,由此说明坛紫菜种群间的遗传分化水平很低,这与坛紫菜种群间充分的基因交流是相关的。东山、平潭、南日三个地区群体间的基因流值（Nm）为3.6124,而三个地区群体内各种群间的基因流值分别为8.7790、4.6987、6.6694,表明坛紫菜各个地区内小种群间的基因交流非常频繁,尽管随着地理距离增大,各地区种群间的基因流值有所减小,但仍然存在着较高的基因交流,这与坛紫菜的生活史特点是相关的。基于Nei’s的遗传距离进行的UPGMA聚类分析结果显示,坛紫菜总群体80个个体间,除少数个体外,大部分个体都按照其地理来源进行聚类。而在分别对各个地区的小种群内个体间的聚类分析结果却表明大部分个体都不按照其地理来源进行聚类,而是随机聚类的,而且随基因流值（Nm）的增大,个体间聚类的随机性就越高。
乔利仙[10]（2007）在《紫菜遗传多样性分析及其6-磷酸海藻糖合成酶基因转化水稻的研究》文中研究指明用分子标记技术进行紫菜遗传多样性分析对于紫菜种质资源的鉴定、保护和持续合理开发利用具有重要意义。本研究采用相关序列扩增多态性（sequence-related amplified polymorphism,SRAP）;靶位区域扩增多态性（target region amplification polymorphism,TRAP）;限制性位点扩增多态性（restriction site amplification polymorphism,RSAP）三种分子标记技术对16个紫菜系进行了遗传多样性分析,在此基础上对生产上广泛应用的条斑紫菜6-磷酸海藻糖合成酶基因（trehalose-6-phosphate synthase from Porphyra yezoensis,PyTPS ）进行了转化水稻的研究。本研究首次将分子标记技术SRAP、TRAP和RSAP用于紫菜的种质资源分析。建立了适合于紫菜SRAP、TRAP和RSAP分析的PCR反应体系和反应条件,利用所建立的体系对16个紫菜系进行了遗传多样性分析,构建了这些紫菜系的聚类图和DNA指纹图。三种分子标记方法聚类分析所产生的进化树基本一致,均把这些紫菜系分成两大类,分类结果与传统分类相吻合。在所构建的DNA指纹图谱中,每个紫菜系都有其特异的指纹模式,能很容易地与其它紫菜系区分开来。根据DNA指纹图谱开发出计算机应用软件PGI-SRAP,PGI-TRAP,PGI-RSAP（Porphyra germplasm identification developed by SRAP,TRAP and RSAP method）,可以辅助进行紫菜系的种质鉴定。对RSAP分析产生的17条特异性标记中的6条进行了克隆、测序,并将其中一个标记R1/R3-8119转换成紫菜系P. yezoensis Y-9101的特异序列扩增区域（sequence characterized amplified region,SCAR）标记。用本实验室克隆的条斑紫菜TPS基因（PyTPS）转化水稻品种TP309,得到的T0代转基因植株,经过连续加代、鉴定、筛选,得到5个T2代的纯合体株系,对其中3个株系（TPS155-4,TPS191-1和TPS308-1）进行了PCR和Southern杂交检测,结果都呈双重阳性,表明PyTPS基因已整合到这些转基因株系中。用0.8%NaCl模拟盐碱条件,16% PEG-6000模拟干旱条件,以非转基因水稻TP309为对照,选T2代两个纯合体株系TPS155-4和TPS191-1进行了抗盐、抗旱性分析。RT-PCR结果表明转入的基因得以表达,转基因株系的株高、单株鲜重均高于对照,在PEG处理下这种差异达到显着水平。这说明PyTPS基因的导入,明显增加了转基因水稻的抗旱性;转基因水稻的抗盐性也有所提高。
二、紫菜无性系特异SCAR标记的获得（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、紫菜无性系特异SCAR标记的获得（论文提纲范文）
（1）龙须菜RSAP分析及其SCAR标记的转化（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料与处理 |
| 1.2 试验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1RSAP扩增结果 |
| 2.2 龙须菜各群体内的RSAP分析 |
| 2.3 湛山湾野生与栽培品系981、07-2种群间RSAP分析 |
| 2.4目的片段的回收、测序以及SCAR引物设计与验证 |
| 3 讨论 |
（2）坛紫菜“申福2号”的SSR分子标记（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.1.1 坛紫菜品系和叶状体培养 |
| 1.1.2 基因组DNA的提取 |
| 1.2 PCR扩增和电泳 |
| 1.3 微卫星引物的筛选方法 |
| 1.4“申福2号”SSR标记的稳定性验证 |
| 1.5 测序 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 坛紫菜丝状体和叶状体DNA提取与电泳检测 |
| 2.2 微卫星引物的筛选 |
| 2.3 对“申福2号”叶状体的特异性SSR标记验证 |
| 2.4“申福2号”特异性SSR标记的稳定性验证 |
| 2.5 序列分析结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 坛紫菜的种质鉴定方法 |
| 3.2 样本的选取 |
| 3.3“申福2号”微卫星DNA标记的评价 |
| 3.4 序列分析比对 |
（3）基于SCAR标记的坛紫菜“闽丰1号”多重PCR鉴定技术的建立（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 Z-26 RAPD特异扩增片段的筛选、克隆及测序 |
| 2.2 SCAR标记的转化和验证 |
| 2.3 SCAR标记多重PCR鉴定技术的建立 |
| 3 讨论 |
（4）坛紫菜新品系和重要农艺性状特异SCAR标记的开发（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 紫菜育种研究现状 |
| 1.2 DNA分子标记技术在紫菜中的应用 |
| 1.2.1 遗传多样性分析 |
| 1.2.2 种质鉴定 |
| 1.2.3 亲缘关系、系统分类 |
| 1.2.4 遗传图谱、目的基因定位 |
| 1.2.5 分子辅助选育 |
| 1.3 RAPD标记 |
| 1.3.1 RAPD标记原理 |
| 1.3.2 RAPD标记在大型海藻中的应用 |
| 1.4 SCAR标记 |
| 1.4.1 SCAR标记原理 |
| 1.4.2 SCAR标记在大型海藻中的应用 |
| 1.5 大型海藻重要农艺性状连锁标记的研究 |
| 1.6 本研究的目的意义 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验仪器 |
| 2.3 主要试剂 |
| 2.3.1 总DNA提取主要溶液的配制 |
| 2.3.2 琼脂糖凝胶电泳试剂 |
| 2.3.3 LB培养基配制 |
| 2.3.4 RAPD随机引物和SRAP引物序列 |
| 2.4 实验方法 |
| 2.4.1 藻体的培养 |
| 2.4.2 基因组DNA的提取 |
| 2.4.3 BSA池的混合 |
| 2.4.4 PCR筛选和检测 |
| 2.4.5 特异片段切胶回收、纯化 |
| 2.4.6 特异条带与克隆载体连接 |
| 2.4.7 质粒的转化和筛选 |
| 2.4.8 菌落PCR检测 |
| 2.4.9 质粒提取 |
| 2.4.10 质粒酶切检测 |
| 2.4.11 SCAR标记引物设计 |
| 2.4.12 SCAR标记的验证 |
| 2.4.13 多重PCR扩增 |
| 第3章 结果 |
| 3.1 紫菜基因组DNA提取 |
| 3.2 新品系SCAR标记的开发 |
| 3.2.1 新品系RAPD特异扩增片段的筛选、克隆及测序 |
| 3.2.2 SCAR标记的转化和验证 |
| 3.2.3 SCAR标记多重PCR鉴定技术的建立 |
| 3.3 农艺性状关联SCAR标记开发 |
| 3.3.1 农艺性状特异扩增片段的筛选、克隆及测序 |
| 3.3.2 SCAR标记转化 |
| 第4章 讨论 |
| 4.1 采用分子标记进行紫菜种质鉴定的必要性 |
| 4.2 标记类型的选择 |
| 4.3 SCAR标记的转化 |
| 4.3.1 引物设计 |
| 4.3.2 片段回收 |
| 4.3.3 标记显隐性 |
| 4.3.4 引物的退火温度 |
| 4.4 多重PCR技术的应用 |
| 4.5 农艺关联标记开发 |
| 第5章 小结与展望 |
| 5.1 小结 |
| 5.2 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 在学期间发表的学术论文 |
（5）条斑紫菜（Pyropia yezoensis）10个选育系的ISSR分析（论文提纲范文）
| 1 材料和方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 研究方法 |
| 1.2.1 DNA提取 |
| 1.2.2 PCR反应条件及电泳检测 |
| 1.3 数据处理与统计分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 引物筛选结果 |
| 2.2 不同品系的遗传相似性分析 |
| 2.3 遗传特异性与聚类分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 不同品系的遗传特性 |
| 3.2 DNA指纹图谱方法 |
（6）坛紫菜种质材料DNA指纹图谱的构建（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 供试材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 SSR标记分析 |
| 2.2 指纹图谱的构建及向指纹代码的转换 |
| 2.3 数码指纹识别软件的开发及应用 |
| 3 讨论 |
| 3.1 SSR标记技术在指纹图谱构建中的应用 |
| 3.2 坛紫菜DNA指纹图谱的构建 |
（7）紫菜种内rDNA非编码区序列及系统发育分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 文献综述 |
| 一、紫菜的生物学特性 |
| 1 紫菜属分类地位及其形态构造 |
| 2 紫菜的生活史 |
| 3 紫菜细胞发育生物学研究 |
| 二、紫菜分子遗传学研究进展 |
| 1 DAN 分子标记概述 |
| 2 核糖体RNA 基因在紫菜属分子遗传学研究中的应用 |
| 3 DNA 分子标记在紫菜属遗传学研究中的应用前景 |
| 三、本研究的目的与意义 |
| 第一章 野生和栽培条斑紫菜的ITS 区序列及系统发育分析 |
| 1 材料、试剂与仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 紫菜基因组提取 |
| 2.2 条斑紫菜rDAN ITS 区的PCR 扩增 |
| 2.3 目的片段的回收 |
| 2.4 ITS 序列测定和系统树的构建 |
| 3 结果 |
| 3.1 条斑紫菜叶状体的ITS 区和5.8S rDNA 片段的PCR 扩增 |
| 3.2 BLAST 结果及DNA 片断序列分析 |
| 3.3 与紫菜属的其他物种的比较分析 |
| 4 讨论 |
| 第二章 坛紫菜的ITS 区序列及系统发育分析 |
| 1 材料、试剂与仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 紫菜基因组提取 |
| 2.2 坛紫菜ITS 区序列的PCR 扩增 |
| 2.3 目的片段的回收 |
| 2.4 PCR 产物的克隆 |
| 2.5 ITS 序列测定和系统树的构建 |
| 3 结果 |
| 3.1 三个地理群的坛紫菜的核糖体rDNA 片段的PCR 扩增结果 |
| 3.2 重组质粒的鉴定 |
| 3.3 BLAST 结果及DNA 片断序列分析 |
| 3.4 与紫菜属的其他物种的比较分析 |
| 4 讨论 |
| 第三章 不同地理群坛紫菜种内rDNA 基因间隔区IGS 序列分析 |
| 1 材料、试剂与仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 紫菜基因组提取 |
| 2.2 坛紫菜IGS 区序列的PCR 扩增 |
| 2.3 目的片段的回收 |
| 2.4 PCR 产物的克隆 |
| 2.5 IGS 序列测定和系统树的构建 |
| 3 结果 |
| 3.1 三个地理群的坛紫菜的核糖体rDNA 片段的PCR 扩增结果 |
| 3.2 重组质粒的鉴定 |
| 3.3 BLAST 结果及DNA 片断序列分析 |
| 3.4 三种坛紫菜品系的IGS 序列比较分析 |
| 4 讨论 |
| 第四章 紫菜28S rDNA 的序列及系统发育分析 |
| 1 材料、试剂与仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 紫菜基因组提取 |
| 2.2 紫菜28S rDNA 序列的PCR 扩增 |
| 2.3 目的片段的回收 |
| 2.4 PCR 产物的克隆 |
| 2.5 28S rDNA 序列测定和系统树的构建 |
| 3 结果 |
| 3.1 三种紫菜的核糖体rDNA 片段的PCR 扩增结果 |
| 3.2 重组质粒的鉴定 |
| 3.3 BLAST 结果及DNA 片断序列分析 |
| 3.4 28S rDNA 序列相似性分析 |
| 3.5 28S rDNA 多序列比对分析 |
| 3.6 28S rDNA D2 区二级结构的分析 |
| 3.7 系统进化树反映的结果 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间公开发表的论文 |
| 致谢 |
（9）福建省野生坛紫菜的遗传分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 研究现状 |
| 1.2.1 坛紫菜经济性状的研究 |
| 1.2.2 坛紫菜品质分析的研究 |
| 1.3 分子标记技术概述 |
| 1.3.1 几种常用的分子标记技术 |
| 1.3.1.1 RFLP分子标记技术 |
| 1.3.1.2 SSR分子标记技术 |
| 1.3.1.3 AFLP分子标记技术 |
| 1.3.1.4 ISSR 分子标记技术 |
| 1.3.1.5 RAPD 分子标记技术 |
| 1.3.2 分子标记技术在植物研究方面的应用 |
| 1.3.2.1 用于构建高密度的遗传连锁图谱 |
| 1.3.2.2 在基因定位方面的研究 |
| 1.3.2.3 在种质资源鉴定方面的应用 |
| 1.3.2.4 在分子标记辅助育种中的应用 |
| 1.4 SRAP 分子标记技术简介 |
| 1.4.1 SRAP 标记技术的原理 |
| 1.4.2 PCR 扩增 |
| 1.4.3 扩增产物的检测 |
| 1.4.4 SRAP 标记的应用 |
| 1.4.4.1 在遗传多样性研究的应用 |
| 1.4.4.2 在基因定位研究中的应用 |
| 1.4.4.3 在杂种优势预测研究中的应用 |
| 1.4.4.4 在比较基因组学研究中的应用 |
| 1.4.4.5 在图谱构建研究中的应用 |
| 1.4.4.6 在系统分类中的应用 |
| 1.4.4.7 在种质鉴定中的应用 |
| 1.4.4.8 在分子标记辅助育种中的应用 |
| 1.5 分子标记技术在大型海藻研究中的应用 |
| 1.5.1 分子标记技术在紫菜分子遗传学中的应用 |
| 1.5.2 分子标记技术在其它大型海藻中的应用 |
| 1.6 研究的目的及意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 实验仪器 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.3 实验药品及试剂 |
| 2.3.1 常用药品 |
| 2.3.2 常用溶液及银染试剂 |
| 2.3.3 引物 |
| 2.4 实验方法 |
| 2.4.1 野生坛紫菜叶状体形态观察及生长特性的比较 |
| 2.4.1.1 形态观察 |
| 2.4.1.2 生长的测定 |
| 2.4.1.3 叶状体厚度的测定 |
| 2.4.2 野生坛紫菜粗蛋白质、色素蛋白及氨基酸的测定 |
| 2.4.2.1 粗蛋白质的测定 |
| 2.4.2.2 叶绿素的测定 |
| 2.4.2.3 总藻胆蛋白的测定 |
| 2.4.2.4 氨基酸的测定 |
| 2.4.2.4.1 总氨基酸的测定 |
| 2.4.2.4.2 游离氨基酸的测定 |
| 2.4.3 基于生长特性及品质的聚类分析 |
| 2.4.4 野生坛紫菜的 SRAP 分析 |
| 2.4.4.1 基因组DNA 的提取 |
| 2.4.4.2 SRAP-PCR 反应因素水平的确定与正交设计 |
| 2.4.4.3 野生坛紫菜基因组 DNA 的 SRAP 标记分析 |
| 2.4.4.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.4.4.5 银染检测 |
| 2.4.4.6 数据分析 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 野生坛紫菜叶状体形态及生长特性的比较 |
| 3.1.1 不同生境下野生坛紫菜叶状体的形态特征 |
| 3.1.2 野生坛紫菜叶状体长度生长情况 |
| 3.1.3 野生坛紫菜叶状体重量增重情况 |
| 3.1.4 不同生境下野生坛紫菜叶状体藻体的厚度 |
| 3.1.5 野生坛紫菜叶状体成熟情况分析 |
| 3.2 野生坛紫菜品质性状的比较 |
| 3.2.1 不同生境野生坛紫菜蛋白质及叶绿素含量的比较 |
| 3.2.2 不同生境下的野生坛紫菜氨基酸含量的比较 |
| 3.3 不同种群基于生长特性和品质的聚类分析 |
| 3.4 野生坛紫菜的 SRAP 分析 |
| 3.4.1 基因组DNA 提取结果 |
| 3.4.2 SRAP-PCR 正交实验结果及分析 |
| 3.4.2.1 电泳结果评分 |
| 3.4.2.2 各因素对 PCR 反应影响的差异分析 |
| 3.4.2.3 因素内多水平比较分析 |
| 3.4.2.3.1 引物浓度对 PCR 结果的影响 |
| 3.4.2.3.2 Taq 酶浓度对 PCR 结果的影响 |
| 3.4.2.3.3 Mg~(2+)浓度对 PCR 结果的影响 |
| 3.4.2.3.4 模板 DNA 浓度、dNTP 浓度对 PCR 结果的影响 |
| 3.4.2.4 坛紫菜 SRAP 标记分析的最佳反应体系 |
| 3.4.3 SRAP 引物的筛选 |
| 3.4.4 基因组 DNA 的 SRAP-PCR 扩增 |
| 3.4.4.1 SRAP-PCR 扩增结果 |
| 3.4.4.2 不同野生坛紫菜种群间的遗传多样性分析 |
| 3.4.4.3 野生坛紫菜种群的遗传结构 |
| 3.4.4.4 聚类分析结果 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 野生坛紫菜形态特征与生长性状的分析 |
| 4.2 野生坛紫菜的品质分析 |
| 4.3 坛紫菜 SRAP 标记反应体系的构建 |
| 4.4 福建省野生坛紫菜种群的遗传多样性 |
| 4.5 福建省野生坛紫菜种群的遗传结构 |
| 4.6 野生坛紫菜种质资源的开发、利用与保护 |
| 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在学期间发表的学术论文 |
（10）紫菜遗传多样性分析及其6-磷酸海藻糖合成酶基因转化水稻的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 缩写词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 紫菜研究概况 |
| 2 分子标记发展概况 |
| 2.1 基于DNA杂交技术的分子标记 |
| 2.1.1 限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism, RFLP) |
| 2.1.2 DNA可变串联重复数标记(variable number of tandem repeats, VNTR) |
| 2.2 基于PCR技术的分子标记 |
| 2.2.1 随机扩增多态性 DNA (random amplified polymorphic DNA, RAPD) |
| 2.2.2 酶切位点扩增多态性 (cleaved amplified polymorphism sequences, CAPS) |
| 2.2.3 扩增片段长度多态性 (amplified fragment length polymorphisms, AFLP) |
| 2.2.4 简单重复序列 (simple sequence repeats, SSR) |
| 2.2.5 简单序列重复区间扩增多态性 (inter-simple sequence repeats, ISSR) |
| 2.2.6 序列特异扩增区域 (sequence characterized amplified region, SCAR) |
| 2.2.7 DNA单链构象多态性 (single strand conformation polymorphism, SSCP) |
| 2.2.8 相关序列扩增多态性 (sequence-ralated amplified polymorphism, SRAP) |
| 2.2.9 靶位区域扩增多态性 (target region amplified polymorphism, TRAP) |
| 2.3 基于DNA序列信息的分子标记 |
| 3 分子标记的应用 |
| 3.1 构建分子连锁图谱 |
| 3.2 基因的分子标记与定位 |
| 3.3 品种的纯度鉴定 |
| 3.4 分子标记的辅助选择 |
| 3.5 杂种优势预测 |
| 3.6 遗传多样性研究 |
| 3.7 分子标记在紫菜分类学及种质鉴定中的应用 |
| 3.7.1 RAPD 分析在紫菜属中的应用 |
| 3.7.2 AFLP分析在紫菜属中的应用 |
| 3.7.3 SSR分析在紫菜属中的应用 |
| 3.7.4 ISSR分析在紫菜属中的应用 |
| 3.7.5 分子标记在紫菜属中应用的前景展望 |
| 4 海藻糖研究概况 |
| 4.1 海藻糖的代谢途径及其相关基因 |
| 4.1.1 海藻糖生物合成途径及其相关基因 |
| 4.1.1.1 OtsA、OtsB途径 |
| 4.1.1.2 TreY、TreZ途径 |
| 4.1.1.3 TreS途径 |
| 4.1.1.4 其它途径 |
| 4.1.2 海藻糖生物分解途径及其相关基因 |
| 4.2 海藻糖的生物学功能 |
| 4.3 海藻糖合成酶基因的研究 |
| 4.4 海藻糖合成酶基因对植物的遗传转化 |
| 第二章 利用分子标记技术研究紫菜遗传多样性 |
| 第一节 紫菜SRAP 分析及指纹图谱的建立 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 2.1 DNA 提取及纯化 |
| 2.2 SRAP 分析 |
| 2.3 数据统计和聚类分析 |
| 2.4 SRAP-DNA 指纹图谱的构建和计算机化 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 SRAP 分析 |
| 3.2 数据统计和聚类分析 |
| 3.3 SRAP-DNA 指纹图谱的构建 |
| 3.4 SRAP-DNA 指纹的计算机化 |
| 4 讨论 |
| 第二节 紫菜TRAP 分析及指纹图谱的建立 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 2.1 DNA 提取及纯化 |
| 2.2 引物设计 |
| 2.3 TRAP 分析 |
| 2.4 数据统计和聚类分析 |
| 2.5 DNA 指纹图谱的构建和计算机化 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 TRAP 分析 |
| 3.2 数据统计和聚类分析 |
| 3.3 DNA 指纹的构建和计算机化 |
| 4 讨论 |
| 第三节 RSAP 分析在紫菜种质鉴定中的应用 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 2.1 DNA 提取及纯化 |
| 2.2 引物设计 |
| 2.3 RSAP 分析 |
| 2.4 数据统计和聚类分析 |
| 2.5 DNA 指纹图谱的构建和计算机化 |
| 2.6 SCAR 标记的转换 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 RSAP 分析 |
| 3.2 数据统计和聚类分析 |
| 3.3 DNA 指纹图谱的构建和计算机化 |
| 3.4 SCAR 标记的转换 |
| 4 讨论 |
| 第三章 条斑紫菜6-磷酸海藻糖合成酶基因在水稻中的表达分析 |
| 第一节 条斑紫菜6-磷酸海藻糖合成酶基因转化水稻的研究 |
| 1 材料 |
| 1.1 表达载体 |
| 1.2 供试菌株 |
| 1.3 供试水稻品种 |
| 1.4 试剂和培养基 |
| 2 方法 |
| 2.1 农杆菌介导的PyTPS 基因的水稻转化 |
| 2.1.1 水稻成熟胚愈伤组织的诱导培养 |
| 2.1.2 农杆菌的培养 |
| 2.1.3 水稻愈伤组织与农杆菌的共培养 |
| 2.1.4 抗性愈伤组织的筛选 |
| 2.1.5 抗性愈伤组织的分化 |
| 2.1.6 生根，壮苗和移栽 |
| 2.2 转基因水稻植株的检测 |
| 2.2.1 转基因植株的PCR 检测 |
| 2.2.2 转基因植株的卡那霉素抗性检测 |
| 2.2.3 转基因植株的Southern 检测 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 转基因水稻植株的获得及加代繁殖 |
| 3.2 转基因植株的PCR 检测 |
| 3.3 转基因 T_2 代植株的卡那霉素抗性筛选 |
| 3.4 转基因 T_2 代植株的 Southern 杂交检测 |
| 4 讨论 |
| 第二节 条斑紫菜6-磷酸海藻糖合成酶基因对提高水稻抗逆性的研究 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 2.1 转基因水稻植株的盐胁迫、旱胁迫处理 |
| 2.2 表型性状的鉴定 |
| 2.3 电导率的测定 |
| 2.4 RT-PCR 分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 转基因水稻植株的盐胁迫、旱胁迫反应 |
| 3.2 盐胁迫和旱胁迫对株高的影响 |
| 3.3 盐胁迫和旱胁迫对单株生物量的影响 |
| 3.4 盐胁迫和旱胁迫对细胞膜渗透的影响 |
| 3.5 转基因植株PyTPS 的表达分析 |
| 4 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在读期间完成的文章 |
| 致谢 |
四、紫菜无性系特异SCAR标记的获得（论文参考文献）
- [1]龙须菜RSAP分析及其SCAR标记的转化[J]. 王津果,隋正红,周伟,马金华,张淑,常连鹏. 中国海洋大学学报(自然科学版), 2014(04)
- [2]坛紫菜“申福2号”的SSR分子标记[J]. 张庆杰,李琳,严兴洪. 中国水产科学, 2013(04)
- [3]基于SCAR标记的坛紫菜“闽丰1号”多重PCR鉴定技术的建立[J]. 王婷,徐燕,谢潮添,纪德华,陈昌生. 水产学报, 2013(05)
- [4]坛紫菜新品系和重要农艺性状特异SCAR标记的开发[D]. 王婷. 集美大学, 2013(08)
- [5]条斑紫菜（Pyropia yezoensis）10个选育系的ISSR分析[J]. 陈淑吟,陆勤勤,张美如,胡传明,许广平. 天津农业科学, 2012(05)
- [6]坛紫菜种质材料DNA指纹图谱的构建[J]. 谢潮添,陈昌生,纪德华,赵国瑞,徐燕,史修周. 水产学报, 2010(06)
- [7]紫菜种内rDNA非编码区序列及系统发育分析[D]. 李艳燕. 苏州大学, 2009(09)
- [8]DNA分子标记技术在紫菜属中的应用现状及展望[J]. 乔利仙,戴继勋,王晶珊,朱新产,刘文平,郭宝太. 海洋科学, 2008(09)
- [9]福建省野生坛紫菜的遗传分析[D]. 纪德华. 集美大学, 2008(06)
- [10]紫菜遗传多样性分析及其6-磷酸海藻糖合成酶基因转化水稻的研究[D]. 乔利仙. 中国海洋大学, 2007(02)