一、基因组医学、染色体组和人类疾病基因(6)（论文文献综述）
张咸宁[1]（2019）在《发展中的我国基础优生学》文中研究表明优生学（eugenics;healthy birth;yousheng）是医学的一个主要分支学科。按照现代医学的定义,狭义的优生学是指通过一些医学手段,减少遗传病和出生缺陷发生的生产;而广义的优生学指从孕前着手,避免孕前、孕期任何对于胚胎不利因素的暴露,尽可能保证健康胎儿出生的生产[1]。这与"优生学之父"Francis Galton（1822-1911）于1883年最初提出的优生学概念有着很大的区别。智慧先贤Galton给出的优生学定义是:一种通过理智的婚姻,以及其他各种能够促进优良的血统有更好繁衍机会的方法来改良人类血统的科学;后来又修改为:"优生学是研究在社会的控制下,为改善或削弱某些种族的后代的体格和智力素
吕丹丹[2]（2019）在《人染色体图像自动分割排列与异常诊断研究》文中指出目前,浙江省人民医院使用的人染色体核型分析系统同传统的人工核型分析相比,大大减轻了人工的繁琐劳动,提高了分析判断的准确度。但是,还存在人重叠染色体的手动分割、人染色体自动分类准确率低等问题,而且在人染色体的异常诊断方面,还停留在需医生依据专业知识及多年积累的经验进行诊断的层面,无法智能化的进行诊断。因此,针对上面出现的问题并结合实际情况,本文以切实解决人重叠染色体的自动分割、提高人染色体自动分类准确率以及人染色体异常自动诊断的问题展开了研究。主要的工作内容和成果如下:（1）对人染色体图像依据广度优先搜索思想进行操作初步提取得到待识别染色体,其中包括染色体单体以及重叠、粘连的多染色体。针对重叠染色体自动分割问题,本文提出了一种结合重叠染色体轮廓点曲率和角度变化的方法,能够有效的完成重叠染色体的自动分割。（2）一张人染色体图像包含46条染色体单体,通过对450张人染色体图像分割提取最终获得20700张人染色体单体图片。（3）人染色体的分类主要依据几何特征（染色体的相对长度、着丝粒位置和臂比等）和带纹特征实现配对排列。本文构建了适用于人染色体分类的暹罗网络结构,暹罗网络通过使用卷积神经网络进行特征提取并利用可评价特征向量相似度的损失函数很好的实现人染色体的自动分类。鉴于对弯曲染色体进行特征提取影响分类准确度,本文提出了一种弯曲染色体的自动矫直算法对其进行矫直。为了提高人染色体的分类准确率对暹罗网络做了如下改进:1)用一个多级卷积特征提取结构替换原先的单级卷积操作;2)将全连接层前的池化层替换为空间金字塔池化层,提高人染色体特征提取的速度和精度。试验对比结果表明,改进后的暹罗网络对人染色体自动分类的准确率为85.32%,优于其他方法。（4）针对人染色体的异常判断问题,鉴于卷积神经网络在特征提取方面的优势以及One-Class SVM能很好的处理人正常染色体与异常染色体样本数量不平衡问题,本文提出了结合卷积神经网络和One-Class SVM的人染色体自动异常检测算法。实验对比表明本文提出的基于核型分析技术的人染色体自动异常检测方法的适用性,能很好的解决目前系统视觉诊断的问题,准确率整体达89.5%。
冯振兴[3]（2017）在《人类细胞系中远程增强子—启动子相互作用的识别研究》文中认为真核细胞中,基因表达精准的时间和空间调控对于不同生物学进程尤为关键。其中,众多的DNA反应活动受到不同顺式调控元件的协同调控,如转录启动子、增强子和绝缘子等。由于染色质折叠,空间染色质结构使得增强子能够在三维空间中作用于距离自身数十甚至上百Kb碱基的靶启动子并调控相关基因的表达。增强子-启动子相互作用在组织特异性基因表达调控中起关键作用并可能导致人类相关疾病的发生。近年来,大量高通量染色体构象捕获技术的发展使人们深入研究这些相互作用成为可能,比如:染色体构象捕获（3C）,4C（circular3C）,5C（3C-carboncopy）,Hi-C（3C variant）和 ChIA-PET。与此同时,随着各种高通量测序技术的发展,各个实验平台产生了大量基因组信号的深测序文件,这些组学数据使人们在不同的基因组范围内研究远程相互作用和不同类基因组信号之间的调控关系成为可能。本文开发了新的计算方法并用来识别人类四个细胞系GM12878,H1-hESC,HeLa-S3和K562中远程增强子-启动子相互作用。我们不仅发现了许多潜在的影响远程互作用识别的重要基因组信号,还分析了它们的位置,分布,关联等属性。最后,我们通过多种模型研究了组蛋白修饰,转录因子,增强子RNA,DNA甲基化等多种基因组信号与远端增强子靶基因的表达调控关系,并在远端增强子调控靶基因的机制中发现了组蛋白修饰,转录因子等不同类基因组信号对应不同的调控特点。论文主要的研究内容概括如下:一、基于前人构建的5C技术数据库,我们从不同类别的信号中提取增强子,启动子,loop区域的对应特征,比如转录因子,组蛋白修饰,DNA甲基化,增强子RNA,核小体位置,染色质状态,拓扑关联域等等。然后组合上述特征,提出BRCFS特征选择方法和随机森林分类器在人类四个细胞系中预测远程增强子-启动子相互作用。和Roy等的结果比较,我们的10折交叉检验AUPR精度提高了 11%-16%,独立检验的AUPR精度提高了 4%-8%。通过分析识别中的特征重要性,我们发现了很多潜在特征的重要作用,比如:增强子RNA,核小体位置等。并且我们发现loop区域的特征对远程互作用的识别起着很大的作用;另外,不同类信号对于远程互作用的识别具有调控区域特异性和细胞系特异性。最后我们发现这些重要的特征在正负集样本中有很大的分布差异。二、考虑到远程增强子-启动子相互作用受到不同基因组信号,序列元件以及DNA空间结构等多方面协同作用;我们整合转录因子,组蛋白修饰,DNA甲基化,增强子RNA,核小体位置,DNA结构属性,转录因子结合模体等信号特征,开发了一种更加高效的方法去预测增强子-启动子相互作用。基于增强子,启动子,loop区域的组合特征,我们使用随机森林和梯度提升算法在人类细胞系中对增强子-启动子相互作用进行了有效的预测。基于同样的数据库,与Roy等的结果比较,我们在同一个细胞系中10折交叉检验结果提高了15%-24%;在新的细胞系中独立检验的结果提高了 9%-14%。期间,我们综合学习了不同类型重要特征的贡献特点,并进一步发现了 DNA结构属性,转录因子结合模体对于远程相互作用识别的重要贡献。我们对重要的基因组信号特征做了偏相关网络模型分析,并发现了它们之间重要的关联属性。三、在人类四个细胞系中,我们使用多种回归模型研究了增强子靶基因表达水平与不同基因组信号的关系,这些信号包括11种组蛋白修饰,大于120种转录因子,染色质可及性,增强子RNA,DNA甲基化和核小体位置。通过结果分析,我们发现基因表达的预测值和观测值之间有很强的关联性。然而,有增强子调控的基因样本集的关联系数比无调控的基因样本集要高很多,说明远程增强子会协同多类基因组信号促进相关基因的表达。四、通过分析不同信号对远端增强子靶基因表达水平的贡献能力,我们发现远端增强子调控的基因中,转录因子在增强子和启动子区域对基因表达水平具有较强的影响;而组蛋白修饰在启动子和loop调控区域对基因表达水平具有较强的影响。对比同一个细胞系正负数据集中不同信号特征的重要性分值变化,我们发现很多组蛋白修饰和部分特异性的转录因子发生了很大的变化,说明这些特征协同远程增强子促进基因表达。
张要磊[4]（2017）在《山羊群体重测序及GWAS分析》文中认为山羊是人类早期驯化的动物之一,分布广泛且容易饲养,每年为人类提供大量的奶、肉、羊绒等资源,是一种重要的经济型物种。内蒙绒山羊经过长期的自然选择及人工驯化过程,其绒产量和绒质量都世界闻名,已经成为我国一种特有的遗传资源,具有极高的经济价值。然而山羊的育种工作却远远落后于绵羊、猪等动物,之前关于山羊的研究主要集中在采用简单的分子标记,如限制性片段长度多态性（PFLP）、简单重复序列（SSR）等对山羊进行遗传多样的分析,很少涉及到育种层面,导致山羊育种工作进展缓慢。随着新一代测序（NGS）技术的迅猛发展,测序费用不断降低,高通量测序为人们研究工作提供了极大的方便。在有参考基因组的情况下,我们可以对物种进行个体或群体层面的全基因组重测序,鉴定出覆盖度高、密度大的单核苷酸多态性（SNP）等第三代分子标记。借助SNP标记,人们通过全基因组关联分析（GWAS）已经成功鉴定出许多与复杂性疾病相关的位点和基因,为精准医疗带来了极大的帮助。近年来,山羊全基因组图谱构建完成,我们可以采取同样的方法,来鉴定与山羊优良性状相关的变异位点,从而加快山羊的育种进程。本项目采用BGISEQ测序平台对来源于6个群体的258个绒山羊个体进行重测序,平均测序深度为10X。通过使用GATK等软件鉴定出约26M的SNP变异位点。经过SNP质量控制,我们最终使用244个体、约13.8M的SNP进行主成分、系统发生、群体结构和基于绒细度、绒长度进行GWAS等分析,鉴定出了与山羊绒细度紧密相关的SNP位点。并结合山羊基因组数据,得到这些显着关联的SNP所在或紧密连锁的候选基因,最后对这些基因进行功能分析,为山羊育种工作的进行打下良好的基础。
赵晓娟,杨莹,潘军强,杨进[5]（2017）在《基因组学思维》文中指出组学时代的到来,改变了我们对生命的看法,同时也迅速推进了生命科学的发展。随着模式生物基因组全序列测定的完成,基因组学由结构基因组学发展到了功能基因组学,成为当今最活跃的前沿学科。思维在基因组学发展过程中起着至关重要的作用,形成一种新的思维模式,即基因组学思维。同时降维思维在基因组学思维中的应用使得基因组学的测序与研究更加高效有序。
刘嘉茵,吴柏林[6]（2014）在《现代遗传学/基因组学在生殖医学领域的应用展望》文中认为改善生殖健康和降低出生缺陷问题,是我们21世纪生殖医学领域的重要使命。根据中华人民共和国卫生和计划生育委员会2012年9月发布的中国出生缺陷防治报告,我国2011年出生缺陷的发生率为5.6%,每年新增病例90万,发病率较发达国家高近2倍,每年国家和社会的经济负担高达数千亿元。出生缺陷和生殖相关疾病,包括不孕症,大多属于复杂性疾病,由遗传和环境的相互作用导致。2003年第一个人类基因组计划的完成,敲开了后基因组时代和基因组医学的大门,为个体化医学奠定了基础。在过去的十年里,现代高通量基因检测技术,例如生物芯片和新一代测序技术,迅速地进入生殖医学领域,发现了大量与出生缺陷和生殖障碍疾病相关的遗传学和基因组变异,体现了生命科学、生物医学、信息学、计算数学的交叉和融合的强大生命力。这篇述评重点介绍了现代遗传学/基因组学技术在中国生殖医学领域的研究和应用成果,包括在《Cell》和《Nature》杂志上分别发表的用高通量基因组检测技术对人类卵母细胞和胚胎发育相关的研究;在《Nature Genetics》杂志发表的2篇关于多囊卵巢综合征（PCOS）8 226例患者和7 578例对照的全基因组关联分析（GWAS）研究;在《New England Journal of Medicine》杂志发表的2篇采用全外显子测序技术进行的关于卵巢早衰/原发性卵巢功能不全（POF/POI）的研究;在《Nature Genetics》杂志发表的中国汉族男性2 927例非梗阻性无精子症和5 734例对照的GWAS研究。还简要介绍了关于应用高通量基因组学技术在子宫内膜异位症和胚胎植入前遗传学诊断/筛查的研究进展。这些现代技术的应用,将会大大促进和提高临床生殖医学的进步,改善妊娠结局。
王康[7]（2012）在《基因权的私法规范》文中进行了进一步梳理基因医学技术触及了人之尊严、自由等根本价值,引发了诸多伦理和社会问题,也要求对现行法律秩序进行反思。我国已经在此领域发生了多起事件。不过,目前我国还没有一部有关基因医学技术的基本立法或专门立法,在民事立法中也没有对基因医学技术以及基因权利予以可能的关注。本文以作为人格权的基因权的私法规范为命题,对基因医学技术的法律问题进行事实（第一章）、理念（第二章）和规范（第三至五章）的研究。第一章论述基因权的社会基础。基因医学技术的特殊性在于它关涉人的最高私密、对疾病风险的预测性、不确定性与风险性以及社会关切性。基因医学技术存在着一些内在的利益相关者（主要包括患者、家族成员、基因族群）和外在的利益相关者（主要包括医师、研究或资助机构、保险人和雇主以及政府）。基因医学技术引发的一系列伦理问题正是法律规范的中心内容。在基因伦理的具体分析情境中,可以发现来自位格伦理的尊严、来自风险伦理的责任以及来自多元化境遇伦理的商谈等法律分析的伦理基础,进而凝练出人类基因上的道德人格权诉求。人类基因上的道德人格权把尊严作为全部的出发点和归宿,把自主和人格完整作为权利的内核,并把合理性作为各种丰富的利益关系的调整标尺,为走向作为私法人格权的基因权提供了桥梁。第二章论述基因权的私法证成。在正面“主体客体化”的现实和人格内在的财产性的基础上,人类基因被界定为一种拟似的人格财产。人格财产的界定只不过表明：人类基因作为人格,内在着财产的意义。人类基因本质上是一种人格利益,通过法解释的路径能够在私法上生成基因权概念。基因权的私法内涵在于它是指自然人基于自己的特定基因而享有的人格权利。在权利内容上,基因权至少包括基因平等权、基因自主权、基因隐私权和基因公开权等。基因公开权具有财产性,公开只是基因人格利益的物化之利用。在私法逻辑上,基因权成为一种具体的人格权有着深刻的法理基础和现实成因,其正当性主要在于自然权利的实质法源。基因权的法律价值体现为人性尊严之表彰、人格利益之维护和技术理性之历练等。第三章论述基因权的规范建构。在风险社会、多维利益结构、医疗权力与权利等各种社会交往关系背景中,在风险预防、权利相对、多元正义、宽容等原则的指导下,基因权的私法规范体系和内容得以具体化。我国恰当的规范选择是法律与伦理的互动模式,建构重点和主线是以权利保护为中心的基因权私法规范。在权利内容上,基因平等权是指自然人所享有的在基因上被平等对待的人格权利,基因自主权是指自然人所享有的在基因上自己决定的人格权利,基因隐私权是指自然人所享有的保持、维护自身基因信息私密性的人格权利,基因公开权是指自然人所享有的对自身特定基因的公开利用和利益分享的人格权利。可以在期待中的民法典人格权编（或独立的《人格权法》）中对基因权作出原则性和规则性的规范确认,特别是就基因权的诸项子权利及其限制进行具体规定。以权利保护为中心的基因权私法规范可以和以基因医学技术管制为中心的公法机制并行不悖。基因权私法规范的关注点之一是技术进步与风险预防、权利保护之协调,面向着人的尊严和自由之目标。第四章论述基因权的现实困境。基因医学是“一个充满了相互冲突的价值和对于价值的相互冲突的理解的地方”。和其他的权利冲突一样,基因权的冲突也根源于不同主体之间的利益（和价值）的冲突。在基因权的冲突表象的背后,科学与人文两种文化之间的距离是基因权冲突的文化背景,基因医学技术的外部性是基因权冲突的经济动力,公共政策的选择倾向是基因权冲突的政治条件。利益衡量是解决基因权之权利冲突过程中的基本策略。在对基因权的冲突进行利益衡量的过程中需要遵循商谈、比例、互惠和伦理原则。只有在个案中,这些原则才能得到具体而直观的应用。第五章论述基因权的损害救济。损害救济应该是基因权的私法规范的最后一环。在基因权损害的情况下,需要区分“实际的损害”和“抽象的损害”。“损害风险”的引入意味着对预防性责任（义务）——“风险责任”的法律需求,这使得私法规范成为一种行为控制导向的工具,并将“权益”更加抽象化和前置化。在以风险责任理念为中心的基因权损害救济机制中,对损害以及损害危险的预防更为重要。基因权损害的归责基础在一般情况下只能是过错,但同时必须对医师（研究者）设置一种高度的注意义务。在基因治疗人体试验中并无过错而发生损害时,并不存在真正的侵权行为,存在的只是试验过程中的不可预料的损害。为有效保护受试者的权利,并不对技术进步产生抑制的负面影响,在风险责任理念下的基因侵权损害责任,必须配合责任保险、救助基金、国家补偿等社会化救济手段。
孙卫华[8]（2009）在《基因检测让我们拥有一本生命护照》文中研究说明我们知道,21世纪的基因组科学和基因组医学将给人类的医疗保健卫生事业带来革命性的变革,通过预测性遗传基因检查,基因组医学在诊断和预防方面的应用已经开始,遗传医学不但
徐强,王长亮,李胜[9]（2008）在《系统生物学——一生命科学的新领域》文中指出20世纪生物学从宏观到微观进步巨大,传统的分析还原的研究方法受到质疑。在此背景下,系统生物学是继基因组学、蛋白质组学之后一门新兴的生物学交叉学科。从系统角度来进行生物学研究逐步成为现代生物学研究方法的主流。在研究上,了解一个复杂的生物系统需要整合实验和计算方法、基因组学和蛋白质组学中的高通量方法为系统生物学发展提供大量的数据,计算生物学通过数据处理、模型构建和理论分析,成为系统生物学发展的一个必不可缺的、强有力的工具,已经在诸多医学前沿领域的研究中成为重要研究方法而被广泛应用。本文旨在阐述系统生物学的发展现状及其应用前景,希望能对广大相关领域的读者有所价值。
李秋平[10]（2008）在《人类基因组碱基组成的统计研究》文中指出Chargaff第一和第二匹配规则构成了DNA双螺旋配对模型和单链上碱基数量关系的理论基石。在我们的研究中,我们对整个人类基因组进行了统计分析,引入了对称性的方法考察不同长度的碱基多联体（从2联体到6联体）和单个的碱基在各条染色体上的分布规律,对各种对称性在人类基因组中的表现形式进行了研究。在对人类基因组进行统计对称性考察的同时,还将各染色体的碱基组成与一条在单个碱基水平上按照Chargaff第二匹配规则生成的随机序列进行了对比分析。我们发现人类基因组在整体上遵守Chargaff第二匹配规则,具有镜像互补对称性。但是在局部范围内,人类基因组表现出了一定程度的对Chargaff第二匹配规则的背离,我们观察到在人类基因组中随着DNA序列长度的不断增大,它对Chargaff第二匹配规则背离就越小。同时,人类染色体与随机序列相比所表现出来的碱基分布不一致性,以及所具有的对称性不一致性,说明了在人类基因组中所表现出来的Chargaff第二匹配规则并不是由于人类染色体上所含碱基数量巨大而出现的统计现象,它的出现是基因组长期进化的结果。
二、基因组医学、染色体组和人类疾病基因(6)（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、基因组医学、染色体组和人类疾病基因(6)（论文提纲范文）
（1）发展中的我国基础优生学（论文提纲范文）
| 一、基因组医学推动了疾病诊断、产前诊断和胚胎植入前遗传学诊断的前进 |
| 二、新中国成立70年来我国基础优生学取得的成就 |
| 1.1950～1969年的工作 |
| 2.1970～1976年的工作 |
| 3.1977～的工作 |
（2）人染色体图像自动分割排列与异常诊断研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 研究目的和意义 |
| 1.3 国内外研究现状 |
| 1.3.1 人重叠染色体分割研究现状 |
| 1.3.2 人染色体分类研究现状 |
| 1.3.3 人染色体异常诊断现状 |
| 1.4 论文的主要内容与安排 |
| 第二章 人染色体图像分割 |
| 2.1 人染色体图像预处理 |
| 2.1.1 人染色体原始图像获取 |
| 2.1.2 基于自适应双边滤波器的图像去噪 |
| 2.1.3 基于直方图均衡化的图像增强 |
| 2.2 人染色体的提取 |
| 2.2.1 基于OTSU的二值化处理 |
| 2.2.2 基于漫水填充法的封闭孔洞填充 |
| 2.2.3 基于广度优先搜索的人染色体提取 |
| 2.3 基于几何方法的重叠染色体自动分割 |
| 2.3.1 基于Canny算子的轮廓提取 |
| 2.3.2 基于高斯平滑的曲率计算 |
| 2.3.3 人重叠染色体分割点的自动提取 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 人染色体分类 |
| 3.1 人染色体数目和形态 |
| 3.1.1 非显带技术 |
| 3.1.2 显带技术 |
| 3.2 人染色体预处理 |
| 3.2.1 人弯曲染色体的识别 |
| 3.2.2 人弯曲染色体的矫直 |
| 3.3 基于暹罗网络的人染色体分类 |
| 3.3.1 暹罗网络的基本原理 |
| 3.3.2 基于暹罗网络模型的改进 |
| 3.4 实验结果与分析 |
| 3.4.1 暹罗网络的特征学习 |
| 3.4.2 暹罗网络的深度选择 |
| 3.4.3 人染色体分类实验 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 人染色体异常检测 |
| 4.1 人染色体异常概述与技术介绍 |
| 4.2 基于One-Class SVM的异常检测方法 |
| 4.2.1 One-Class SVM的基本原理 |
| 4.2.2 One-Class SVM的异常检测 |
| 4.3 基于One-Class SVM在人染色体异常检测中的应用研究 |
| 4.3.1 人染色体样本预处理与特征提取 |
| 4.3.2 One-Class SVM人染色体异常检测方法 |
| 4.3.3 实验结果与分析 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 总结与展望 |
| 5.1 总结 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士期间的学术成果 |
| 致谢 |
（3）人类细胞系中远程增强子—启动子相互作用的识别研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 研究背景与意义 |
| 1.2.1 增强子-启动子相互作用简介 |
| 1.2.2 ENCODE计划与高通量测序技术 |
| 1.2.3 增强子-启动子相互作用的识别 |
| 1.3 论文结构安排及创新点 |
| 1.3.1 论文组织结构 |
| 1.3.2 论文的创新点 |
| 第二章 研究方法 |
| 2.1 随机森林算法 |
| 2.2 梯度提升算法 |
| 2.3 模型检验方法及性能评价指标 |
| 第三章 添加分段的调控区域的基因组信号识别远程增强子-启动子相互作用 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 远程增强子-启动子相互作用数据集 |
| 3.3 多类基因组信号的特征提取 |
| 3.3.1 转录因子和FAIRE-seq信号 |
| 3.3.2 组蛋白修饰,染色体可及性,增强子RNA和核小体位置信号 |
| 3.3.3 DNA甲基化和CAGE |
| 3.3.4 染色质状态 |
| 3.3.5 拓扑关联域和关联域边界 |
| 3.3.6 基因表达水平 |
| 3.4 整体分类策略下识别远程增强子-启动子相互作用 |
| 3.5 不同类调控信号对识别的贡献具有细胞系特异性和调控区域特异性 |
| 3.6 每一个细胞系前30个特征的正负集分布差异 |
| 3.7 添加分段调控区域的基因组信号特征得到更好的识别结果 |
| 3.8 用独立检验方法在新的细胞系中识别远程增强子-启动子相互作用 |
| 3.9 与前人算法的比较 |
| 3.10 结论 |
| 第四章 添加DNA结构属性和转录因子结合模体识别远程增强子-启动子相互作用 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 数据集及特征值的选取 |
| 4.2.1 数据集 |
| 4.2.2 基因组信号 |
| 4.2.3 DNA结构属性 |
| 4.2.4 转录因子结合模体和染色质状态 |
| 4.3 组合不同类特征识别远程增强子-启动子相互作用 |
| 4.4 DNA结构属性和转录因子结合模体特征对识别的重要贡献 |
| 4.5 重要基因组信号特征之间的Pearson关联分析和网络模型分析 |
| 4.6 DNA结构特征参数和转录因子结合模体特征在正负集之间的分布差异 |
| 4.7 用独立检验的方法在新的细胞系中识别远程互作用 |
| 4.8 与前人算法的比较 |
| 4.9 结论 |
| 第五章 多类基因组信号与远端增强子靶基因表达水平的关系 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 数据库和特征提取 |
| 5.3 基因表达水平的预测模型和评价指标 |
| 5.4 多种基因组信号与远端增强子靶基因表达水平的关系 |
| 5.5 不同基因组信号特征对远端增强子靶基因表达水平的贡献 |
| 5.6 总结 |
| 第六章 总结和展望 |
| 6.1 工作总结 |
| 6.2 工作展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表和完成的论文目录 |
（4）山羊群体重测序及GWAS分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 山羊及山羊基因组 |
| 1.2 分子标记及二代测序在山羊研究中的应用 |
| 1.3 群体重测序 |
| 1.4 GWAS关联分析 |
| 1.5 本论文的主要工作及安排 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 实验样品与材料 |
| 2.1.1 实验样品 |
| 2.1.2 实验材料 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 BGISEQ-500 平台SE50建库 |
| 2.2.2 BGISEQ-500 平台测序 |
| 2.3 SNP变异检测 |
| 2.4 SNP质控 |
| 2.5 群体结构分析 |
| 2.5.1 PCA分析 |
| 2.5.2 系统发育树分析 |
| 2.5.3 群体structure分析 |
| 2.6 GWAS关联分析 |
| 2.7 定位基因 |
| 第三章 结果与结论 |
| 3.1 样品采集 |
| 3.2 BGISEQ测序结果 |
| 3.2.1 BGISEQ-1000 测序结果 |
| 3.2.2 BIGSEQ-500 测序结果 |
| 3.3 BWA比对结果 |
| 3.4 变异检测 |
| 3.5 SNP质控 |
| 3.6 群体结构分析 |
| 3.6.1 PCA分析结果 |
| 3.6.2 系统发育树分析 |
| 3.6.3 群体structure堆叠图分析 |
| 3.7 GWAS分析 |
| 3.8 候选基因定位 |
| 3.9 结论 |
| 第四章 讨论与展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士期间取得的研究成果 |
| 附录 |
（5）基因组学思维（论文提纲范文）
| 1 组学 |
| 2 基因组学 |
| 3 思维在基因组学中的重要作用 |
| 4 基因组学思维的研究内容及方法 |
| 4.1 基因组学思维的涵义 |
| 4.2 结构基因组学的研究内容与方法 |
| 4.3 功能基因组学的研究内容与方法 |
| 5 降维思维在基因组学思维中的应用 |
| 6 展望 |
| 作者贡献 |
（6）现代遗传学/基因组学在生殖医学领域的应用展望（论文提纲范文）
| 1 后基因组时代的技术发展 |
| 2 基因组分析技术在生殖医学领域的应用 |
| 2.1人卵母细胞和早期胚胎的基因组研究 |
| 2.2 PCOS的遗传学研究 |
| 2.3 POF/POI的遗传学研究 |
| 2.4 男性精子发生基因的遗传学研究 |
| 2.5 EMs的遗传学研究 |
| 2.6 PGD |
| 3 展望 |
（7）基因权的私法规范（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 一、问题缘起 |
| 二、文献综述 |
| 三、研究构想 |
| 第一章 基因权的社会基础——事实背景与伦理分析 |
| 第一节 基因医学技术的“美丽新世界” |
| 一、人类基因的生物学解释 |
| 二、基因医学技术的发展及其类型 |
| 三、基因医学技术的特殊性 |
| 四、基因医学背景下的概念反思与利益相关者 |
| 第二节 基因医学技术引发的伦理问题 |
| 一、技术中立的背离：谁之正义 |
| 二、利益冲突的困境：何种合理性 |
| 三、自主决定的难题：如何掌控自己的身体 |
| 四、社会压力的隐忧：行善原则怎样表达 |
| 第三节 基因伦理具体分析情境中的人格权诉求 |
| 一、位格伦理：人类基因的伦理解释 |
| 二、风险伦理：对共同责任的呼唤 |
| 三、多元化的境遇伦理：道德异乡人之间的商谈 |
| 四、基因医学伦理情境中的人格权诉求 |
| 第二章 基因权的私法证成——人格权的描述与分析 |
| 第一节 人类基因的法律地位和属性 |
| 一、“主体客体化”的现实与“主客体二分法”的困境 |
| 二、几种法律分析路径的理论纠结 |
| 三、另一种思路：人格内在的财产性 |
| 四、人类基因：一种拟似的人格财产 |
| 五、人类基因：物质的还是信息的 |
| 第二节 基因权的私法解释：意涵怎样描述 |
| 一、基因权的概念生成 |
| 二、基因权的私法内涵 |
| 三、基因权的权利属性 |
| 第三节 基因权的私法逻辑：权利何以可能 |
| 一、基因权的法理基础 |
| 二、基因权的现实成因 |
| 三、基因权的理论局限 |
| 第四节 基因权的价值分析：规范意欲何为 |
| 一、人性尊严之表彰 |
| 二、人格利益之维护 |
| 三、技术理性之历练 |
| 第三章 基因权的规范建构——原则、体系与内容 |
| 第一节 基因权的私法规范原则 |
| 一、基因权的社会交往关系背景 |
| 二、基因权的私法规范原则 |
| 第二节 基因权的私法规范体系 |
| 一、基因权的规范路径分析 |
| 二、法律规范模式的比较法考察 |
| 三、以权利保护为中心的我国基因权私法规范体系 |
| 第三节 基因权的私法规范内容 |
| 一、基因平等权：基因歧视之法律应对 |
| 二、基因自主权：以告知后同意为中心 |
| 三、基因隐私权：基因信息之控制 |
| 四、基因公开权：对人类基因的商业利用与利益分享 |
| 第四章 基因权的现实困境——权利冲突及其个案衡平 |
| 第一节 基因权之权利冲突的表象与法理 |
| 一、权利冲突的法律界定 |
| 二、基因权的冲突之表象 |
| 三、基因权的冲突之原因 |
| 四、基因权的冲突之衡平 |
| 第二节 胚胎植入前基因诊断的风险决策与权利冲突 |
| 一、PGD的技术背景与风险情境 |
| 二、PGD决策中的权利冲突与衡平 |
| 三、PGD的规范模式与法政策 |
| 第五章 基因权的损害救济——风险责任理念及其展开 |
| 第一节 基因权损害的事实分析：以基因治疗为例 |
| 一、基因权损害的形态与特征 |
| 二、基因治疗人体试验损害之具体分析 |
| 第二节 风险责任理念下的基因权损害的归责与救济 |
| 一、损害风险与风险责任理念 |
| 二、风险责任理念下基因权损害的归责 |
| 三、基因权损害的社会化救济 |
| 结语 |
| 参考文献 |
| 后记 |
（10）人类基因组碱基组成的统计研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一部分 研究背景与意义 |
| 1-1 人类基因组计划 |
| 1-1-1 人类基因组计划简介 |
| 1-1-2 人类基因组计划的诞生和启动 |
| 1-1-3 人类基因组计划的研究内容 |
| 1-1-4 人类基因组计划的进展与展望 |
| 1-2 生物信息学及其在人类基因组研究中的应用 |
| 1-2-1 生物信息学简介 |
| 1-2-2 HGP与生物信息学的结合—基因组信息学 |
| 1-2-3 基因组信息学研究的主要内容 |
| 1-3 CHARGAFF及其对DNA序列碱基组成研究的贡献 |
| 1-3-1 Chargaff其人介绍 |
| 1-3-2 Chargaff第一匹配规则 |
| 1-3-3 Chargaff第二匹配规则 |
| 1-3-4 Cluster Rule |
| 1-3-5 GC rule |
| 1-4 课题的选择与研究方案 |
| 1-4-1 课题的选择背景与选题意义 |
| 1-4-2 研究方案 |
| 第二部分 研究材料与方法 |
| 2-1 研究材料 |
| 2-1-1 人类基因组序列的获取 |
| 2-1-2 人类基因组序列的预处理 |
| 2-1-3 随机序列的获取与处理 |
| 2-2 研究方法 |
| 2-2-1 数据处理中应用的软件 |
| 2-2-2 Matlab及其在生物信息学中的应用 |
| 2-2-3 碱基统计的方法 |
| 2-2-4 统计方法的误差分析 |
| 第三部分 人类基因组的统计性质 |
| 3-1 DNA序列中的重复与对称 |
| 3-1-1 DNA序列中的重复 |
| 3-1-2 DNA序列中的对称 |
| 3-1-3 DNA序列中的统计对称性 |
| 3-2 人类基因的基本特征 |
| 3-3 人类基因组中的对称性考察 |
| 3-3-1 人类基因组中的镜像对称性 |
| 3-3-2 人类基因组中的平移互补对称性 |
| 3-3-3 人类基因组中的镜像互补对称性 |
| 3-3-4 Chargaff第二匹配与序列长度之间的关系 |
| 3-3-5 人类基因组中各对称性的对比分析 |
| 3-4 随机序列中的对称性考察 |
| 3-4-1 随机序列的对称性 |
| 3-4-2 随机序列与人类基因组对比 |
| 3-5 结果与讨论 |
| 参考文献 |
| 结束语 |
| 硕士在读期间发表和待发表的论文 |
| 致谢 |
| 附录 |
四、基因组医学、染色体组和人类疾病基因(6)（论文参考文献）
- [1]发展中的我国基础优生学[J]. 张咸宁. 中国优生与遗传杂志, 2019(07)
- [2]人染色体图像自动分割排列与异常诊断研究[D]. 吕丹丹. 浙江理工大学, 2019(02)
- [3]人类细胞系中远程增强子—启动子相互作用的识别研究[D]. 冯振兴. 内蒙古大学, 2017(06)
- [4]山羊群体重测序及GWAS分析[D]. 张要磊. 电子科技大学, 2017(02)
- [5]基因组学思维[J]. 赵晓娟,杨莹,潘军强,杨进. 基因组学与应用生物学, 2017(02)
- [6]现代遗传学/基因组学在生殖医学领域的应用展望[J]. 刘嘉茵,吴柏林. 国际生殖健康/计划生育杂志, 2014(03)
- [7]基因权的私法规范[D]. 王康. 复旦大学, 2012(03)
- [8]基因检测让我们拥有一本生命护照[J]. 孙卫华. 医药保健杂志, 2009(23)
- [9]系统生物学——一生命科学的新领域[J]. 徐强,王长亮,李胜. 中国医药导报, 2008(26)
- [10]人类基因组碱基组成的统计研究[D]. 李秋平. 兰州大学, 2008(01)